为了躲避丈夫的家暴，小莎带着儿子阿奇逃离，寻求马普尔的帮助，马普尔慷慨的接受了母子俩，还帮小莎找了一份工作，能够让母子俩有个容身之所。凯瑟琳正在编撰医用植物药典，需要一个秘书，马普尔便把小莎介绍给她，凯瑟琳知道他们两母子的处境，也爽快的雇佣了小莎。
这座大宅是凯瑟琳的父亲格林肖亲自设计的，他也是一位杰出的科学家。大宅里除了凯瑟琳，还有外甥纳特，是一名演员，男管家和女管家，以及园丁和建筑历史学家宾德勒。
小莎工作的时候，儿子就交给男管家照顾，为了让阿奇听话，男管家吓唬他，表示大宅里有和阿奇年龄一样大的鬼魂，就游荡在楼梯附近。正当男管家还想继续说时，小莎从门口进来，带走了儿子。
果然话不能乱讲，男管家想把楼梯上的灯泡换一个新的，便爬上梯子，结果没站稳直接坠落到楼下当场身亡。警方认为男管家是喝醉酒不小心坠落身亡的，可男管家戒酒已经很多年，凯瑟琳对此无法认同。
小莎要开始工作，马普尔便主动提出照顾阿奇，谈话时阿奇表示男管家去世当晚，他看见一个鬼魂在楼梯平台上，就像男管家之前和他说的一样。换做是别人，可能会觉得只是小孩子的胡言乱语，但马普尔不一样，她有着聪明的头脑，已经破获过不少案子，是个名副其实的乡村女侦探，马普尔默默地记在心里。
园丁在草坪上射箭，主动提出教阿奇弓箭，两人正在兴头上，小莎工作完出门找儿子，看见儿子在玩这么危险的武器，有些生气，但看到是马普尔允许的，便没多说什么，只是拉着儿子离开。
小莎要开始工作，马普尔便主动提出照顾阿奇，谈话时阿奇表示男管家去世当晚，他看见一个鬼魂在楼梯平台上，就像男管家之前和他说的一样。换做是别人，可能会觉得只是小孩子的胡言乱语，但马普尔不一样，她有着聪明的头脑，已经破获过不少案子，是个名副其实的乡村女侦探，马普尔默默地记在心里。
园丁在草坪上射箭，主动提出教阿奇弓箭，两人正在兴头上，小莎工作完出门找儿子，看见儿子在玩这么危险的武器，有些生气，但看到是马普尔允许的，便没多说什么，只是拉着儿子离开。
凯瑟琳发现书房里的东西似乎被翻动过，便询问小莎，小莎表示并没有动过任何东西。这时孤儿院的神父来找凯瑟琳，想筹集一些善款，但神父有过把善款拿去赌博喝酒的劣迹，凯瑟琳已经不再相信他，直言只有自己死了孤儿院才会收到钱，神父只能悻悻离去。马普尔正准备带着阿奇，去看纳特的戏剧演出，便提出顺路载神父回去。阿奇第一次看如此暴力的演出，不过表演相当精彩。
通过笔记本，马普尔知道了宾德勒并不是建筑历史学家，而是一个记者，便打电话到单位找他，但单位的人却说根本没见到他，宾德勒真的神秘失踪了。这更让马普尔对男管家的意外死亡起了疑心，便到警局请求对尸体进行尸检，但警方认为已经证据确凿，不愿意费这个劲。
小莎看见窗外似乎有个人影，以为是丈夫菲利普，连忙带着儿子开车离开大宅。在惊慌失措下，小莎不小心撞到树，车发出的警报声引来园丁，园丁便把母子俩人带回自己的住处。小莎解释以为是丈夫找到了她，菲利普不止一次对她家暴，之前因为想到孩子需要爸爸，所以小莎一再忍让，直到菲利普开始对儿子下手，小莎才下定决心离开，整日惶惶不安，担心菲利普会找到他，甚至之前收到的花，都担心是丈夫送的。
