元熙元年七月，东晋相国刘裕进位宋王，他下令赦免了宋国国内五年有期徒刑以下的罪犯。八月，他从彭城南下，移驻寿阳，以度支尚书、表兄刘怀慎为都督北徐州、兖州、青州、淮北诸军事，中军将军，北徐州刺史，代替自己镇守彭城。
刘裕离开淮北的彭城标志着晋军北伐的彻底终结。九月，刘裕辞去了扬州牧一职。此时，整个东晋帝国的各个地方大员均为刘裕的亲属或者近臣。
十二月，晋恭帝又下诏给予宋王刘裕特殊的待遇∶宋王的礼帽上配有十二条流苏，建天子旌旗，出警入跸，乘坐金根车，驾六马，备五时副车，置旄头云罕，乐舞八佾，设钟虞宫县。进王太妃为太后，王妃为王后，世子为太子，王子、王孙爵命之号，一如旧仪。
新年过去后，身在寿春的宋王刘裕召集群臣一起喝酒，酒酣耳热之际，他淡淡地对大家说∶“桓玄篡逆，晋室的政权就已经转移了，我率先号召人们起义，兴复晋室，南征北战，平定四海，建立了大功，遂被授予九锡之命。如今，我的年纪已经大了，地位如此之高，大凡天下事物都忌讳盛满，物盛则衰，这样下去，难以永保平安。因此，我打算辞去爵位，情愿退休，在京师安度晚年。”
可在座的人没有一个能真正理解刘裕的真实想法，大家都纷纷称颂刘裕的功德，劝说他不要辞职，等等。
天色已晚，酒宴完毕，众人各自散去。傅亮在回家的路上，一直品味着刘裕席间的话，他突然醒悟，于是，赶紧往王府回转。
傅亮一进门，只说了一句话∶“臣下应当去京师一趟。”
刘裕当然明白傅亮的意思，他也没有多说，只问道∶“你需要几个人跟随？”
傅亮回答∶“几十人就行了。”
说毕，起身告辞。出得门来，傅亮抬眼望去，只见一颗长星（类似彗星）明亮而寂静地划过那深沉而又略显诡异的夜空。他拍着大腿叹息着自言自语道∶“我从来都不相信天文术数，没有想到今天竟然应验了!”
傅亮到建康运作以后，晋恭帝即于元熙二年（公元420年）的四月征召宋王刘裕入京辅政。刘裕任命四子刘义康为都督豫州、司州、雍州、并州诸军事，豫州刺史，接替自己镇守寿阳。此年，刘义康年仅12岁，刘裕留下相国参军刘湛为长史，总理豫州府的军政要务。
元熙二年（公元420年）六月九日，东晋相国、宋王刘裕一行抵达了建康。
此前不久，为了配合刘裕篡位，东晋帝国照例出现了不少祥瑞。据说，竟陵郡的江边自行出现了十余件古代的铜制礼器，人们奉献给晋恭帝，晋恭帝司马德文不敢接受，让给刘裕，刘裕将其藏在相府。
刘裕的船只还停靠在石头城边的渡口，禅让大典即进入倒计时了。傅亮按照刘裕的密令，暗示晋恭帝司马德文禅位，傅亮本人亲自写下禅让诏书的草稿，然后，让晋恭帝司马德文书写。接到草稿以后，司马德文面露喜色，他对身边的侍从们说∶“晋氏早就失去了民心，桓玄的时候，就被篡夺，正是刘公让天下又延续了二十年。今天之举，我心甘情愿，还有什么遗憾的呢？”于是，司马德文在红色的纸上抄下了那份诏书。
据《建康实录》记载，当天，使持节兼太保、散骑常侍、光禄大夫谢澹（谢安的第三子），太尉、尚书刘宣范拿着皇帝的印绶，送交刘裕。刘裕自然要作态一番，又上书表示辞让。但此时晋恭帝司马德文已经离开皇宫，回到了琅邪王府邸。百官拜别晋恭帝，只有秘书监徐广号啕大哭，谢晦对他说∶“徐大人，你是不是哭得有些过分了”
徐广反唇相讥∶“你是宋朝的佐名元勋，我是晋室的前朝遗老，悲欢之情，当然不同!”
