用宽容或不宽容这两个词去描绘中世纪世界是非常困难的；这样会有产生误解的危险，当时还并存着另外一些事实，比如外国人和享有有限豁免权的迁徙者的扩展，以及对于异端的惊人追求。要判断中世纪不宽容的理论与实践，必须要记住社会建基于其上的理论遭到异端侵害时所能产生的可怕的危险：如果错误不被纠正，社会成员就将面临接连不断的灾祸。然而，镇压并未阻止异端在其后的三个世纪里一次又一次的出现。异端思想表达了一种真正的需要与真诚的宗教冲动。在某种意义上，它是对教会各种重大成功背后核心中空的暴露。

异端一系列长期不满的英勇战斗便是鲜活证明。但是，其他非异端的批评者们也有其自己的失望之处。有大量证据表明教皇的权力引起了反弹：不仅仅是平信徒，许多神职人员也认为教会有其明确的活动范围，不应扩展到干涉世俗事务。这样的思想随着时间推移变得越发具有感染力，人们越发意识到他们的民族共同体身份及其诉求。在14、15世纪，这种声音越增越多。其他的批评则有着其他的根源。

甚至阿尔比派也因其苦行克己的生活及其热诚的信徒与世俗化的教区神职人员之间的对比而赢得了一些支持。然而，也有许多人坚定地支持以教会权力（以及责任）去正确地处理各种失败和弱点。他们面临着一个越发清晰的问题，一个巨大的悖论却无法避开。随着权力和财产上的增长，中世纪的教会掌控着土地、什一税和其他税收以为庞大的教职集团服务，他们在世俗中的崇高反映上主的光荣，他们奢侈的主教座堂、巨大的修道院教堂、豪华的仪式、学术机构和图书馆都将献身于信仰的祭献具体化。

而所有权力与壮美的核心则是传道，信仰的核心则是对贫穷与谦卑的赞颂，那些最美好的东西并不在这个世界上。《圣母马利亚颂》（Magnificat）是最重要的基督教赞颂诗歌之一，赞颂大能者从其权威之座上降下并令人喜悦地谦卑与温顺；而教会经常在这两方面看起来都做得不怎么好。随着时间的推移，教士们的世俗化招致了大量的批评。这不仅仅因为教会的上层人士懒洋洋地躺在他们的特权座椅上，用信徒们的捐献满足他们的欲望，并且忽视信众的需要。其中还有一种贪腐是在权力中与生俱来的。对信仰的保卫被等同于一种制度的胜利；教会越发显现出官僚主义与律法主义的面目。

这一点并不新奇。据说早在12世纪就有许多教职律师，教皇制度本身便是其批评的中心。在英诺森三世在位末期，安慰与神圣的教会的集权面孔看起来就像花岗岩一般冷峻。正常的宗教诉求被教会独裁的武断所困扰。很难保证教会的权力掌握在灵性卓越的人手中；玛大把马利亚推到了一边，如同对行政和法律日益增长的需要只是为了去维持一个会产生其自身企图的机器。一些人认为，普世宗教会议应当比教皇享有更高的权威，并能洗净人的罪恶。当一个虔诚的隐修士在1294年被选举为教皇时，改革派开始振作起来。

但是他们的教皇不久就消失了，塞莱斯廷五世（Celestine Ⅴ）被强迫在数周内退位，看起来其改革教廷的计划无望了。他的继任者是博尼法斯八世（Boniface Ⅷ），其被称为最后一位中世纪教皇。博尼法斯使教皇的政治化和傲慢性达到了巅峰。他自己也是个律师，但在性情上却远非一个灵性卓越之人。他与英格兰国王进行了粗暴的争吵，同法兰西国王吵得更凶。在1300大赦年时，他在身前放了两把剑，表示他同时拥有精神灵性和世俗的权力。两年后，在众所周知的《一圣教谕》（UnamSanctam）中宣称，对教皇权威的信任是每个人获得救赎所必需的。博尼法斯与国王之间长期的紧张局势最终到了剑拔弩张的军事冲突的地步。

大约100年前，英诺森三世曾经停止英格兰的圣事活动以使约翰王（King John）陷入绝境；这一惊人的裁决使英格兰不能举行圣事，而国王也坚持不认错不和解。人们没法让他们的孩子领受洗礼或为自己的罪过告解，这在信仰的时代是耸人听闻的。约翰最终被迫妥协了。一个世纪之后，事情则起了变化。主教及神职人员常常与罗马失和，罗马的要求也削弱了他们的权威。他们能够同情那种反对教皇的狂热国家意识。当法王和英王拒绝博尼法斯的权威时，他们发现教士们支持他们，充满怨恨的意大利贵族也在为他们而战斗。

1303年，他们（由法国出资）追逐老教皇至其故乡并抓住了他，据说还对其进行了令人发指的肉体凌辱。博尼法斯的乡亲释放了他，使他并没有（像被他关押在牢里的塞莱斯廷那样）死于监禁，但他在几周后就部分地由于惊吓而逝世了。这仅仅是一个开始。对于教皇来说，糟糕的时日还在后头，也有些人认为这也是教会自身的噩梦。经过了四个多世纪，现在面对着周期性和逐渐增加的敌视，虽然常常是悲壮的遭遇，受过教育的欧洲人第一次开始质疑基督教本身。

甚至在博尼法斯统治末期，其合法要求也常常是不切题的；没有人被鼓动起来为他报仇。精神上的失败很快就点起熊熊之火；不久之后，教皇被指责阻碍了宗教的改革，而非其向国王们要求太多。这是他们传统宗教职责的失败，教士们也更遭非议。然而这一事件也有明显的局限。自治的观念与自证自明的批判在中世纪仍是不可想象的，没有人认为任何人可以没有教会而生活：他们所追求的是一个改革的教会。