1916年6月7日，黎元洪在北京的东厂胡同宅邸举行了一场简单的就职典礼，正式就任中华民国第三任总统，出席就职典礼仪式的有段祺瑞、参政院院长溥伦，以及其他内阁成员。

然而，此时的黎元洪只不过是段祺瑞手中的傀儡总统，北洋政府的军政大权全部都在段祺瑞的手里。

虽然黎元洪在各方势力的斗争当中坐上了总统宝座，但是这场风波还远远没有结束。

这场风波的源头就是之前段祺瑞公布的两份公告，一份是袁世凯临死之前的“遗令”，另一份是《中华民国约法》第二十九条的内容规定。

其中，袁世凯在临死之前留下的“遗令”，是由徐世昌和段祺瑞共同起草的，具体内容为：

“依《约法》第二十九条，大总统因故去职，或不能视事时，副总统代行其职权。本大总统遵照《约法》，宣告以副总统黎元洪代行中华民国大总统职权。副总统恭厚仁明，必能弘济时艰，奠安大局，以补本大总统之缺失而慰全国人民之望。”

而段祺瑞以国务院总理的名义，向全国发布了《中华民国约法》第二十九条当中的通电，具体内容为：

“袁大总统以本月六日因病去世，业经遗令依《约法》第二十九条宣告，以副总统黎元洪代行中华民国大总统之职权。各省地方紧要，务望以国家为重，共维秩序，力保治安，是为至要。”

这两份公告发布出去不久，就立刻引起了西南护国军和其余各省“反袁”人士的强烈不满！

6月8日，西南军务院副抚军长岑春煊发布通电说：“黎大总统出承大位，本国法程序之当然，绝非袁世凯一人之私法所得附会。”

6月9日，孙中山、黄兴等人发表通电，严厉斥责北洋政府，揭露段祺瑞“为了自身的利益，全然不顾大局”的无耻嘴脸。

与此同时，就连上海的国会议员也纷纷发表声明称：“如果有人企图以《中华民国约法》破坏国家宪法，那么他就是国人的公敌，将会被国人所抛弃！”

西南护国军还多次致电刚刚当上总统的黎元洪，要求他对外界明确宣布，自己是依照《中华民国临时约法》和《大总统选举法》合法继承总统之位，而不是依据《中华民国约法》和《修正大总统选举法》当中的“代行总统职权”。

除此之外，西南护国军还要求黎元洪恢复《中华民国临时约法》和国会，并且依据《中华民国临时约法》组建内阁，同时废除《中华民国约法》和《修正大总统选举法》。

如果按照《大总统选举法》当中的规定，黎元洪是合法继承总统。但是按照《修正大总统选举法》当中的规定，黎元洪只是暂时代理总统。

围绕着这一话题，各方的势力展开了激烈的争论。

经过一番权衡利弊，就连手握重兵的冯国璋也选择与西南护国军站在同一阵营，要求段祺瑞废除《中华民国约法》，恢复《中华民国临时约法》，以及恢复国会。

6月29日，段祺瑞无奈只好做出妥协，他重新强调了“宪法为国家之本”的重要性，随后宣布：

“在宪法未定以前，仍遵行中华民国元年三月十一日公布之临时约法，至宪法成立为止。其二年十月五日宣布之大总统选举法系宪法之一部，仍应有效。”

直到这个时候，关于黎元洪究竟是“继承总统之职”，还是“暂时代理总统之职”，最终以段祺瑞的妥协而宣告结束。

随后，黎元洪以中华民国总统的名义发布通电，撤销袁世凯在任时期的立法院，重新组建责任内阁，并且任命段祺瑞担任国务院总理，任命冯国璋担任副总统，任命张国淦担任总统府秘书长，任命孙洪伊担任内务总长。

半个多月以后，西南护国军军务院抚军长唐继尧发布通电，正式宣布取消军务院。

直到这个时候，“护国运动”终于宣告结束，中国南北又回归了统一的局面。

然而，黎元洪并不甘心当“被段祺瑞挟持的汉献帝”，他想要做一个拥有实际权力的总统，从而导致他的总统府和段祺瑞的国务院之间产生了极大的矛盾，史称“府院之争”。

第一次“府院之争”的根源发生在任命国务院秘书长的人选问题上。

国务院秘书长的主要职责就是协助总理处理国务院的日常事务，还要将内阁会议议决的公文交给总统盖上大印，是国务院和总统府之间的联络纽带。

经过精挑细选，段祺瑞打算任命徐树铮担任国务院秘书长，但是需要黎元洪盖上大印才能生效。

然而，当张国淦把这份任命书交给黎元洪的时候，黎元洪对于徐树铮担任国务院秘书长一事感到非常不满，说什么都不肯在任命书上面盖上大印。

徐树铮是段祺瑞的心腹大将，人称“小扇子军师”，曾经在袁世凯在位的时候，他就是段祺瑞身边的左膀右臂。

尽管张国淦极力劝说，但黎元洪始终不同意，而且态度坚定地说道：“请你转告段总理，一万件事我都可以依从他，唯有这一件事我办不到！”

