公元1647年春季，整个珠三角流域皆遭明清战争截成两段。其中，以佟养甲、李成栋为首的清军占据北部，与南方的明军残部形成对峙。双方反复拉锯，直至东莞易手才稍稍分出胜负。尽管交战时间不长，这座县城还是给南下清军造成过巨大麻烦。甚至十分罕见的强拉外援加盟，将大批南粤土著和澳门葡人编入队伍。这才得以取得突破，从而短暂稳固住全省局势。
明清时期的广州风貌早在4月初,以汉八旗为主心骨的清军占据广州。由于兵力严重不足，一度只能在省城保留下400预备队，依靠临时收编的黑人雇佣兵维持局面。余下部众皆四处分散，追赶刚刚登基的永历帝朱由榔向西运动。
广东一度是明清两朝的拉锯前沿另一方面，刚被扑灭的南明绍武政权，仍有残部盘踞于珠江下游。尽管在意外突袭中丢失首府，连带着损失掉不少军备辎重，依然能动员起大量海贼策动反扑。乃至截断物流供应，险些在这片富庶区域制造人为饥荒。幸亏有郑芝龙出资组建的水师投诚，才勉强确保航运畅通，苦撑到大将李成栋率主力由桂林前线赶回。
八旗军虽然骁勇 但数量往往只够担任督战队讽刺的是，那些原先生活在珠江下游的南粤土著，曾因明朝中期的反叛而被大量屠杀。故而将至关重要的出海口拱手让于闽南系实力，转而集中到中上游区域抱团。于是，作为新来者的清军积极怂恿他们协同，与坚持明朝正朔的外省武装进行角逐。若非这些城郊宗族势力送粮、出兵，仅凭佟养甲的少量人手根本扛不住两次大规模反攻。
明末清初的顺德 一度是养蚕重镇与此同时，数万南明水陆军转移到更下游位置布防。其中的小股先锋驻屯于佛山顺德城，而真正主力选择在对岸的东莞休整。李成栋则借用郑芝龙留下的50艘桨帆船舰队，搭载自己挑选出来的满汉精兵出击。哪怕左右部曲皆不习水性，对驾船技艺不得要领，还是能征用土著来代为操作。先是用不管不顾的冲锋战术，逼退有100艘船组成的拦截舰队。继而又躲过火船偷袭，将停留在岸边的敌船悉数焚毁。
清军凭借本地水手协助 横行于珠江中上游虽然守军拼死抵抗，两次挫败清军的大规模攻城，还是因伤亡过重而主动撤退。出于泄愤需要，嗜杀成性的李成栋下令屠城，将原为桑蚕重镇的顺德彻底摧毁。接着将屠刀瞄准周围乡村,连续祸害十个村镇，根本不追问对方是否有支持南明。但作为真正威胁的海盗船队，始终在珠江上进进出出，每摧毁1艘船就可能引来30艘新援。
相较于顺德 东莞的城防级别高出不少此后，位于航道东岸的东莞成为两军争夺焦点。由于位置紧要，这里自洪武时代起就构筑有坚固城墙，长期储存有充沛的粮秣供应。在绍武政权的海盗接管后，又为即将面临的大战修建出更多工事，包括小型炮台，以及众多密密麻麻的雉堞与射击孔。旧城墙有几个地方从上到下打开口子,安上几层支架,且每层都放置大小火铳。
保存至今的东莞迎恩门 高度可达16米当年5月，经过重组的近万名清朝水陆军开拔南下，准备动用最大兵力来快速结束战斗。奈何岭南地区的先遣队缺乏重炮等攻坚利器，只能以相当原始的人海冲锋加以弥补。结果自然是在多层火力的伺候下损失惨重，纵使主帅亲临城下也无济于事。一些散兵游勇逼近炮台,以为能利用视角位置避开打击。岂料刚刚冒头，又被铺天盖地的子弹和箭矢倾泄到头上。很快就尸横遍野，塞满城墙脚下的濠堑工事。稍后展开的类似行动，同样以相同剧本结束。除浪费时间与丧失人马外，几乎没有对东莞的南明支持者造成任何损害。
明军的各类土造火器 在近距离防御中有较大威力正因如此，李成栋急忙向坐镇广州的佟养甲求援。除要求补充更多兵丁填坑外,还不忘提及能攻破城的大炮,以及到澳门强征专业射手。事实上，彼时的葡萄牙人还在明清间举棋不定，只好取两头效忠的笨办法。他们既有遵从先前传统，向远在桂林的永历皇帝贡献300雇佣军，亦有派出8-10名专业炮兵到东莞前线报道。随之而来的几门红衣火炮，遂成为扭转战局的决定性兵器。
迫于清军压力 葡澳当局只能派遣炮兵助阵起初,李成栋命令葡萄牙炮兵重点轰击城墙,不久便轰开一个缺口。南明守军亦有开火回击，但手头仅有弗朗机级别的中小型号，丝毫不能对清军阵地造成威胁。只能坐等对方蜂拥而至，再集中兵力予以迎头痛击。甚至追着部分敌人冲出城墙，逼他们逃回船上保命。
南明守军的武器 无法回应红衣大炮轰击于是，清军调整策略，将第二轮火力准备的重点聚焦于守军炮台。由于欧洲火炮的射程更远、威力更大，操纵者又有更加科学的校准技巧，很快就将城头的几个炮位击毁。接着重新装填弹药、调整角度，逐个点名余下的明军炮位。后者虽心有不甘，终究对堪比鸿沟的差距无可奈何。甚至气势大泄，主动派使者前来交涉。
眼看守城无望 东莞的明军选择主动放弃经过一番讨价还价，这批忠于明朝的海盗同意交出城市控制权。作为交换条件，自己则将不受打扰的安全撤离。李成栋为迅速占领东莞，便欣然同意给对手一条生路，命令麾下的满汉士兵原地待命。倒是守军疑心深重，磨蹭到夜间才摸黑跑路。全城能携带武器的人都被裹挟而去，只留下伤员、老人和妇孺听天由命。
清军虽然获胜 却只得到一座空城次日，急不可耐的清军冲入东莞，发现自己占领的只是一座空城。由于是协议投降，李成栋没有对幸存者大开杀戒，继续按惯例将怒火转嫁到周围村镇。许多未被战火直接波及的村舍，便在胜利者的扫荡中化为炼狱。对于这位原籍陕西的草莽屠夫而言，这般行径不过是伴随其终身的常规操作。无论如何，东莞陷落预示着南明绍武政权的抵抗失败。在赞助者被俘、君主遭处决的不利情况下，他们的表现足够顽强，也为闽南本部的郑成功和北方的永历帝争取到足够时间。奈何全方位的差距过于显眼，几乎难以靠意志、谋略和士气予以磨平......