刘裕依然在推辞，但是，他的上书已经没有皇帝批复。这时，百官再次上书劝说他接受皇帝印绶，但是，他依然没有同意。太史令骆达又提出∶“从义熙元年到元熙元年，太白星在白天出现了七次。根据占卜书∶'太白经天，民更生，异姓兴。'义熙七年，五道彩虹出现在东方，占卜为∶'无虹现，天子黜，圣人出。’……”骆达一共举出了数十条征兆，群臣又依此恳请，在这种情况下，刘裕才终于同意了。
元熙二年六月十四日，刘裕下令在建康南面建立高台，举行登基典礼，向上天报告，即皇帝位。至此，58岁的刘裕代替了35岁的司马德文，成为江南地区的最高统治者。
典礼结束以后，刘裕驾临建康皇宫，登上了太极前殿，下诏大赦天下。对于被乡党清议遭到禁锢的人士，也一概恢复名誉。同时，改元永初，封晋恭帝司马德文为零陵王，食邑一郡，给予司马德文诸如载天子旌旗，乘坐五时副车，使用晋朝原来的正朔，上书不言表，答表不称诏等优厚待遇。然而，刘裕并没有按照他诏书所下的那样，给司马德文配备应有的礼仪，他只是嘴上说说而已，“有其文而不备其礼”。同时，他还不敢真的将司马德文迁往零陵，而是下令在建康附近的秣陵县兴建王宫，以安置司马德文，并派族弟冠军将军刘遵考率军看守。将司马德文的皇后褚灵媛降号为零陵王妃，褚灵媛仅生下两个女儿，一个即海盐公主司马茂英，嫁给了刘裕的太子刘义符，另一个是富阳公主，名讳不详。
典礼过后，谢晦不失时机地对刘裕说∶“陛下应天受命，登坛之日恨不见谢混奉上印绶。”
刘裕也叹息说道∶“我也非常遗憾，不能让年轻人看到他的风采!”谢晦的话当然是提醒刘裕在新朝中能够重视陈郡谢氏，而刘裕的回答也是为了让谢晦放心，毕竟刘裕还要依靠门阀士族的支持。
登基以后，刘裕即追尊父亲刘翘为孝穆皇帝，亲生母亲赵安宗为孝穆皇后，尊奉继母萧文寿为皇太后。同时下诏，将晋朝封给王导的始兴公降为始兴县公，封给谢安的庐陵公降为柴桑县公，封给温峤的始安公降为荔浦县侯，封给陶侃的长沙公降为醴陵县侯，封给谢玄的康乐公降为康乐县侯。至于其他属于刘裕势力的被封为公的，不再降低爵位。与刘裕关系较好的晋临川王司马宝被封为西丰县侯，食邑一千户。
六月十七日，刘裕加封同父异母弟弟刘道怜为太尉、长沙王；追封司徒刘道规为临川王；尚书仆射徐羡之加镇军将军，右卫将军谢晦为中领军，宋国领军檀道济为护军将军，中领军刘义欣（刘道怜第三子）为青州刺史，立南郡公刘义庆为临川王。追尊刘穆之为南康郡公，王镇恶为龙阳县侯。即位以后的刘裕经常叹息说∶“刘穆之不死，当帮助我治理天下，这真可谓是‘人之云亡，邦国殄瘁'!"还说∶"刘穆之死后，人们就小看我了。"最后，他又册立自己的儿子桂阳公刘义真为庐陵王，彭城公刘义隆为宜都王，第四皇子刘义康为彭城王，改晋朝使用的泰始历为永初历。由来只有新人笑，有谁听到旧人哭。
禅让以后的司马德文很快就预感到事情并不美妙。他与自己的皇后褚灵媛这对患难夫妻，常常担心有一天会被杀掉。褚灵媛与司马德文形影不离，共居一室，司马德文吃的饭、喝的茶，全部出自褚灵媛之手。因此，刘裕派出的谋杀团一直没有得手。于是，刘裕想到了褚灵媛的兄弟们。
褚灵媛共有四个兄弟∶褚秀之、褚淡之、褚裕之和褚湛之。这四人一直投靠刘裕，早在司马德文退位之前，为了让司马德文绝嗣，他们遵照刘裕的指示，利用皇后亲兄弟的关系，出入皇宫，一旦发现司马德文的妃子生下了皇子，便伺机杀害。因此褚灵媛留下的也只有两个皇女。如今，刘裕既想杀害司马德文，又不想堂而皇之地派人进入王府，造成负面影响，只能派遣司马德文的下属或者亲戚前往，以免引起非议。
刘裕首先命令琅邪王侍中张伟携带一瓶毒酒，前去秣陵鸩杀司马德文，张伟不忍谋害故主，含恨喝掉了那瓶毒酒自杀。刘裕闻讯，不禁大怒，又派褚淡之兄弟假意前去探望褚灵媛，引出褚灵媛到另外一个房间里说话。就在褚灵媛离开司马德文的这一小会儿，刘裕派出的士兵们翻墙而入，进入司马德文的住室，逼迫司马德文喝下毒酒。皈依佛教的司马德文摇了摇头，说道∶“佛教说∶凡是自杀的人，转世就不能再投人胎了。”士兵们一拥而上，将司马德文蒙在被子里，活活捂死!司马德文死时年仅36岁。
这是刘宋永初二年（公元421年）九月的事，距离司马德文禅位仅仅一年多一点。
司马德文被杀后，刘裕在朝堂上率领百官举行哀悼仪式，并命令太尉监护葬礼，谥号为晋恭帝。
对于刘裕的作为，前人早有微词。比如，南宋学者王应麟在《困学纪闻》中就说道∶“魏之篡汉，晋之篡魏，山阳、陈留犹获考终，乱贼之心犹未肆也。宋之篡晋，逾年而弑零陵，不知天道报施，还自及也。齐、梁以后，皆袭其迹，自刘裕始。”从刘裕开始，开了一个坏头。以后以禅让方式取得帝位的人都效仿刘裕，将前朝君主杀死，不过，这也应到了刘裕自己子孙的身上。
