清军之所以能够迅速占领福建，与郑芝龙有着密不可分的关系。
初看《清史稿》中的博洛传以及《清世祖实录》，会给人一种错觉，仿佛清军是在贝勒博洛和众多将领的带领下，经过浴血奋战、二十多次大战才攻入福建的。然而，实际上这些都是博洛等人为了邀功请赏而夸大其词的结果，他们故意抹杀了郑芝龙在其中所起的作用。
首先来看闽浙咽喉要道——仙霞岭。仙霞岭地势险峻，自古便有“一夫当关，万夫莫开”之称。它蜿蜒曲折二十八道弯，陡峭的山路长达二十多里，仅容一人单骑通过，是浙江通往福建的重要屏障。
隆武帝最初派遣郑芝龙之弟郑鸿逵驻守此地。然而，郑鸿逵采取了消极防御的态度，龟缩于仙霞岭内，不敢主动出击。期间，他仅率领军队向徽州的清军发动过一次进攻，结果大败而归，此后再无勇气出战。
到了隆武二年初，由于不满隆武帝要求其出关作战的命令，郑鸿逵索性“削发为僧”，宣布退出战斗。无奈之下，隆武朝廷只能转而委托郑芝龙派兵扼守仙霞岭以北的江山地区。
但郑芝龙对此敷衍了事，根本没有安排足够的兵力防守仙霞岭。整个福建边境四个县中，他仅仅部署了区区两千人马。
隆武二年夏季，郑芝龙撤退至安海，并迅速将几乎全部部队调往沿海一带。至此，仙霞关彻底成为无人把守的空城。
与此同时，浙东明朝鲁王政权遭遇惨败，数千溃散士兵游荡至仙霞关。
当时，南明阁臣黄鸣骏混杂在逃亡队伍之中，但由于缺乏谋略、能力和粮饷，他无法掌控这些残兵败将，最终导致数千人四散而去。
在这种情况下，清军毫不费力地从浙江进入福建，仙霞关非但没有成为阻挡清军的绞肉机，反而成为了清军行军途中的风景线。
此外，福建与江西交界的分山关原本由郑芝龙手下大将施福驻守，但在清军入闽之前也被郑芝龙调离。当时，仅有铅山县数百名义勇民众进行小规模抵抗，分山关很快便被清军轻松攻占。
闽北重镇建宁（今建瓯）的失陷令人扼腕叹息。此地城池坚固、人口众多，粮草充足且地势险要，却在清军初至时，守城的明朝官员竟未作任何抵抗便拱手投降。
而延平府属下的南平，也因郑芝龙的一道命令，守军迅速撤离，致使城池形同虚设。正是由于南平的意外沦陷，当时驻跸汀州的隆武帝措手不及，最终被清军擒获并斩杀。
随后，清军一路急行，在当地汉人大地主黄氏家族的引导下，不到一个月便攻入福州，几乎兵不血刃便占据了福建省会。
在这场历史变局中，福州仍有一些忠义之士选择以身殉国。明朝礼部尚书曹学性毅然自缢身亡，以示对故国的忠诚。然而，曾任崇祯朝大学士的傅冠却遭遇了更为复杂的命运。他本打算隐匿于学生江亨龙家中避难，却不料被江氏父子告发。
清军随即派人前来抓捕，傅冠闻讯后试图自杀殉国，却被江亨龙之子江忠源亲自率领家奴强行捆绑，并一路拳打脚踢，将这位昔日恩师押送至李成栋的军营以邀功请赏。
面对李成栋的劝降，傅冠表现出了非凡的气节。
李成栋对这位前朝大学士颇为敬重，试图说服他剃发归顺：“傅公，您乃国家大臣，只要遵制剃发，定会受到大清的重用。”
傅冠听后惊讶地质问：“自中华有冠裳以来，可曾有过髡头宰相？”
李成栋继续劝说道：“傅公您已年迈，头发稀疏，与髡有何区别？只需在头上加块布包扎，便可蒙混过关，我亦能向上交差。”
傅冠闻言，义正辞严地回应道：“你知道文天祥吗？那是我的同乡！吾乡无髡头宰相，但有断头宰相！”
为表达自己坚贞不屈的决心，傅冠还赋诗一首：
“愤血已成空，往事徒回首；国难与家仇，永诀一杯酒。
幻影落红尘，倏忽成今古；名望重如山，此身弃如土！”
