一、汉武帝与戾太子的路线分歧
《汉书》记载 ：“初 ，上年二十九乃得太子 ，甚喜，为立禖，使东方朔、枚皋作禖祝。”汉武帝高龄才得长子，因此十分宠爱戾太子。 但是随着时间的推移，戾太子的地位出现动摇。《资治通鉴》记载：“及长，性仁恕温谨，上嫌其材能少，不类己；而所幸王夫人生子闳，李姬生子旦、胥，李夫人生子，皇后、太子宠浸衰，常有不自安之意。”皇后恐久获罪，每戒太子，宜留取上意，不应擅有所纵舍。上闻之，是太子而非皇后。
上述记载显示了汉武帝与太子之间的矛盾有三个，一是汉武帝嫌太子“材能少”。 但与此同时《通鉴》记载 ：“上每行幸 ，常以后事付太子 ，宫内付皇后；有所平决，还，白其最，上亦无异，有时不省也。”而且太子自年少时汉武帝就找老师对其悉心培养，《汉书》也记载：“少壮，诏受《公羊春秋》，又从瑕丘江公受《穀梁》。 及冠就宫，上为立博望苑，使通宾客，从其所好，故多以异端进者。”由此可见太子不存在能力问题。 因此“材能少”这条记载并不准确。
二是汉武帝认为太子“不类己”。 这种“不类己”首先在于性格，即太子“性仁恕温谨”与汉武帝不相类似，导致汉武帝情感上的不认同。 但太子的性格是否像皇帝并非十分重要，例如朱元璋与朱标性格完全相反， 但朱标生前的太子地位是无法撼动的，特别是汉武帝是出色的政治家，不会以个人情感决定来左右太子人选。 因此这种“不类己”主要在于政治。“上用法严，多任深刻吏；太子宽厚，多所平反，虽得百姓心，而用法大臣皆不悦。”这便是汉武帝与太子在路线上的分歧。
事实上，只要有太子存在，两者就会存在政治上的矛盾，皇帝与太子之间不会是单纯的父子关系，而是政治关系。 汉武帝“用法严”，所以汉武帝身边会集中“用法大臣”，他们是朝中得势的一方。 同时朝中也会存在反对“用法”的大臣 ，他们不得重用 ，想要有所作为 ，最简单和行之有效的方法就是投靠另一方， 而最合适的人选就是太子，这样可以在太子身边发挥作用，也可以在太子继位之后迅速上位。 这样汉武帝和太子各自有一方势力，各自代表一种路线，这两股势力形成对立。 由于太子比皇帝年轻，正常发展下，太子必然即位，因此“用法大臣皆不悦”。
面对这种分歧和矛盾， 太子需要维持自己的地位，同时也要为日后即位作准备，所以他需要一批自己人。 依附太子的人以石德为代表，《通鉴》记载：“群臣宽厚长者皆附太子， 而深酷用法者皆毁之；邪臣多党与，故太子誉少而毁多。”此外太子背后有以卫青为代表的卫氏外戚势力， 卫青死后，这部分外戚势力大不如从前。 另外，如何处理好自己的政治势力与汉武帝势力的关系也至关重要，既不能威胁到汉武帝的权威，也不能过分得罪“用法大臣”，因此“皇后恐久获罪，每戒太子，宜留取上意，不应擅有所纵舍。”
汉武帝对此有所察觉， 他采取了两方面的措施。 一方面是对太子本人及其势力进行安抚。《资治通鉴》 记载了汉武帝与卫青的一段对话：“汉家庶事草创 ，加四夷侵陵中国 ，朕不变更制度 ，后 世无法；不出师征伐，天下不安；为此者不得不劳民。若后世又如朕所为，是袭亡秦之迹也。 太子敦重好静，必能安天下，不使朕忧。 欲求守文之主，安有贤于太子者乎！ 闻皇后与太子有不安之意， 岂有之邪？ 可以意晓之。”“大将军顿首谢。 皇后闻之，脱簪请罪。
太子每谏征伐四夷，上笑曰：‘吾当其劳，以逸遗汝，不亦可乎！’”这段对话表明汉武帝对于政治路线的问题是有明确认知的。 田余庆在《论轮台诏》中认为汉武帝面对与太子之间政治路线的分歧， 他清楚知道在适当的时候需要进行政策转变，但他仍然希望继续进取，因此将路线转变的期望寄托在太子身上。而面对皇后对太子的告诫，“上闻之，是太子而非皇后。”
