1921年，外蒙古宣布建立君主立宪制，拥戴活佛哲布尊丹巴为立宪君主，查格达尔扎布顺利成为共和国的总理，其人是蒙古人民革命党元老，也是独立运动的主要推动者，短时间内其地位和权威甚盛，不过其在任仅1个月零3天，便由同为党内元老的鲍陀取代，鲍陀、查格达尔扎布在政治上是坚固的盟友，皆是具有民族主义思想的政治人物，二人对蒙古人民革命党党内甚嚣尘上的“全盘苏化”政策不满，认为蒙古社会千百年的传统理应得到足够尊重和传承，而且敏锐嗅到全盘苏化将使外蒙古彻底成为苏联附属。

这种论调迅速在党内造成巨大影响，以苏赫巴托尔为首的党内元老群起维护“苏化”，至1922年8月逮捕处决鲍陀、查格达尔扎布等13名党内元老，并长期监禁27名党员同志，不久苏赫巴托尔亦被反对派毒杀。1924年5月，外蒙古皇帝、活佛哲布尊丹巴病逝，蒙古人民革命党宣布取消君主立宪政体，通过决议成立蒙古人民共和国，逐步没收寺庙、喇嘛、王公财产和牲畜充公，于民众间实行集体化政策，诸阶层为逃避政府征收而屠杀牲畜，对此外蒙古效仿苏联实行“新经济政策”，缓缓放松市场使经济日渐复苏，1930年前后每年牲畜数量增加近20万头。

尽管如此，外蒙古的集体化政策造成极大的社会创伤，而这一政策正是苏联领袖斯大林炮制的产物，1932年总理根登曾说过“既然蒙古的路线失败了，斯大林就应该为此负责。”据说根登素有酒后胡言的恶习，斯大林也有喝大酒的习惯，甚至在重要会议上也照饮不误，故对根登这一“同志”兼“酒友”保有足够耐心，从来不曾追究他犯上不尊的言论，因为他仍需任用根登推行“肃反运动”。所谓“肃反运动”即肃清反革命运动，即俗语所谓“大清洗运动”，1933年苏联发动大清洗运动，外蒙古也亦步亦趋起而效仿，根登一手炮制鲁浑贝“反革命间谍集团案”。

彼时鲁浑贝为中央委员会书记，总理根登将之定性为“反革命间谍集团”首领，此案合计逮捕317人，其中56人被处决，260人被判10年以下有期徒刑，126人被流放苏联，而且前任总理吉格吉德扎布亦受牵连，被冠以“反革命”罪名，在家中被乱枪打死。尽管根登坚决执行斯大林的指令，可是其内心深处的良知却不堪折磨，1934年斯大林要求根登从速完成“消灭宗教阶层”的任务，此举使根登内心极度抗拒，称“在我们蒙古，喇嘛在人民中比党和政府还有更大的影响力和威望，对待他们我必须要另寻良策。”

当时根登主张将发展经济和文化作为党的主要任务，尽量规避执行过于血腥的肃反行动，可是斯大林冷静解释称：“在你的国家不能有两个权力中心，他们能跟你抢夺人民的支持，你必须要解决这问题……你的内务处做了什么，什么都没做，你应该把内务处改组扩大成内务部。”1935年初，根登携人民军总司令、内务处处长第二次晋见斯大林，斯大林对外蒙古拖延清洗喇嘛教阶层深表不满，将喇嘛称为外蒙古独立自主的敌人，告诫当局善待喇嘛将腐蚀武装力量，因为喇嘛教能影响士兵的思想，因此必须彻底毁灭喇嘛阶层。

根登及同僚绞尽脑汁极力搪塞，斯大林决定放弃根登另觅人选，派人送20辆汽车给乔巴山，并授意当局推举乔巴山为副总理，此举使乔巴山、根登分道扬镳激烈斗争，亦引起根登对斯大林的逆反心理。1936年初，心怀恨意的根登晋见斯大林，打算向苏联提出经济和文化援建要求，斯大林冷嘲热讽的说道：“除了我们（苏联），根本没有一个国家承认你们……你们名义上还是中国一部分，我们没有帮助你们的义务。”这种论调极大刺伤了根登的自尊心，其毫不示弱的据理力争，使二人的矛盾迅速升级。

不久根登通过蒙古驻苏大使馆宴请斯大林，尝试在宴会上缓和与斯大林的紧张关系，不料双方就过往问题再次爆发激烈争论，怒不可遏的斯大林当众训斥根登，愤恨不已的根登借着酒劲再次胡言乱语，夺过斯大林的烟斗摔的稀碎，怒斥道：“你这个血腥的格鲁吉亚人，简直就是不折不扣的红色沙皇！”这一次“耍酒疯”彻底断送了根登的政治生涯，也宣告其生命走到了尽头，斯大林命令外蒙古当局解除根登的一切职务，外蒙古的最高权力落到乔巴山的手中，斯大林派人送来“4支步枪和3万发子弹”，提醒人民革命党高层“必须大开杀戒”清除喇嘛阶层。

1937年根登被处决，苏联增派野战军3万人进驻外蒙古，旨在为大清洗行动撑腰打气，随即党内高层65名干部被捕，军队高层全部将领均在黑名单之中，诸人遭受种种酷刑被逼“招供”，毫无例外地“承认”参与反革命集团，并违心地供出更多的“同伙”。据统计，51个中央委员会成员中，有36人被执行枪决处死，总理阿玛尔以包庇“反革命”罪名押送苏联，数年后被枪毙处死，此外仍有许多领导干部受牵连，诸如外蒙古人民军总司令德米德死于押送途中，其父亲、兄弟皆遭处决，甚至怀孕的妻子娜察也被杀死，军队旅以上将领187名被捕，逾1000名军官为活命主动承认罪行，最终绝大多数仍被枪毙。

喇嘛教亦遭到近乎毁灭性的打击，数百年书籍、卷册、艺术品毁灭殆尽，寺庙的金银器皿被苏联搜刮而去，771座寺院中的615个变成废墟，仍勉力运行的仅有26座，8.5万名喇嘛仅剩17338人，且打算将中高层喇嘛全部解决，大量僧侣遭逮捕集体处决。至1939年4月，外蒙古当局共判处反革命罪犯29198人，其中最高军事法院查办处决20099人，5739人被投入监狱，此外受大清洗运动牵累处死2000名萨克人，140个塔塔尔人只剩下4人，来自中国的蒙、汉民众则几乎无活口存留。

大清洗运动中，知识分子遭到前所未有的残酷打击，党政军、宗教界诸派人物被杀戮殆尽，传统文化遭到毁灭性打击，甚至禁止民众歌颂成吉思汗，而政治、军事、经济部门则成为苏联的附庸。二战爆发后，外蒙古当局倾尽全力支持苏联，掏空了外蒙古全部的金钱和物资，低价出售给苏联48.5万匹马，无偿赠送战马3.2万匹，另赠羊皮衣服3万件、食品600吨，并有现金10万美元、黄金300公斤、坦克54辆，外蒙古不仅派兵出战，更征派民夫赴苏联服役，尽职尽责为苏联流血牺牲。尽管如此，苏联领袖斯大林病逝后，赫鲁晓夫发起“反斯大林运动”后，而外蒙古领袖泽登巴尔立刻响应，于外蒙古发起规模庞大的“反乔巴山运动”，这种亦步亦趋上行下效的政治表演和血腥行动，只不过是“全盘苏化”余毒未解的病症而已。