接着，黎元洪继续说道：“我无法与徐树铮共事，我见到他就仿佛芒刺在背一样！”

听完黎元洪的话，张国淦耐心开导：“虽然徐树铮曾经对总统有不敬之处，但他毕竟属于军人一派，性格直爽，总统何不对他包涵化干戈为玉帛呢！”

无论张国淦怎样劝解，始终也无法让黎元洪改变主意。

看到黎元洪“拒绝任命徐树铮为国务院秘书长”的强硬态度，张国淦也不再说什么了，只好暂时离开黎元洪的总统府。

可是，面对这样的结果，张国淦自然无法向段祺瑞交待。

于是，张国淦找到北洋政府的“元老级人物”徐世昌，并向他说明了来意，企图请他出面劝说黎元洪。

徐世昌认为，段祺瑞任命徐树铮担任国务院秘书长，此事事关重大，关系到责任内阁的组成与运作，当即同意了张国淦的请求，同意前往总统府走一趟。

随后，张国淦和徐世昌一起来到了总统府，见到了黎元洪。

徐世昌直接开门见山地说道：“总理任命人事，总统并非不可驳回，但是唯独任命秘书长不应该驳回！秘书长的职责是处理总理交办的事务，属于总理的办事人员，这类人员理应由总理挑选。”

徐世昌在北洋政府当中资历最老，他的话自然能够让黎元洪重视起来。

徐世昌接着说道：“总统，你不要怕又铮（徐树铮），芝泉（段祺瑞）已经够受的了，多一个跋扈的人不见得是件坏事。”

既然把话都说到了这个份上，黎元洪虽然有点不情愿，但还是盖上大印批准徐树铮担任国务院秘书长。

但是，黎元洪还提出了一个附加条件：以后国务院秘书长徐树铮来到总统府办事，不能让他单独前来，必须要跟总统府秘书长张国淦一同前来。

这个附加条件让徐世昌感觉有点好笑，他一口答应下来，连忙说道：“这是自然！”

然而，站在一旁的张国淦似乎有些意见，正要开口说话的时候，急忙被徐世昌制止。

于是，徐世昌告辞离开，张国淦把他送出总统府的门外，他不禁对总统府和国务院之间的关系感到悲观，并且感慨道：“做一段算一段，尽心而已”。

就这样，在黎元洪的批准之下，徐树铮正式担任国务院秘书长，开始处理段祺瑞交待的各项事务。

但是，徐树铮走马上任以后，依旧保持着平时张扬跋扈的作风，他自认为有段祺瑞作为后台，根本就不把黎元洪放在眼里。

徐树铮本来应该负责跟总统府之间的沟通，把国务会议决定的重大事项呈报给黎元洪，征求黎元洪的同意，并且让黎元洪盖上大印然后公布出去。

可是，徐树铮根本不跟黎元洪进行沟通，只是催促黎元洪赶快盖上大印。

有一次，山西省在一天之内更换三位高官，徐树铮拿着任命书来到总统府，要求黎元洪盖上大印。

看到如此频繁的人事变更，黎元洪有些疑惑，他询问道：“为什么山西省一天更换三个高官呢？”

徐树铮有些傲慢地说：“总统，您只需要在后页的年月上盖上大印即可，何必询问前面发生了什么事情呢！”

很明显，徐树铮只是把黎元洪当成了一个负责盖印的总统。

7月29日，段祺瑞以国务院的名义，秘密向各省的北洋军将领发布通电，征求“如何解决广东问题”的意见。

与此同时，段祺瑞还把“广东境内龙济光和几烈钧的军事冲突”，提交到了国务会议上进行讨论。

在召开的国务会议上，徐树铮建议“国务院发表一道讨伐李烈钧”的命令，并且主张“江西、福建两省的北洋军进入广东境内，帮助龙济光打击李烈钧的滇军”。

根据北洋政府的规定，徐树铮身为国务院秘书长，只能参加国务会议，并没有发言权和表决权。

内务总长孙洪伊认为，徐树铮的发言违反了规矩，而且是在故意扩大广东地区的军事冲突，坚决反对他的建议。

孙洪伊的一番话，得到了大多数国务委员的支持，徐树铮的建议没有得到通过。

然而，徐树铮依然心有不甘，他竟然私自拟定了一份“讨伐李烈钧”的命令，送到总统府让黎元洪盖上大印，当即遭到了黎元洪的拒绝。

尽管在总统府碰了钉子，但徐树铮还是不愿放弃，他做出了一个更加大胆的决定，他直接以国务院的名义把这份“讨伐李烈钧”的命令发往江西省和福建省。

随后，江西督军李纯在电报中回复说：

“江西兵力单薄，只能派兵防守赣粤边境，不能越境进入广东境内发起进攻。”

