1959年7月，邓华因与彭德怀的密切交往，被错误地扣上了“反党分子”的帽子，被迫转业到四川。作为新中国开国将领中著名的“军事专家”，邓华的军事才能还未得到充分施展，就被迫离开了军队。在四川，他含冤工作了十八年，直到1977年才得以重返军队，迎来了晚年的生活。

1977年7月，十届三中全会召开后，邓小平第三次复出，开始为历史冤案平反，邓华因此得以离开四川。一个月后，他被调任为军事科学院副院长，并兼任中央军委委员，正式回到阔别十八年的部队。此时的邓华已67岁，身体状况非常差，加上18年的精神摧残，他已是身心俱损，对工作心有余而力不足。

然而，邓华心中仍有几件未了的大事。第一件就是帮助老战友洪学智平反。当中央军委询问邓华有何要求时，他毫不犹豫地表示：“一定要尽快为洪学智平反，让他回部队工作。”邓华心怀愧疚，因为抗美援朝战争爆发时，是他将洪学智调到了志愿军司令部，两人一起协助彭德怀，赢得了这场战争。后来，彭德怀在庐山会议上遭到批判，邓华和洪学智都受到牵连。对于洪学智遭遇的不公，邓华认为是自己导致的。

在邓华的呼吁下，洪学智很快被调回了部队。两人在北京相见时，邓华眼含泪水，一度哽咽。时隔多年，老友重逢，谈话内容仍是“打仗”和“部队”。邓华忧心忡忡地说：“我们是光着头打了朝鲜战争，现在这种情况十分不利，要抓飞机，要掌握制空权。”洪学智看到，邓华依旧充满责任感。

邓华重返军队工作之初，内心充满期待，希望能为党和军队再做贡献。然而，在不到一年的时间里，邓华两度因病住院，迫使他开始撰写论文和回忆录。他强忍疾病完成了一篇关于军队及装备现代化的论文，这正是邓小平复出后最关心的问题之一。

1979年初，党中央决定发起对越自卫反击战，邓华成为了指挥人选之一。中央很快就此事询问了他的意见，但邓华再三推辞，始终不肯接受重任。中央军委内部对此议论纷纷，有人称邓华老了，有人说他不敢指挥对越自卫反击战，还有人说他的战功都是仰仗军队的军事主官，他不过是个政工负责人。

面对这些议论，邓华选择一概不理。直到一位关系密切的老战友当面询问，他才解释说：“我并不是不敢指挥这场战争，更不是害怕承担责任，而是我认为自己确实不能胜任，无法保证能打赢。”这看似信心不足的解释，其实是邓华基于实际情况得出的结论。首先，邓华脱离部队太久，近二十年时间，他一直在四川主管农业工作，几乎与部队没有接触。其次，邓华的身体状况不允许。战争年代的伤病，和平时期的摧残，再加上年纪已高，使他基本丧失了行动自由。最后，邓华的历史问题尚未解决，以这样的身份指挥战斗，不仅无法服众，还会引发更多争议。

尽管邓华没有接受指挥重任，但他坚决支持这场战争。邓华说：“抗美援朝时也有不少同志不赞成打，但我们打了，而且打赢了，打出了新中国的威风，带来了数十年的和平。”当中央军委内部意见不统一时，邓华明确表明态度，并提出了关于选择前线指挥员的建议。

邓华对无法指挥这场战争心存遗憾。中央公开发表将要发起对越自卫反击战的声明后，邓华对好友说：“如果有机会，我要去广州，不能参战，也要到前线感受一下战场。”1979年10月，邓华的身体变得更差，他向中央递交申请，请求前往广州养病，兑现了自己的诺言。

在广州养病期间，邓华没有闲着，只要病情好转，就抓紧时间撰写回忆录，内容从解放海南岛开始，一直写到抗美援朝。1980年3月，邓华的历史问题彻底解决，党中央宣布为他平反并恢复名誉。邓华收到消息，再一次流下了激动的泪水。两个月后，邓华离开广州，准备经上海返回北京迎接属于自己的荣誉。不幸的是，他刚到上海，病情就突然恶化。

弥留之际，邓华仍在思考国家安全问题，一直念叨着那份未完成的关于反侵略战争的手稿。同年9月，邓华与世长辞，这位为人民军队事业作出巨大贡献的开国将军，永远地闭上了双眼。