辛亥革命时期，华南的四川、贵州、云南、湖南、广西、广东等省，由各自组建的新军在控制省政府后纷纷宣布独立。北洋军则是在袁世凯做出决定后，才发出乞共和电。南方地区不在北洋六镇创建新军的范围，省立新军均是自筹自建，所以华南诸省的军事力量不受北洋军阀节制。

桂系、滇系、粤系以及亲孙中山的势力，围绕两广地区和广州政府的控制权展开争斗。湘系（湖南）、川系（四川）长期保持自主性，主要在省内进行势力斗争，未参与全国性的政权争夺。唯一特殊的是福建省，它属于北洋皖系势力范围，严格意义上不属于华南军阀。

清朝广西提督陆荣廷因支持革命，秉持“桂人治桂”，当上广西都督。随后在护国战争中，陆荣廷巩固了自己在广西的统治地位，其势力被称为旧桂系 。

护国战争胜利后，黎元洪任命陆荣廷为广东督军，可原督军龙济光拒绝卸任。陆荣廷于是派桂军进攻，打败龙济光，广东就此成为旧桂系势力范围。由于不满黎元洪被架空以及段祺瑞掌控的北洋政府，陆荣廷宣布两广自主。

1916年护国战争胜利后不久，滇系统帅蔡锷去世，唐继尧继任掌权，势力范围涵盖云南和贵州，期间与川系军阀时有冲突。1921年，滇系将领顾品珍发动叛变，自此滇系分裂为顾品珍部和唐继尧部。

与北京政府不同，南方军阀起初缺乏正统政府名分。北京政府府院互斗后，南方军阀开始寻找可拥戴的正统象征。1917年7月，借护法运动之机，陆荣廷与唐继尧邀孙中山及部分国会议员到广州，另立护法军政府，孙中山任大元帅，陆、唐为元帅，计划北伐对抗北京政府。

但护法军内部主要军阀盘算的是将广东纳入自己统治，并非真心推翻北京政府，三人因此渐生矛盾。1918年4月，滇系和桂系排挤孙中山，将大元帅首领制改为七总裁合议制，拉拢西南各省军阀为总裁。孙中山职权被架空，于1918年5月4日辞职，离开广东前往上海。

此后，护法军政府爆发内战，桂系企图清除广东的滇系势力，逮捕滇系将领张开儒、枪杀崔文藻，把滇系军队赶出广东，陆荣廷的桂系势力至此达到权力顶峰。

1920年，北方爆发直皖战争，与此同时，桂系发动第一次粤桂战争，出兵攻打亲孙中山的粤系陈炯明、许崇智所部军队，结果战败退回广西。

1921年4月，孙中山从上海返回广州，将军政府改组为正式政府，召开非常国会，就任非常大总统。同年6月，桂系为夺回广东控制权，发动第二次粤桂战争，又一次被粤军击败。两次战败使桂系实力削弱并走向分裂。

此后，以保定军校毕业的李宗仁、白崇禧等青壮派军官为首的部队，在广西内战中逐渐崛起，先后击败旧军头陆荣廷、沈鸿英，重新统一广西，成为广西军阀新领袖，史称新桂系。

1922年，第二次粤桂战争胜利后，孙中山要求陈炯明北伐，陈炯明拒绝，随后被孙中山免职。北方直奉战争结束后，黎元洪再次出任大总统，护法运动目的达成，各方遂要求孙中山辞去非常大总统一职。

为逼孙中山下野，陈炯明部下叶举出兵围攻广州总统府，孙中山被迫出逃上海，这一事件史称“六·一六事变” 。

1923年1月，孙中山联合滇系杨希闵部（顾品珍派）、桂系刘震寰部及倒戈粤军，一同讨伐陈炯明。2月，陈炯明战败，退守东江。同月，孙中山返回广州，再次出任大元帅。不过此时广州实际被杨希闵和刘震寰掌控，孙中山的处境并未比1918年更有利。

因深感缺乏忠于自己的武装力量，孙中山选择与苏联结盟。1924年，黄埔军校开办，国民革命军组建，成为南方军阀中的一股重要势力。

1925年，蒋介石指挥国民革命军在广东清除反孙势力，两次东征陈炯明，同时消灭了企图反叛的杨希闵和刘震寰。最终，陈炯明被国民革命军许崇智部粤军及国民革命军击败，下野后逃往香港隐居。

1925年3月孙中山病逝，国民革命军在广东内战期间，唐继尧的滇军决定支持陈炯明，还想联合新桂系攻打广州国民政府，遭李宗仁拒绝。之后，唐继尧组建川黔滇联军发动滇桂战争，试图消灭新桂系，结果被新桂系击溃，滇系从此势力衰落。

国民革命军北伐前与新桂系结盟，实现了形式上的统一，桂军随后改编为国民革命军第七军。部分以唐生智为首的少壮派湘系军阀，在省内内战失利后转而投靠广州政府，所部成为国民革命军第八军。

北伐过程中，国民革命军相继击败了旧湘系与闽系军阀。1926年7月，黔系的王天培、彭汉章接受国民革命军改编。1926年12月，川系的刘湘名义上归顺国民政府。1927年4月，贵州军阀周西成宣布归顺国民政府，被任命为贵州省政务委员会主席。1928年，滇系军阀龙云发动"二六政变"，推翻唐继尧并击败胡若愚，随后宣布效忠南京国民政府，出任云南省政府主席。

龙云归顺后，西南军阀割据局面结束。广西、贵州、四川、云南虽名义上归顺并改编，但国民政府成立后，这些省份的省务仍保持半独立状态。

福建、湖南在国民革命军北伐期间，原有军阀势力被清除，由效忠于国民政府的军阀主政。

国民政府迁都南京后，广东由地方实力派军人陈济棠联合以胡汉民为首的反蒋国民党元老，重新获得了半独立地位。