太平天国后期战事吃紧，许多女兵被编入作战队伍。由于战斗经验不足，在与清军的战斗中充当炮灰，牺牲于前线。还有部分女兵在从事后勤工作时搬运粮草，被炮火波及或因劳累过度而死。

天京被攻陷后，一部分女兵为了避免被清军俘虏遭受凌辱，选择自缢。其中留守在天王府的约2000多名女兵选择自缢，还有许多女兵通过自焚等方式结束了自己的生命。

天京城破后，大量女兵沦为清军的俘虏，清军对这些女兵丝毫没有怜悯之心。许多女兵遭受了肆意的蹂躏和折磨，在屈辱中死去。后期因内部管理混乱、粮食短缺等原因，有部分女兵选择了逃亡。

据曾国藩的《贼情汇纂》记载，从门牌制度确立的1853年7月到1854年6月，女子的数量减少了近2.7万人，逃亡和死亡的比例在2：1，这意味着约有一半的女兵选择了逃跑。