如果《农村土地承包经营权证》有损坏、遗失，或者发现登记的情况，当事人可以申请更正、换发、补发农村土地承包经营权证。根据《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》第十一条：

农村土地承包当事人认为农村土地承包经营权证和登记簿记载错误的，有权申请更正。

第十七条：

农村土地承包经营权证严重污损、毁坏、遗失的；承包方应向乡（镇）人民政府农村经营管理部门申请换发、补发。经乡（镇）人民政府农村经营管理部门审核后，报请原发证机关办理换发、补发手续。

因此，农村土地承包当事人有权申请更正、换发、补发农村土地承包经营权证。当事人需向相关部门提出申请，经审核后，报原发证机关，由原发证机关向提出申请的承包人补发土地承包经营权证。一、农村土地承包经营权登记错误，找谁处理？农业行政主管部门处理登记工作。《中华人民共和国农村土地承包法》第二十四条第一款规定:

“国家对耕地、林地和草地等实行统一登记,登记机构应当向承包方颁发土地承包经营权证或者林权证等证书,并登记造册,确认土地承包经营权。”

《农村土地承包经营权证管理办法》第四条第三款规定:

“县级以上地方人民政府农业行政主管部门负责农村土地承包经营权证的备案、登记、发放等具体工作。”

因此承包土地所在的农业农村局作为农业行政主管部门具有农村土地承包经营权证备案、登记、发放职责。二、相关部门不受理怎么办？是否需要先行政复议再行政诉讼？针对相关部门发放的证书是错误登记的，是否需要行政复议？根据《中华人民共和国行政复议法》第三十条第一款规定，

公民、法人或者其他组织认为行政机关的具体行政行为侵犯其已经依法取得的土地、矿藏、水流、森林、山岭、草原、荒地、滩涂、海域等自然资源的所有权或者使用权的，应当先申请行政复议；对行政复议决定不服的，可以依法向人民法院提起行政诉讼。

因此，只有行政行为侵犯所有权或者使用权的侵权行为，当事人必须先进行行政复议，即行政复议要前置，才能行政诉讼。然而，农村土地承包经营权登记错误，例如，只是对《农村土地承包经营权证》中登记土地类型是否为基本农田有异议，则不属于行政机关具体行政行为侵犯其已经依法取得的土地的所有权或者使用权的情形，不属于行政侵权，不适用复议前置程序，当事人可以直接进行行政诉讼。如果出现发证部门拒绝处理登记错误的情况，可以根据《最高人民法院关于正确确定县级以上地方人民政府行政诉讼被告资格若干问题的规定》第五条规定:

“县级以上地方人民政府确定的不动产登记机构或者其他实际履行该职责的职能部门按照《不动产登记暂行条例》的规定办理不动产登记，公民法人或者其他组织不服提起诉讼的，以不动产登记机构或者实际履行该职责的职能部门为被告。公民、法人或者其他组织对《不动产登记暂行条例》实施之前由县级以上地方人民政府作出的不动产登记行为不服提起诉讼的，以继续行使其职权的不动产登记机构或者实际履行该职责的职能部门为被告。”

因此，当事人可以将当地具有农村土地承包经营权证备案、登记、发放职责的农业行政主管部门，即将当地农业农村局作为的被告，以进行行政诉讼的起诉。法律依据：《农村土地承包经营权证管理办法》

第十条  农村土地承包经营权证登记簿、承包合同登记及其他登记材料，由县级以上地方农业行政主管部门管理。 农村土地承包方有权查阅、复制农村土地承包经营权证登记簿和其他登记材料。县级以上农业行政主管部门不得限制和阻挠。