至此，李成栋不再劝降，反而对他礼遇甚厚。这段历史不仅展现了傅冠的忠义气节，也为后人留下了一段可歌可泣的悲壮篇章。
后来，李成栋率兵入广，汀州留守镇将李发对待傅大学士一如往昔。一日，二人对弈。棋局结束后，李发接到一封文书，忽然下拜说：“傅公如果再不剃发，我只能奉旨在汀州处决您！”
傅冠欣然起身，说道：“早完吾事，乃尔之赐也。”随后，他整理衣冠，向南叩拜道：“臣罪孽深重，有负国家，纵死亦不足以赎罪！”
傅冠继而转向西拜，悲叹道：“祖父尸骨未葬，我实为大不孝之人！”
之后，傅冠索要笔墨，在墙上题诗一首，随即从容引颈受刑。其诗云：
“白发萧萧几缕生，冤仇何苦再相寻？愿将此头酬壮志，留取丹心照千秋！”
李发麾下的汉人士兵皆潸然泪下，实在不忍心对傅大学士痛下杀手。即便有重赏悬于前，也无人愿意主动承担行刑之责。
最终，还是清朝汀州知府李兰友的一名家丁，因贪图赏金而自告奋勇，持刀执行了这残酷的一幕。
就在傅大学士殉难当日，天空骤然变得昏暗如夜，狂风怒吼，震得瓦片哗啦作响。汀州百姓听闻傅大学士为大明忠贞赴死，无不悲恸扼腕，叹息连连。福建所发生的一切变故，都与郑芝龙有着千丝万缕的联系。
郑芝龙出身海盗商人，其眼中唯“利益”二字最为重要，“忠义”之说对他而言不过是空洞名词罢了。当初在福建拥立唐王（隆武帝），实则是其弟郑鸿逵之意，并非郑芝龙本愿。
得知同乡洪承畴已在清军中身居要职后，郑芝龙迅速派人将洪母迎入家中悉心奉养，同时将其家属全部送往南京。表面上看，这是为了借由洪家亲人促使洪承畴归顺明朝，但实际上，他是在向这位老乡、如今的清朝鹰犬暗递橄榄枝，为自己预留退路。
正是由于郑芝龙与清军之间这种隐秘而密切的往来，才使得仙霞关、分山关等要塞形同虚设，毫无明军驻守，清军得以轻松入闽。
更甚者，因其自身主力军队从未真正投入战斗，当清军前来诱降时，郑芝龙竟献出了数万精锐汉军。这些部队后来被编入李成栋麾下，成为清军攻打广东的重要助力。
郑芝龙投降清朝的过程并非一蹴而就，其间遭遇了重重阻力，尤其是来自其子郑成功及其弟弟郑鸿逵、郑芝豹等人的强烈反对。
然而，郑芝龙最终选择降清的主要原因，并非出于对“顺应历史潮流”或“知天顺命”的认同，而是出于对“利益”的考量——他一直渴望掌控广东。
郑芝龙的心愿是成为闽粤之王，以福建和广东为根基，进一步扩展海上势力。若能占据这两个海洋大省，他便能够实现割据一方、称霸一方的梦想。
在退守至安平之后，郑芝龙依旧毫发无损，并且拥兵自重，采取观望态度。
清军主帅博洛则巧妙地迎合了郑芝龙的想法，先命令部队后撤数十里以示诚意，随后写信招降：
“我之所以敬重将军，正是因为您曾拥立唐藩（隆武帝）。作为臣子侍奉君主，若有可能，应竭尽全力；但如果力有不逮，则应当投靠明主，把握时机建立功业。如今两广尚未平定，我们已经铸好了闽粤提督的官印，只待将军前来就任。”
通过这封信，博洛不仅消除了郑芝龙对于继续支持明朝皇帝的顾虑，还抛出了“闽粤提督”这一极具诱惑力的条件。于是，郑芝龙欣然接受了招降。
当得知父亲有意降清时，郑成功极力劝阻：
“父亲大人，您身为明朝的重臣，怎可轻易改变立场！闽粤之地与北方不同，清军的铁骑在此难以施展威力。如果我们依托险要地形设伏防守，即便清军有百万之众，也难以迅速攻破。
在此相持之际，我们可以争取民心，稳固根基；同时大力发展海上贸易，增加军饷来源。之后再精心挑选将领、训练士兵，号召天下英雄，逐步谋求更大的发展。”