园丁也说起自己的经历，他是个孤儿，小时候四处游荡，总有坏事情找上他，最后园丁还进了监狱，这件事也让两人开始熟悉起来。这时门被敲响，是纳特见小莎的车停在树林，但不见人影，便想和园丁一起去找人，结果发现母子俩就在园丁家。纳特直言小莎不应该待在杂物堆里，要送两人回去，显然纳特不喜欢也看不起园丁。
几天过去，还是没有宾德勒的消息，但警方在湖底找到了他的车。马普尔把刚收到的信封交给凯瑟琳，是一张1899年的孤儿院合照，上面写着：谨记那些孩子。信封上没有寄件人的名字，看着像是一封恐吓信。
当年凯瑟琳父亲的团队在研究医治小儿麻痹症的办法，凯瑟琳还小，不知道他们做了什么实验，只知道经常听见救护车的声音，晚上还有人尖叫。凯瑟琳还提到最近有东西被偷，或物体被移动过，就算宾德勒消失后，这种事也还在发生，凯瑟琳开玩笑的说，要去写遗嘱了，以防自己是下一个被害人。
小莎工作完想休息一会，望向窗外看见凯瑟琳正在庭院里整理杂草，没过多久就听见窗外传来尖叫声，凯瑟琳的脖子上插着一个箭，小莎想打开窗户，可怎么也打不开，就连门也被人从外面上了锁。小莎只能跑到连通着的另一个房间，幸好窗户能够打开，小莎探出头去，只听见凯瑟琳说了一句：他射中了我，之后便往屋子里走去。
这时孤儿院接到凯瑟琳打来的电话，她的状态听起来很不好，凯瑟琳指名要马普尔接电话，等马普尔拿到电话，对方却没了声音。同伴说凯瑟琳在电话里说要什么鱼，但具体是什么没有说清楚。马普尔意识到有危险，立刻赶往凯瑟琳的家。
女管家从窗户对面探出头来，她也被锁在了房间里，表示已经报警，警方很快就会赶来。这时小莎突然想起儿子，阿奇被人锁在实验室里，一直大声呼救，却没有人前来。突然实验室里走出一个老婆婆，嘴里说着：格林肖家这次逃不过了，埃德温可这并不是阿奇的名字。
小莎担心儿子的安全，正想尝试从窗户爬出去，就看见一个警察向大宅走来，警察全程没有理会小莎，也不曾抬头看过她们，只是自顾自的往屋子里走去。
另一边老婆婆硬是拉着阿奇走出房子，看见有车驶来，赶忙去求助，嘴里说着埃德温有危险，格林肖家要杀了他，请求司机能够救救他。但这司机不是别人，正是阿奇的父亲，阿奇见状立刻逃跑，菲利普则下车追赶，阿奇跑到园丁的住处，园丁正在收拾东西，见到有男人在追阿奇，园丁立刻跑出去。
马普尔坐车前往大宅的路上，见到神父快步从树林中走过。又有两个警察来到房子，小莎把情况和他们说过后，警察走进房子，就看见凯瑟琳脖子上插着箭，身体倒在地上。马普尔赶到房子时，警方已经封锁了现场，甚至不让小莎去找儿子，幸好没多久园丁就把阿奇送了回来。
经过问询，警方认为园丁有最大的嫌疑，因为事发时，所有人都被锁在了房间，纳特则在外表演，只有园丁在外面干活，没有完整的不在场证明，并且园丁还收拾好东西，疑似是想要逃跑。另外小莎提供线索，园丁之前偷过一个很有价值的烛台，正好被小莎和凯瑟琳撞见。再加上园丁有拒捕和偷窃的犯罪记录，警方片面的认为园丁不是个好人。但手上没有证据，警方只能先让几人不要离开房子，等待下一步的通知。
