太平天国起义初期，队伍多是拖家带口参加，男女分营可将队伍纳入战斗化军事编制，便于管理和指挥，避免因家庭混居带来的不便，能更好地调集力量为战争服务。通过隔离男女，减少军中奸淫等违纪行为，维持军队纪律，使士兵将精力集中于战斗，像规定男女私自接触按“奸淫”罪处置，就起到了整肃军纪的作用。

洪秀全受拜上帝教等宗教思想影响，认为男女有别，需严格分开，以营造“清教徒”式的组织氛围，体现其宗教理念和对“天国”的制度设计。男女分营，让女性摆脱家庭束缚，获得与男性类似的行军打仗、参与劳作等机会，体现了“天下多女子，尽是姊妹之群”的平等思想。

男女分营制度有不人性的一面，比如夫妻不准随意见面，违反者严惩，即使是有血缘关系的男女亲属也不能随便见面，这违背了基本的人伦亲情。这一制度在前期对战斗力提升有一定帮助，它使军队管理更高效，纪律更严明，减少了因男女关系等问题产生的内耗和混乱，让太平军能专注战斗。但后期，该制度弊端渐显，引发部众不满，削弱了队伍的凝聚力和民众支持度，1855年洪秀全下令解散女馆，结束了这一制度。