郑芝龙一时糊涂，对着儿子怒喝道：
"住口！你这乳臭未干的小子，根本不明白时局。弘光帝坐拥四镇精兵，又有长江天险，尚且抵挡不住清军。我们不过占据福建一隅之地，又怎能与大清抗衡？"
郑成功跪地泣谏：
"父亲只看到表面，却没有看清本质。清军虽众，但在闽粤地区难以迅速推进。回想我大明朝，文官争权，武将无能，最终导致崇祯皇帝煤山自缢的悲剧。南
京弘光朝廷，君非明主，臣皆庸碌，纵有长江天险也难守住。如今父亲若能利用闽粤地利，据险而守，必能重振人心，为复明大业奠定基础！"
郑芝龙冷笑道："小子见识短浅！识时务者为俊杰，大清对我礼遇有加。若贸然相抗，万一失利，到时候求饶都来不及！"
郑成功叩头出血，痛心疾呼："虎离山则威失，鱼脱渊则命危！恳请父亲三思！"
这时郑芝龙的弟弟郑鸿逵闯了进来，苦苦劝说道："兄长，您正值国难当头，本可拥立新君，位极人臣。如今您手握数十万精兵，战船无数，粮草充足。若能再拥一君号召天下，必有豪杰响应。大丈夫在世，怎能轻易屈膝事敌？"
郑芝龙勃然大怒："休得多言！退下！"
对于兄弟的劝谏，郑芝龙的态度明显温和了许多。他耐心解释道：
“兄弟，你方才所言，只着眼于眼前利益，却忽略了长远之计。甲申之变后，天下局势动荡不安，清朝逐步掌控中原，如今已占据天下的大半江山。若我们贸然以一支部队对抗整个天下，这不过是匹夫之勇罢了。
不如趁清军招抚之际，率全军归顺。此等策略，自古以来不少英雄豪杰都曾采用，可谓弃暗投明、择良主而事。清朝又怎会轻易辜负我们的诚意？人以真心待我，我也当以真心相报。贤兄不必忧虑，我愿独自前往拜见博洛贝勒，看他如何对待于我。还请兄长静候佳音。”
郑芝龙临行前，清军得知其子郑成功深谋远虑，便要求郑芝龙携郑成功一同前往。
当时，郑成功正在外训练军队，他写信给父亲表明立场：
“自古以来，父亲教导儿子应忠义为重，从未听过教子背叛国家的道理。如今父亲若不听儿劝，日后若有不测，儿唯有身着素服以表哀悼。”
郑成功的这封信，仿佛一语成谶，精准地预示了郑芝龙最终的悲惨结局。
《明季南略》一书详细记录了郑芝龙投清后的经历。
当郑芝龙进入清营时，清军统帅博洛表面上热情招待，与他折箭为誓，连续欢宴三日三夜。
然而到了第四天中午，突然号角齐鸣，清军迅速包围了参与宴会的数百名福建士绅。郑芝龙等人顿时惊愕不已。
博洛脸色一变，宣布:"郑芝龙等人必须立即启程进京听用，不得延误!"
郑芝龙虽然后悔莫及，但还是试图拖延，说想先安排好儿子和兄弟们的去向，以免他们造反给朝廷添乱。
但博洛并未中计，他要求郑芝龙立刻写信招降家人，然后笑着说:"平定郑家余部之事与你无关，朝廷自有安排。"于是郑芝龙在清军押送下前往北京。
与后来孙可望受封王爵不同，郑芝龙到京后即被软禁，仅获得"一等精奇尼哈番"(子爵)的虚衔。
郑芝龙在四合院中被囚禁十五年，最终连同几个儿子在宁古塔被处死。这位曾统领数十万大军、轻易献出福建的海上豪强，落得如此悲惨下场。
清军将领博洛巧妙利用郑芝龙的名义，在福建成功招降了超过十万的郑氏旧部。其中包括郑芝龙的弟弟郑芝豹，以及大将施福和施琅叔侄等人。
随后，郑氏宗军的骨干被调派至另一明朝降将李成栋麾下，却遭受排挤。当李成栋反叛清朝后，郑氏旧部趁机脱离，重新归附于郑成功旗下。
彼时，反对降清的郑成功与郑鸿逵兵力薄弱，仅有数百人，他们退守至中左所（即厦门）的鼓浪屿上，时刻准备扬帆出海以避敌锋。
