1945年9月2日“密苏里号”战列舰签约仪式后不久，65岁的麦克阿瑟作为盟军最高司令官，作为带领亚洲人民取得反法西斯胜利的第一人，成了7000万日本国民的最高代理人。他所要做的不仅仅是占领日本，实现《波茨坦公告》规定的摧毁日本的战争潜力和惩治战犯两项既定目标，而且要在物质和精神上重建这个几乎被战争彻底破坏的国家。他决定按照美国人的标准改造这个国家，使之成为美国在远东的忠实盟友和民主堡垒。一旦取得成功，他将被证明是历史上战胜国对战败国的最杰出的占领者和最优秀的改造者。
对日本的政治、经济、军事和社会的各个方面的民主化改革，首先以美国的基本政治制度为模板，其具体的依据和政策指导则是美国政府颁布的两份文件。
其一是1945年8月29日由杜鲁门批准，在9月22日发表的《美国战后初期对日政策》;其二是同年11月3日发给盟军最高统帅的《有关投降初期占领和管制日本的基本指令》在“初期对日政策”中，美国政府首次全面制定了将要在日本实施的政策目标和改革的基本方向。
文件中明确表示:日本人民或政府发起的在政府形式方面的改革，凡旨在变更其封建主义和独裁主义的目的的，都将为盟国军政府允许并赞助。具体来说，政治和军事方面主要包括:解除武装和国家的非军国主义化;惩办战犯;鼓励人民争取自由、民主的个人意愿。
经济方面主要包括:经济结构的非军事化;促进民主经济力量的壮大;恢复和平经济活动;赔偿和归还掠夺他国的财产和物资等等。“初期基本指令”则详细规定了盟军统帅部应对日本实施的改革政策的具体步骤和细节。基于上述政策的要求，从9月份开始，麦克阿瑟推行了大规模的民主改革，以便“最后建立一个以支持美国为目的而负责的政府”。
具体说来，这些改革主要集中于如下5个方面。第一，政治和军事方面的改革。麦克阿瑟对日本的法西斯势力进行全面整肃，其目的在于清除日本政治生活中长期存在的军国主义和极端民族主义意识，使代表“日本人民自由意志”的新政治力量和新领导人能掌握政权。
整肃共分两个阶段，1947年1月以前主要是国家层面的整肃，此后扩大到社会层面。第一阶段始于1946年初。1月4日，麦克阿瑟颁布了两个“整肃令”。其一宣布取缔一切鼓励军国主义、赞成或助长日本建立亚洲霸权的极端民族主义政党，其中包括大政翼赞会、黑龙会等27个臭名昭著的组织。2月23日，列入整肃名单的团体增加到140多个；其二称为“解除公职令”，规定一切积极参与推进军国主义活动和军国主义团体的成员都在整肃之列，不得继续担任公职，对参加众议院选举的所有候选人进行甄别。
这一阶段整肃的结果对日本政治产生了巨大影响，凡在1937-1945年担任过内阁成员，以及与“思想控制”有关的官员全部被清除出政府。在整肃的第二阶段，对象进一步扩大到地方官员、经济界和舆论界的头面人物，受到甄别的人数先后多达70万，其中20多万人受到整肃。
1948年3月，整肃基本宣告结束。麦克阿瑟还认为，解散日本多达500万的军队和不计其数的准军事组织，是民主化政策能够实现的基本前提。1945年9月，解散日本军队的任务与整肃行动同时进行。在日本投降后1个月，麦克阿瑟对马萨诸塞理工学院院长卡尔·康普顿说，他希望在随后的30天内解除整个日军的武装。不然，日军中的负隅顽抗分子很可能会上山拿起武器打游击。事实证明，虽然麦克阿瑟没有找到任何游击队，但有些日本人确实将武器藏了起来。20年后，这些武器的贮藏处被陆陆续续挖掘出来。然而，在形式上，大约4个半月时间，日本确实几乎完全解除了军事武装。战争结束时，日本有近700万军人需要遣散，其中在海外的有400余万。
麦克阿瑟通过在原日本陆海军司令部基础上改组的遣散军事人员局，用了一年多的时间才完成这一工作，但被苏军俘获的40多万人中只有9万余人返回家园。此外，这个遣散局还释放了战争期间被抓到日本的中国和朝鲜劳工共计百余万人。销毁日本军事装备的任务是由艾克尔伯格的第8集团军来完成的，他们用了几个月的时间去寻找能发现的武器，他们炸毁了弹药库，烧掉了飞机，把步兵武器扔进大海，关闭军工厂，摧毁海军基地和军用机场等军事设施，总值达数十亿美元。被他们摧毁或夺取的共有420艘海军舰只，数百万件武器，将近150万吨弹药，8000架作战飞机，2500辆坦克，将近20万门火炮与海岸炮。
盟军总部《关于在日本某些地区设置盟国占领军，以及具体指导日本解除武装和复员的命令》于9月3日颁布，而仅仅到10月中旬，麦克阿瑟就宣布，日本全国武装兵力解散问题业已告终，日军不复存在了。1947年，日本在国外的300多万军队也陆续被遣返回国，作为军事强国的日本从此不复存在。可想而知，这样庞杂的工作如果没有日本方面的大力配合，不可能在短时间内迅速完成。日本非军事化是对日本在多大程度上愿意执行麦克阿瑟命令的首次检验。成功地完成这项任务意味着占领日本的良好开端。
