在九天玄女的帮助下，黄帝又与蚩尤在涿鹿之野展开了大战。黄帝根据九天玄女所传之秘术，布下兵阵，大败蚩尤。蚩尤战争失利，便利用妖术在战场上掀起漫天大雾，以致黄帝的士兵无法分辨方向，东冲西撞，阵法大乱。此时，风后根据天书所传秘学，制造了指南车，车上雕刻了一个仙人，无论车如何回转，仙人的手永远指着南方。在指南车的带领下，军队走出了迷雾。

蚩尤见黄帝军队破了迷雾，又继续使用妖术作乱。黄帝也使用役使神鬼之术，召来了应龙，诛杀蚩尤。《山海经》记载：黄帝召来应龙在冀州之野诛杀蚩尤，应龙蓄水准备水淹蚩尤大军，而蚩尤却召来了风伯和雨师，趁机降下了狂风暴雨，黄帝大军被暴风雨冲散，困顿不前，再次出现危机。这个时候，黄帝召来天女“魃”，平息了风雨。魃是旱神，她不管出现在哪，哪里就会大旱，滴雨不下，所以又称为“旱魃”。

风雨平息后，黄帝便重新布阵，擂打夔牛鼓，将蚩尤震得魂飞魄散，无法行动，应龙因此活捉了蚩尤。黄帝令人给蚩尤戴上枷栲，让应龙在凶黎之邱诛杀了蚩尤，并将他的尸体分为几块，埋葬在四个不同的地方，以防止他使用妖术复活。《山海经》记载：蚩尤死后，他所戴的枷栲被扔弃在荒山，化作了红色的枫林。

涿鹿之战结束后，黄帝便统一了华夏各部族，从此揭开了中华五千年文明的大幕。《拾遗记》记载：黄帝杀了蚩尤后，将九黎部落中善良本分的人，迁居到邹屠这个地方，将凶残暴恶者迁居到北方的寒冷之地。这些就是今天汉族中邹姓、屠姓、蚩姓、黎姓等姓氏的先祖。

其余的蚩尤残部，四处流散，演变为后来的三苗。在尧时，三苗被西迁到三危山，后来作乱，被大禹所灭，其残部成为后来的羌族。另有一部分在历史中不断往南迁徙，成为今天中国南方苗瑶等族的先祖，所以今天的苗民一直将蚩尤作为他们的祖先来祭拜。《纲鉴易知录》记载：蚩尤姓姜，原本是炎帝神农氏的一支后裔。中华历史上的历朝历代，包括所有被称为蛮夷的少数民族入主中原而建立的朝代或国家等，其实都是炎黄华夏族、甚至他们之前更久远的共同祖先的后代或分支，都是正宗的“炎黄子孙”。

《山海经》又记载：应龙助黄帝诛杀了蚩尤后，又诛杀了蚩尤的大将夸父，战争结束后，便长期居住在南方，所以南方多雨。而天女魃助黄帝平息了暴风雨后，无法回天，便长期居住在人间，她所居之处就会出现大旱，黄帝就将她安置在赤水的北面。但魃经常会逃离居地，所到之处就会出现大旱，若想驱离她，就要喊她往北去。