郑芝龙被骗至京城的消息在郑氏部队中引发巨大震动。
部分人护送隆武帝之弟（后来的绍武帝）逃往广州，而郑氏家族中的郑彩等人则转而效忠鲁监国于舟山群岛，并在浙闽地区持续抗清行动。
郑氏家族中有名望者为郑芝龙兄弟四人：老大郑芝龙、老二郑鸿逵、老三郑芝豹，还有一个郑芝虎，他在早前征伐海盗刘香时阵亡。至于郑彩，尽管明末清初的史书多称其为郑鸿逵之子，但细究史实后却发现疑点重重，因此其真实身份尚存争议。清朝末年的南明史学者徐鼒对此人的身份亦感到困惑不解。
在张名振等人的支持下，鲁监国组建了一支军队，在福建取得了一些成就，接连攻克建宁、寿宁等地，一度收复三府一州二十多个县，并对福州形成围攻之势。
然而，由于郑彩的专横跋扈，鲁监国小朝廷内部依旧文臣与武将纷争不断，错失了许多宝贵的机会。
郑彩颇有其父郑芝龙的作风，甚至变本加厉，在丧失理智的情况下，他竟敢谋害朝中东阁大学士熊汝霖，将熊氏父子绑缚后投入大海淹死。
鲁监国听闻此事，悲痛万分，哭诉道：“杀害我的忠义之臣，如同断我股肱，我还苟活于世有何意义！”
因武将专权，郑彩独断专行，鲁监国的政权逐渐走向衰败。加之郑成功、郑鸿逵部拒绝承认鲁监国的统治，双方缺乏配合与协作，福建局势最终被清军占据上风。
清朝大举增兵进入福建，仅仅数月之间，鲁监国所控制的地区便尽数落入清军之手。眼见形势危急，郑彩这个以利益为先之人立刻抛弃鲁监国，自行离去，使鲁监国陷入孤立无援的境地。幸亏张名振及时赶到，将鲁监国迎至浙江台州府健跳所暂避。
在这偏远荒岛之上，鲁监国君臣齐心协力，暂时稳定了局势。鉴于清军屡次进攻，张名振等人建议鲁监国迁往舟山群岛。
然而，驻守岛上的明将黄斌卿意图割据自立，拒不接纳鲁监国一行人。在张名振的策划下，黄斌卿被其部下所杀，鲁监国这才获得了一块立足之地，得以重整旗鼓，建立海上小朝廷，并重用张名振、张煌言等贤能之士。鲁监国的军队在东南沿海一带牵制了大量清军力量，为抗清事业作出了重要贡献。
清廷诱捕郑芝龙入京的行为，表面上看似得计，实则犯下了一个极其短视且愚蠢的错误。在此之前，左梦庚、刘泽清等人投降后被挟持至京城软禁，清朝借此控制了他们的部下。
然而，郑芝龙的情况完全不同。他的弟弟、儿子以及众多大将皆忠于明朝，并一直劝阻郑芝龙不要投降。清廷以“背信弃义”的方式将郑芝龙作为人质，这直接导致郑家子弟及族人对清朝彻底失去信任，从而拒绝任何来自清朝的劝降。
如果清廷当时能够善待并重用郑芝龙，给予他足够的信任与权力，他或许会全力以赴为清朝效力，在海上建立功勋。郑氏家族在海上经营多年，具备卓越的眼光与敏锐的触觉。后来的事实也证明，郑成功凭借一己之力便能击败荷兰殖民者，足见郑氏家族在海上的强大实力。
然而，由于清廷的短视和急功近利，采取“擒贼先擒王”的策略，通过诱捕郑芝龙来试图瓦解郑家势力，这种行为反而适得其反。
博洛等人为了贪功而谎报军情，进一步加剧了这一错误。结果，清朝在闽浙沿海地区耗费数十年时间，投入大量人力物力，才勉强平定郑成功的反抗。郑芝龙个人的悲剧，实际上标志着中国海洋势力在历史关键时刻的失败，也宣告了明清时期海洋派力量的衰落。
更令人啼笑皆非的是，南明内部却陷入内斗。鲁监国一方颁布《戊子监国三年历》，而郑成功则坚持使用《隆武四年戊子历》。双方各自称正朔，二历并行，成为南明政权内部分裂的一大象征。这种自相残杀的局面，不仅削弱了抗清力量，也为清朝最终统一全国提供了可乘之机。
