书接上文。
金泰克公司的大楼内部景象令人作呕，墙壁被红色的肉组织所包裹，整个空间仿佛是一个巨大的巢穴。在这个怪异的巢穴中，伊丽莎白·格林端坐在房间内，似乎早已预料到A哥的到来。尽管A哥急切地想要与她交流，格林却并不愿意多说什么。她一巴掌打伤了A哥，留下了一句令人困惑的话：“我是你妈”，随后便离开了。
格林的离去似乎触发了巢穴内的某种机制，孵化出了被称为“猎手”的特殊生物。这些强壮的感染者拥有巨大的利爪，能够轻易撕裂敌人。赤手空拳的A哥显然不是这些怪物的对手，但他机智地将它们引入了军事基地，利用军队的火力逐个击破了这些猎手。在吸收了第一只猎手后，A哥获得了它的能力，进化出了锋利的爪子。病毒虽然感染了A哥，但也赋予了他可怕的进化能力。利用这些能力，A哥可以更快地接近真相。
A哥家里的合影中的女人，正是他的前女友卡伦，她也是金泰克公司的员工。妹妹迪娜从电脑中找到了卡伦的住址，但此时卡伦也被军方盯上了。为了安全离开，A哥利用伪装能力搞到了一辆坦克，两人就这样大摇大摆地离开了监禁区。
安全之后，卡伦希望A哥能够收集一些病毒样本。作为遗传学专家，她发现了两种毒株，这些样本可能帮助她分析病毒。一种样本位于楼顶的水塔上，那里已成为猎手的巢穴；另一种则是感染者巢穴喷发出的遗传物质。对于A哥来说，收集这些样本并不困难，毕竟这也助于他自己了解病毒。
随着时间推移和调查深入，A哥逐渐梳理出了一些线索。他和卡伦都曾受雇于金泰克公司，而他们的上司都是研究部的主管“迈克马伦”。这意味着A哥一直在为迈克马伦工作。要想知道自己是如何感染的，迈克马伦肯定是关键人物。如果能够抓住他，A哥或许就能得知所有的真相。
伊丽莎白·格林的力量显然不是A哥能够轻易对抗的，因此他决定从麦克马伦下手。与此同时，军方的指挥部也在密谋如何对付A哥。兰德尔将军交给克罗斯上尉一支特殊的药剂，这是麦克马伦针对A哥体内病毒开发的病原体。这种病原体能够与A哥体内的病毒相互排斥，一旦注射进A哥体内，就会使他变得更容易被捕捉。
时间来到了第六天，由于格林的逃走，城市各处都出现了猎手的踪迹。曼哈顿地区已有20%的人口遭到感染。黑色守望组织也加快了行动步伐，他们频繁进入感染者的巢穴，对不断进化的病毒进行解析。作为研究部的主管，麦克马伦极有可能出现在这些现场，这为A哥提供了抓住他的最佳时机。
A哥迅速赶到现场，利用伪装能力关闭了所有病毒检测器，并通过无线电请求麦克马伦降落。一切看似都在按照计划进行，但就在麦克马伦即将降落的那一刻，巢穴突然出现了异常情况。狡猾的麦克马伦立刻停止了降落，并警惕地看着伪装后的A哥，随后命令直升机离开了这里。
麦克马伦之所以能够逃跑，就是因为他对于病毒和A哥的研究非常深入，他清楚地知道A哥的能力。失败了的A哥回到住所，卡伦告诉A哥，之前采集的样本不足以完成病毒的分析，需要深入巢穴采集核心物质，并承诺这将有助于治愈病毒。A哥为了摆脱现在的自己，决定冒险进入巢穴。
然而，卡伦实际上是一个卧底，麦克马伦利用她是A哥前女友的身份，让A哥信任卡伦。她从一开始就被派来接近A哥，其真实目的是为了找到一个叫詹姆斯·里昂的目标，因为A哥吸收他后会触发相关的记忆线索。
而卡伦之前让A哥收集的物质实际上是用来制作武器，目的是除掉A哥，这就是交给克罗斯上尉的那针病原体。
在卡伦的卧底身份暴露后，克罗斯上尉试图用电棍武力击败A哥。尽管克罗斯上尉有一定的战斗能力，但他毕竟是一个普通人，无法与A哥抗衡。A哥的力量非常强大，即使是简单的动作也能产生巨大的破坏力。很快，克罗斯上尉就被打伤，眼看物理攻击无法击败A哥，他利用A哥回忆时会感到痛苦的特点，成功偷袭并将病原体注射进了A哥的背后。A哥痛苦地倒地，但很快又消失不见。
虽然A哥成功逃走，但药剂对他产生了严重影响，他的能力大部分失效，失去了之前的战斗力。面对士兵的围攻，A哥只能选择逃离现场，回到妹妹迪娜的藏身处。
此时，迪娜调查出了非常重要的线索：1969年在爱达荷州一个叫希望镇的地方发生了暴动，民兵杀死了所有平民，随后被赶来的军队剿灭，整个镇子只有伊丽莎白·格林一个人活了下来。A哥在吸收了这么多人后，记忆碎片中有关希望镇的回忆告诉他，这场事故绝对没有这么简单，这些所谓的记录和新闻都不可信。
此时，A哥正在被药剂的副作用折磨得痛苦不堪，幸运的是，妹妹迪娜为A哥介绍了一名医生，名叫拉格兰德，他曾是金泰克的雇员，因此对病毒有深入的了解。
尽管拉格兰德医生原本并不愿意浪费时间，但在见识到A哥的能力后，他改变了主意。医生要求A哥带着他找到0号病人所在的位置，并让他搞到了一辆坦克，以便一路冲向废弃基地，因为那里据说关押着0号病人。
在A哥的掩护下，医生在基地内寻找样本。与此同时，大量的感染者被吸引过来，他们聚集在一起，对基地的玻璃墙发起了猛烈的进攻。由于药剂的副作用，A哥失去了大部分能力，只能强忍着疼痛，一个个解决掉这些感染者。普通的感染者相对容易对付，但那些猎手则非常难缠。失去能力的A哥在与猎手交手时险象环生，差点就被打得狼狈不堪。
在这场艰难的战斗中，A哥凭借着坚韧的意志和残余的力量，终于设法击退了感染者，保护了医生和他正在进行的样本采集工作。
在医生成功获取了所需的样本后，他们迅速离开了那个危险的废弃基地。接下来，医生研制了一款特殊的药剂，计划找到一个宿主注射这款药剂，使其体内产生抗体，随后，A哥将吸收这个宿主，通过这种方式来治愈自己。
简而言之，这就是一个“自己做药自己吃”的过程。
经过一系列复杂的操作，这个方法最终证明是有效的，药剂不仅治愈了A哥背后的树瘤，还让他的能力得到了进化，获得了全新的能力——装甲。
