公司已制定《薪酬福利体系管理方案》，要求员工在加班前应由用工部门填写加班申请单，并经过公司行政人事审核及总经理审批后才能执行。行政总监费某认为，他在公司工作期间存在加班情形，公司应当支付加班费。

用人单位制定相应的薪酬、考勤管理制度是行使其用工自主权的体现，对此应予以鼓励。然而，实践中可能会出现用人单位利用其优势地位支配劳动者加班，并制定规章制度来为劳动者获得加班工资设置障碍的情况。因此，判断是否应支付加班费的关键在于劳动者是否存在加班的事实。

在本案中，某公司虽然制定了加班审批制度，但并未履行民主程序，且在实际生产经营过程中并未实施该制度。而劳动者提交的证据能够证明其确实存在加班的事实。

法院经审理后认为，某公司与费某签订的劳动合同约定执行标准工时制。对于费某在双休日及节假日的加班时间，应按照法律规定支付加班工资。由于该公司未能提交证据证明薪酬方案的制定、通过及公示符合法定程序，也没有证据证明其实施了该方案，某公司应当向费某支付加班费，而不能仅以“未填写加班审批表”为由拒绝支付，因此判决某公司应向费某支付加班费。