孔融天资聪颖，年少知名天下。当时李膺是天下士人领袖，士人都以受到李膺接见为荣。李膺不胜其烦，给门房下令不是至亲好友，来人造访不得通报。有一次孔融想一睹李膺风采，门房不让他进门，孔融说和李膺是亲戚。
进去后李膺问孔融，我们俩人有什么亲戚关系呢，孔融说：“老子和孔子同德比义，互为师友，我们俩不是世代相交吗”。当时在座的宾客都说孔融是神童，有个人说了句“小时了了，大未必佳”，结果孔融马上回怼：“想君小时，必当了了。”李膺大笑称赞孔融，长大了必定为国家栋梁。
长大后孔融刚直不阿，面对董卓想要废掉汉少帝刘辩，孔融与董卓争辩，言辞激辩。董卓怀恨在心，将孔融转任议郎，随后又暗示三府举荐孔融到黄巾军最为猖獗的北海国（治今山东昌乐西）为国相。
当时有个幕僚建议孔融在袁绍和曹操之间选择一个靠山，孔融一心匡扶汉室，认为自己的人格受到了侮辱，于是杀了这个幕僚。黄巾军攻城，箭头都射到了公堂，孔融依然端坐读经书。孔融的所作所为使孔融获得很大名声，世家大族和名士都视孔融为领袖。
但是孔融这个人志大才疏，既无行政干才，也不会打仗。当了两年北海相，在兵慌马乱中被动挨打。建安元年（公元196年），袁谭进攻北海，孔融战败，逃到山东，妻子儿女都当了俘虏。这时曹操迎汉献帝到许昌，需要借助孔融的名声招揽人才，曹操征辟孔融为将作大匠，后迁少府。
孔融也打算借助曹操之力削平群雄，兴复汉室。两人一度有过良好的合作，孔融才气高，为建安七子之一，曾在一些文章和诗歌中赞颂过曹操。
随着曹操实力的增强，篡汉意图日益明显，孔融和曹操的矛盾也开始越来越大。孔融无兵无权，就用语言讽刺挖苦曹操，发泄胸中的不平。祢衡就是孔融推荐给曹操的，《三国演义》中经典的祢衡裸衣骂曹操就是这个背景。
建安九年（204年），曹操率军攻下邺城，把袁熙的妻子嫁给甄氏，孔融给曹操写了封信“祝贺”，信中说：“武王伐纣，以妲己赐周公”。曹操不解，因为历史上妲己被杀了，曹操以为孔融博学，就问孔融典故出自何书，结果孔融回答：“用今天的事情去揣度古人，想来应该如此。”曹操平白被孔融戏弄了一番，自然心中怨恨不已。
因为战乱，缺粮食，曹操下令禁酒，孔融一再反对，多次讥讽曹操。曹操封武平侯，武平属陈郡，离许都（汉献帝所在）三百里。孔融上表反对，主张“千里之内，不以封建诸侯”。孔融的所作所为不过都是为了限制曹操势力的膨胀，如此一来那些心怀汉室的官员、士大夫，明里暗中都以孔融为领袖。
曹操彻底平定北方后，准备南征，孔融却在孙权使者面前诽谤曹操，要曹操修文德以使南人归服。此时曹操为了扫平南征的障碍，忍无可忍，罗列罪名将孔融处死，并且株连全家。
曹操之所以在赤壁之战前杀孔融，就是是为了安定后方，震慑残余的心怀汉室的人不要轻举妄动。孔融至孝，忠于汉室，反对曹操谋篡。而曹操杀孔融，偏以不忠不孝的罪名加给孔融，颠倒是非，混淆黑白，杀鸡儆猴，给拥汉派势力以沉重打击。彻底解除南征的后顾之忧，曹操杀孔融并没有激起事变，表明曹操已经牢牢控制了朝廷和当时的舆论，他可以放心地挥师南下了！
参考：《三国志》、《后汉书·孔融传》
附记：孔融被治罪之后，还有一男一女两个孩子，女孩7岁，男孩9岁。来抓这两个孩子时，两个孩子正在下棋，端坐不动。别人问：“父亲被抓了，为何不动？”女孩答道：“安有巢毁而卵不破乎。”曹操知道了，于是下令斩草除根。两个小孩临刑，面不改色，镇定自若，人们看了，无不为之叹息！