众人在等待时，纳特提到和凯瑟琳阿姨刚相认没多久，因为他的母亲和一个与格林肖家地位不相符的人结婚，格林肖就把他的母亲赶了出去。没多久屋外传来玻璃碎裂的声音，园丁出去查看，抓回来一位老婆婆，就是带走阿奇的人，而马普尔也认识这个人，是她的朋友西塞莉，于是让园丁放开她。
小时候西塞莉和弟弟埃德温住在孤儿院，一天埃德温被带走就没再回来，西塞莉对此一直很自责，她认为是自己害死了弟弟。西塞莉一直活在过去，所以才会来到大宅，今天她听见阿奇叫唤，让西塞莉想起了自己的弟弟，西塞莉以为是格林肖的实验又开始了，才会带着阿奇逃跑。
马普尔和朋友走在天花板时，抬头看见阁楼缝隙漏出衣服的一角，便拉绳把阁楼的通道打开，竟看见宾德勒正好卡在通道里，早已死亡。房子突然停电，马普尔等人只好拿着手电筒到外面去找警察，可守在外面的警察却不知去向，想要打电话，电话线又被人故意剪断。
园丁查看电闸，发现是有人对电闸做了手脚，才导致的停电，把电闸打开后，正好看见菲利普一手拿着刀，一手拉着儿子想往屋外走，其他人则在后面追赶。马普尔用手电筒照向菲利普的脸，菲利普顿时看不清方向，园丁趁机从后面打晕他，事情才算消停，看来断电的人就是菲利普了。
第二天警方终于来到房子，了解情况后查看尸体，宾德勒的手里紧紧攥着zuàn一枚纽扣，警察一眼看出是园丁衣服上的，这更加大了园丁的嫌疑。
神父又在屋子里喝着酒，马普尔打趣道不希望神父，像男管家那样去世。神父便说男管家已经十多年没沾过酒了，自从他喝醉酒导致房子失火，妻子没能逃出来，最终离世，马普尔听后更加肯定男管家的死亡并不是意外。
警察审讯菲利普，因为菲利普袭击了一位警员，拿刀恐吓其他人，还是一个暴力狂，菲利普为了抢回孩子，也有杀害凯瑟琳的嫌疑。
马普尔和阿奇去植物园散步，想换一个环境待会，阿奇带着马普尔看颠茄，表示这是凯瑟琳治疗眼睛用的，这让马普尔想通了一切，该是揭晓真相的时刻了。
马普尔到众人面前，表示宾德勒其实是一名记者，在他失踪后，马普尔发现他在秘密调查一条独家新闻，就是揭露科学家格林肖的晚年，以及他野蛮的小儿麻痹症试验，这些试验包括给孤儿们注射脊髓灰质炎病毒，来研制一种疫苗，导致很多孩子瘫痪，甚至是失去生命。而之前凯瑟琳收到的恐吓照片，其实是西塞莉寄给她的，但并不是她杀的人，年迈记忆有偏差的西塞莉，只是想让格林肖团队停止杀人。
马普尔查看宾德勒的笔记，里面提到过1900到1910年这段时间，可马普尔却没有在孤儿院查到这段时间的记录，无疑是格林肖指示别人销毁的。这时凯瑟琳的律师来到房子，说要和纳特单独谈谈，纳特简直不敢相信，凯瑟琳死后，所有的一切将属于他，按理来说，凯瑟琳应该会立下遗嘱，把财产捐给孤儿院。另一个不敢相信的是神父，凯瑟琳明明说过会好好照顾孤儿院。
警方对死者手里的纽扣进行鉴定，确认纽扣正是园丁的，并且上面还有他的指纹，便下令要逮捕园丁。马普尔出声阻止，声称手里有可以证明园丁不是凶手的证据，还能改变案子的整个局面，警察便让她说来听听。
马普尔表示，男管家和凯瑟琳都是被人下毒杀害的，还让警官进行尸检。而小莎看见园丁偷东西，实则是神父偷了烛台，园丁只是将它物归原主。神父也承认是想卖了烛台，给孤儿院增加收入，但马普尔并不相信，直言他是想用钱还清自己的债务。