另一方面， 太子背后的政治势力过于强大会危害汉武帝本人的权威和现行的路线， 因此汉武帝对太子的势力进行了打压， 重点在卫氏的外戚势力。“上春秋高，意多所恶，以为左右皆为蛊道祝诅，穷治其事。 丞相公孙贺父子，阳石、诸邑公主，及皇后弟子长平侯卫伉皆坐诛。”公孙贺是卫青的部下 ，早年对卫青有救命之恩 ；阳石 、诸邑公主是卫皇后的女儿；卫伉为卫青之子。 此次巫蛊事件针对太子， 目标明显， 实际上是巫蛊之祸的前兆。
三是汉武帝有了其余子， 储位也有了其他的选择。
二、巫蛊之祸前夕储君之位的争夺
汉武帝共六子，长子为戾太子刘据。 次子齐怀王刘闳、三子燕剌王刘旦、四子广陵厉王刘胥三人在元狩六年同时封为诸侯王。 巫蛊之祸发生于征和二年，汉武帝虽然“所幸王夫人生子闳”，在刘闳在此之前已去世。 史书没有关于刘旦、刘胥在巫蛊之祸之前的记载 ，且二人能力 、德行欠缺，汉武帝也从未考虑过二人，二人对戾太子的冲击不大。
五子昌邑哀王刘髆的生母李夫人是汉武帝的宠妃，早逝。 李夫人的兄长协律都尉李延年和贰师将军李广利，李广利与刘屈氂是儿女亲家。 出于对李夫人的思念和对太子势力的牵制， 汉武帝重用了李延年和李广利， 这样使得刘髆背后也有了一部分政治势力。 巫蛊之祸发生时刘髆年少，且关于刘髆本人的事迹，史书无载。 但结合李广利、刘屈氂等人在巫蛊之祸之后的活动， 可以怀疑刘髆背后的政治势力便是所谓的“邪臣多党与”并介入了巫蛊之祸。
后来的昭帝，六子刘弗陵，在巫蛊之祸发生时仅三岁。 关于其母钩弋夫人，《汉书》记载：“武帝巡狩过河间 ，望气者言此有奇女 ，天子亟使使召之 。既至，女两手皆拳 ，上自披之 ，手即时伸。由是得幸，号曰拳夫人。……任身十四月乃生（昭帝）。 上曰：‘闻昔尧十四月而生，今钩弋亦然。’乃命其所生门曰尧母门。”十四月而生的记载不符合常识，类似于史书中为了加强合法性的帝王神话， 难以判断是易储的造势还是昭帝即位后的神化。 关于钩弋夫人的家属，《汉书》 记载：“先是其父坐法宫刑，为中黄门，死长安，葬雍门。”因此怀疑钩弋夫人与宦官势力有联系。
由此可见， 对于太子储位有冲击的只有刘髆和刘弗陵。 但事实上，他们难以对戾太子构成实质性威胁。 相比较景帝朝刘荣与武帝的储位竞争，戾太子已有名分，且母亲为皇后，其嫡长子身份在宗法上难以动摇。 而汉武帝子嗣稀少，其余子或是资质不如戾太子，或是过于年少，从现实的角度上来说，汉武帝没有比戾太子更好的选择。
关于汉武帝是否有易储的打算， 最明显的一条记载就是“尧母门”，但难以确定真伪，且刘弗陵年少，难以与太子竞争。 另外，巫蛊之祸后从汉武帝的反映看出， 汉武帝应当没有易储的打算。 因此，只要戾太子没有大错，便可在武帝身后顺利即位。 但是汉武帝并没有明显表现出支持太子，对太子势力的打压程度过重，且此时汉武帝猜忌多疑、疑神疑鬼，“与诸子疏，皇后希得见。”汉武帝此时没有易储打算，且和所有的儿子都疏远，但与太子长期疏远，没有沟通，使太子无法判断其地位是否稳固。
三、戾太子是否行巫蛊
《汉书》记载“久之，巫蛊事多不信。”再加上汉武帝主动为太子平反， 班固认定太子是无辜的。 但以辛德勇为代表的学者通过汉书中“及冠就宫，上为立博望苑，使通宾客，从其所好，故多以异端进者。” 这条记载认为石德建议戾太子起兵时“并没有当面否认他有埋藏桐人的举措，这就说明他以桐木人偶诅咒汉武帝速死，当属事实。”并通过通过 “不悔前过曰戾” 再次印证了巫蛊的事实。
戾太子是否行巫蛊是宫闱秘事， 后人已难以通过文字材料判断。 从理性的角度分析，戾太子不应该行巫蛊。 汉武帝时期巫蛊事件频发，所有涉及巫蛊的人全部严惩乃至处死， 戾太子本人的地位也因为陈皇后巫蛊事败而获得，出于前车之鉴，一旦巫蛊事败露，必死无疑 。 但《汉书》《通 鉴》均有“从其所好，故多以异端进者。”的记载，这是太子剑走偏锋的源头，且在几方势力的围攻下，太子会有早日即位的想法， 但是否严重到对汉武帝行巫蛊也难以确认。