直到这个时候，其他国务委员才知道，原来是徐树铮擅自以国务院的名义向江西省和福建省发出的军事命令。

得知这个消息之后，孙洪伊极其气愤，他带领几位国务委员找到徐树铮，当面指责说：“你这是在侵越职权”。

谁料，徐树铮竟然满不在乎，还跟孙洪伊吵了起来。

孙洪伊是由黎元洪强力推荐的内务总长，曾经是一位比较激进的“反袁”人物，他虽然在国务院入职，但在立场上却始终站在黎元洪这边。

在涉及国务院和总统府的事情上，孙洪伊为了维护黎元洪的权益，经常跟段祺瑞和徐树铮发生争吵。

正当“广东地区的龙济光与李烈钧事件”还没有平息的时候，福建省长胡瑞霖又掀起了一场风波。

8月下旬，湖南官员郭人漳等人向国务院递交一份提案，提案当中写道：“福建省长胡瑞霖在担任湖南财政厅长的时候，做了许多徇私枉法，贪污受贿的行为。”

由于胡瑞霖与“皖系”一派的关系比较密切，徐树铮就没有把这件事情提交到国务会议上进行讨论。

而且，徐树铮也没有经过国务委员的审核，就私自以国务院的名义为胡瑞霖进行辩护和开脱。

当孙洪伊得知这件事情以后，便跑去质问段祺瑞：“凡是与各省民政长官有关的问题，内务总长是否无权过问？国务院秘书长是否有权擅自做出处理？”

段祺瑞自知有些理亏，只是随口骂了一句：“又铮（徐树铮）荒唐”。

除此之外，段祺瑞还立即派人前去国会收回徐树铮擅自发出的咨文。

但是，段祺瑞派去的人还是来晚了一步，此时的国会已经将咨文印发了出去，没有办法再收回来了。

看到自己的权力被徐树铮肆意践踏，孙洪伊一怒之下，提出了辞去内务总长的职务。

得知孙洪伊提出辞职的消息，黎元洪非常震怒，他气愤地说道：“现在哪里还是责任内阁制，简直就是国务院秘书长制。”

于是，黎元洪专门把孙洪伊请来总统府，企图将他挽留下来。

对于孙洪伊的辞职请求，虽然段祺瑞在心底是高兴的，但是迫于各方的压力，他也只能勉强表达了“挽留孙洪伊”的违心话语。

在黎元洪与段祺瑞的一致挽留之下，孙洪伊最终同意不再辞职，但却提出了一个条件，那就是“必须要对国务院秘书长的职权做出限制”。

段祺瑞也对徐树铮经常越权的事情感到气愤，他当即答应了孙洪伊的条件。

很快，在段祺瑞、孙洪伊等其他国务委员的共同制定之下，国务院出台了一份《限制北洋政府国务院秘书厅职权章程》，其中专门对国务院秘书长的职权做出了限制：

“一、承总理之命，掌管秘书厅事务；

二、经国务会议决定之案，不得擅自更改;

三、公文命令，非得总理及负责总长之副署，不得发行;

四、凡政府答复国会的质问案，均须由主管部起草;

五、政府命令，须由国务员副署后送总统府盖印发表。”

随着这份《限制北洋政府国务院秘书厅职权章程》的出炉，虽然限制了徐树铮的职权，但是也让导致了徐树铮与孙洪伊之间的矛盾变得更加尖锐。

就在这个时候，总统府秘书长张国淦提出辞职，在孙洪伊的推荐之下，黎元洪任命丁世峄担任总统府秘书长。

丁世峄与身为“两面派”的张国淦不同，他是属于坚决反对段祺瑞的一派。

在国务院做出的《限制北洋政府国务院秘书厅职权章程》出台以后，丁世峄以“总统府和国务院的职权极不明确”为由，提出“制定一个总统府与国务院之间的办事规程”。

丁世峄的目的是，要让总统府和国务院之间具有明确的分工。

几天之后，丁世峄就起草完成了一份“总统府国务院办事手续草案”，意在提升黎元洪的权威，抑制段祺瑞的权力。

看到这份草案之后，虽然黎元洪十分满意，但却让段祺瑞恼羞成怒，他马上实施两个反击策略：

由此可见，段祺瑞明显是在向黎元洪进行示威。

见此情景，黎元洪也做出了让步，经过一番讨论之后，总统府和国务院最终达成了五条折中的意见：

“1.总统不出席国务会议，但需将国务会议议事日程先呈总统。

2.总统可以随时查看国务会议议事记录。3.紧要军政事件，国务委员需要直接向总统汇报。

4.总统认为国务会议议决事项有不合者，可命总理及该管国务委员说明理由，如说明后仍有不合之处，可交回复议一次。

5.每日呈阅的文件及呈请用印，需由国务院秘书长亲自送到总统府。”