警官询问神父，为何会在凯瑟琳被杀的半小时之后，离开房子。神父坦白不想让园丁替自己承担责任，便想和凯瑟琳坦白是自己偷了烛台。
马普尔指出在凯瑟琳被杀害之前，凶手曾用颠茄碱使她失去知觉，正如对待男管家那样。凯瑟琳一般都是用提取出来的颠茄碱做成眼药水，来治疗眼睛。凯瑟琳打电话到孤儿院，要的是毛果芸香碱，而不是什么鱼，毛果芸香碱正是治疗颠茄碱中毒的解药，她知道自己被下毒了。
四点的时候小莎看见凯瑟琳在除草，但那并不是真正的凯瑟琳，而是有人故意假扮，就像阿奇在房子里看见的鬼魂，鬼是不存在的，而人才是真实存在的。只要把服装和妆容稍作改变，就能扮成不同的人，就像纳特的行业经常都要装扮成不同的角色，对他来说变装是轻而易举，当然光靠纳特一个人是完成不了的，还需要一个帮手，那就是女管家。
女管家案发时也被锁在房间里，看似最不可能犯案，这也正好可以给她做不在场证明。在警方的人来之前，小莎和女管家还看见过一位穿着制服的警员，可这个警员是纳特假扮的，纳特在剧院演完第一幕后，就开车回到大宅，将凯瑟琳刺死，又将同伙女管家的门锁上后，才返回到剧院，和大家一起谢幕。只要在剧院进一步调查，就会发现纳特之前的不在场证明是无法成立的。
女管家和纳特看似素不相识，两人也没有什么交集，但马普尔托人调查到，凯瑟琳的姐姐娜蒂嫁给了马术教练，因为她嫁给了仆人，格林肖便和她完全断绝关系，所以格林肖一家永远都不会知道，娜蒂死于难产，也不会知道小孩一年后夭折了。更没人知道马术教练后来再婚，娶的人正是女管家，很快他们也生下一个孩子，取名为纳特。尽管女管家不想承认，可马普尔手里有出生证明的副本。
男管家之所以被害，是因为知道了他们是母子关系，女管家便趁其不备，将男管家推下楼梯。宾德勒则是查出了一件可怕的事情，他查到凯瑟琳有一个私生子，一个合法继承人，能轻易的夺过纳特的继承权，私生子就是园丁。即使知道园丁偷了东西，凯瑟琳也不忍心太过责怪他。
凯瑟琳发现有人动过园丁的出生证明，就把证明放在其他位置，而马普尔已经将它找到。动出生证明的人是宾德勒，他还以此勒索纳特，纳特一气之下就把宾德勒杀害，这样也可以保住秘密，只要纳特能够在别人之前找到出生证明，可惜纳特一直没能找到。
凯瑟琳一直在父亲和他可怕实验的恐惧中生活，当她未婚先孕时，她唯一的念头就是赶紧藏好他，所以她把儿子托付给孤儿院照顾，这样她能时刻关注着他。
女管家想把责任全揽在身上，表示下了足够的毒药剂量，是自己将凯瑟琳毒死的。但纳特不希望母亲这样做，坦言发现凯瑟琳的时候，她还是活着的，当时凯瑟琳在打电话，纳特阻止后，就用箭把凯瑟琳刺死了。
真相终于大白，园丁也顺利拿到凯瑟琳留下的遗产，但园丁第一次有这么多钱，不知该如何处理，小莎便建议他资助孤儿院，因为那是凯瑟琳最想做的事。小莎表示第二天会带着儿子离开，大宅里已经没有她可以做的事。园丁急忙挽留，想让小莎做他的秘书，就连阿奇也劝母亲留下。这么多天的相处，早已让几人产生了感情，这也是个好结局吧！