事实上太子是否行巫蛊并不重要， 重要的是汉武帝是否相信戾太子行巫蛊， 而汉武帝相信与否的深层次含义就是汉武帝是否有易储的打算 。“时上疾，辟暑甘泉宫，独皇后、太子在。”汉武帝与太子之间长期隔绝，没有沟通，太子也无法判断自己的储位是否稳固。 石德对戾太子说：“前丞相父子、两公主及卫氏皆坐此，今巫与使者掘地得徵验，不知巫置之邪，将实有也，无以自明，可矫以节收捕充等系狱，穷治其奸诈。 且上疾在甘泉，皇后及家吏请问皆不报， 上存亡未可知， 而奸臣如此，太子将不念秦扶苏事耶？”这段话中石德的分析重点不在于是否有巫蛊， 而在于储位乃至生死，巫蛊与否在于汉武帝的个人判断，而此刻无法确认汉武帝的意思， 因此石德用扶苏的教训来劝诫太子起兵。
此刻太子有两种选择： 一是在汉武帝面前对质。 身为太子，无论结果如何也将受辱，同时其命运将由汉武帝决定。 二是选择起兵。 这实际上就是发动政变提前即位。 这种选择风险极大，或者立刻成为皇帝，或者败亡。 这两种选择都有死的可能，所以“太子急，然德言。”
四、汉武帝的处置
《汉书》记载，在追捕戾太子的过程中，壶关三老令狐茂向汉武帝上书陈述太子的不得已 。“书奏，天子感寤。”《通鉴》增加了一条：“然尚未敢显言赦之也。”这反映了汉武帝之前没有易储的打算，但此刻已不是太子是否巫蛊的问题，而是太子起兵本质上是谋反， 因此汉武帝不会赦免太子，其家人也一同遇害。 之后，汉武帝处置了田仁、仁安等在太子起兵过程中有倾向太子行为的官员，并将追捕太子有功的几人封侯。
事情的转折点发生在田千秋上书之后， 田千秋为高寝郎，他上书汉武帝 ：“子弄父兵 ，罪当笞 ；天子之子过误杀人，当何罪哉！ 臣尝梦见一白头翁教臣言。”上书显示车千秋窥探出了汉武帝内心想法 ：汉武帝之前无意易储 ，但太子已死 ，继承人没有着落， 且此时需要转变政策来解决一系列的统治危机。 田千秋是高寝郎，上书中的白头翁就是汉高祖，他用汉高祖的托梦来给汉武帝台阶下，汉武帝便顺势为太子平反， 所有巫蛊之祸参与危害太子的人或是被处死，或是莫名其妙地死去。 正是因为田千秋了解了汉武帝内心的想法， 并且敢于上书， 也使其短时间内迅速从一个低级官员变为丞相，并被封为“富民侯”。
征和四年，汉武帝发布轮台诏令，否决了桑弘羊等大臣在西域轮台地区屯田的提案， 此刻匈奴的威胁仍然存在，“（征和）三年春正月……匈奴入五原、酒泉，杀两都尉。”这反映了汉武帝有意转变政策来解决统治危机。 此刻汉武帝时日无多，之后的措施也将由继任者执行。
与此同时， 李广利和刘屈氂为刘髆谋储事情败露， 刘屈氂作为丞相在巫蛊之祸中负责追捕太子。 之后李延年、刘屈氂被杀，李广利投降匈奴，刘髆也巧合地死去。 刘旦“自以次第当立，上书求入宿卫。 上怒，下其使狱。 后坐臧匿亡命，削良乡、安次、文安三县。”刘胥“动作无法度，故终不得为汉嗣。”所以唯一能立的只有刘弗陵了，因其年幼， 汉武帝处死了钩弋夫人并让霍光等人辅政，为身后作准备。 后元二年，汉武帝驾崩，昭帝顺利即位，完成了权力交接。
巫蛊之祸看似偶然，实则存在因果，帝制时代中，皇帝与太子之间的冲突时有出现。 唐太宗与太子李承乾、 康熙皇帝与太子胤礽等父子之间均爆发严重冲突，并导致太子被废。 皇帝和太子之间并非是简单的父子关系，同样也代表两股政治势力，当两股政治势力诉求不一致， 加上其他政治势力的介入和各种因素的推动， 最终会形成不可调和的矛盾，导致父子相残。