此外，惩罚战犯的工作也在紧张地进行。麦克阿瑟采取了与处理德意的纳粹战犯几乎一样的方法处置了日本战犯。1945年9月11日，麦克阿瑟宣布逮捕前首相东条英机等首批39名甲级战犯，年底又逮捕了104名甲级战犯；1946年初，远东国际军事法庭成立并开始审判这些战犯。战犯审判只是针对那些在战争中犯下严重罪行的人实施的。还有更多的日本人，虽然也在战争中犯下了种种罪行，但还不能构成起诉条件。他们是军国主义者的帮凶，尽管不能一一审判，但如果让他们继续留在各政府部门里，就可能构成对未来和平的隐患。这也是第一次世界大战的一个教训。
1948年11月，法庭判处首批25名战犯中7人绞刑、16人无期徒刑，这些反人类的罪人终于得到了应有的惩罚。第二，社会民主方面的改革。麦克阿瑟改革的最初着眼点就是在日本推行民主和自由。1945年9月10日，盟军总部发布的第一项民主改革指令是《关于言论和新闻自由的指令》。随后，又先后发布了《关于日本新闻规划的备忘录》《关于废除对政治、公民、宗教自由限制的备忘录》《废除对新闻、电影、通信的一切限制的法令》等有关改革文件。10月4日，麦克阿瑟颁布了《撤销对于政治自由和其他自由的限制的法令》，正式拉开了社会民主改革的帷幕。10月11日，在接见新任日本首相币原时，麦克阿瑟将这套政策概括为“确保人权的五大改革”。
其主要内容是：授予公民权，解放日本妇女，也就是男女完全平等；鼓励工人成立工会，使之成为强有力的舆论工具，促进工人的团结和组织；学校向较开明的教育发展，用实际知识来规划未来的发展，也就是教育的自由主义化；废除秘密审讯和虐待制度，以实行保护人民免受专横及不正当方式的司法制度来代替；必须坚持思想、言论和宗教信仰自由，解放国民思想；使日本经济机构民主化，以达到发展有助于保证广泛分配收入和生产与贸易资料所有权的方式，从而削弱垄断企业的控制力。五大改革指令的发出，是促使日本社会按照美国意图走西方民主化道路的重要措施。根据麦克阿瑟的改革思路，盟军总部又发布了一系列民主化的具体措施，其中，解散财阀是一项十分重要的内容。
一直以来，日本大部分的工业和金融财富控制在大财阀手中，比如三菱、三井、住友、安田等等。麦克阿瑟认为，这些垄断公司利用战争来牟取利益，控制国家的政治，使国民忍受着压迫。它们是罪恶的源头，必须解散，这样才能有助于日本达到非军事化的目标。第三，修改宪法，改造日本的政治制度。
为了确保日本不再走上军国主义道路，使日本政治适应美国的战略需要，美国从1945年开始就着手将各项民主改革法律化，力求通过立宪的形式彻底改造日本的政治制度。占领初期，麦克阿瑟就要求新组成的日本政府组成修宪班子，并提出修宪的基本原则是：在修改后的宪法中，日本政府不应再对天皇而应对一个具有广泛性的、在投票基础上产生的选举团负责；天皇制的保留或废除由日本自行决定；今后可能设置的军事机构的首脑必须由文职人员担任。根据上述原则，日本先后于1945年底和1946年初提出两个修改宪法草案，但由于在天皇的地位问题上始终不合美国之意，美国决定干脆抛开日本政府，亲自负责修改宪法。
1946年2月，麦克阿瑟同时规定了修宪三原则：（一）保留天皇制，但其权力必须受宪法的限制并从属于人民的最高意志；（二）日本永远放弃战争和战争准备；（三）废除日本国内现存的一切封建制度。根据这一指示，以考特尼·惠特尼为代表的一班人马从即日起开始进行宪法草案的修改。经过一周的日夜奋战，新宪法的草案终于完成，并在麦克阿瑟的批准下交给日本方面。日方以该草案为基础进行酌情修订，把最后出台的宪法草案称为“麦克阿瑟草案”。
1946年3月5日，日本内阁会议正式通过该草案。东京的各大报纸在两天之后刊登了新宪法草案，并且还刊登了麦克阿瑟的声明：“令人满意的是，今天我可以向你们宣布，天皇和日本政府决定向日本人民提出这部我完全赞同的、崭新的、开明的宪法。”新宪法提出之后，立刻引起强烈的反响。绝大多数的日本人是非常拥护这个草案的，他们对保留天皇制度和主权在民的思想表示赞同。有一项调查，民众对该草案关于天皇地位的规定的支持率高达85%。同年11月3日，经过一段时间的审议，日本新宪法正式颁布，并于第二年的5月3日实施。
新宪法与美国宪法大同小异，除了两项本土化的条款之外，几乎完全是美国宪法的翻版。这两项条款的基本内容是：变绝对天皇制为相对天皇制，“天皇是日本国的象征，是日本国民统合的象征，其地位基于国民的意愿，主权是属于日本国民的”、废除枢密院、内大臣府等天皇的直属机构，首相由国会提名通过，内阁对国会负责;放弃战争权利，规定“日本国民诚实希求基于正义与秩序的国际和平，永远放弃由国家权力发动的战争、武力威胁或行使武力作为解决国际纠纷的手段。为达到前项目的，不保持陆、海、空及其他战争力量，不承认国家的交战权”。宪法中还包含有世界著名的非战争条款:“人民永远放弃把战争作为国家的神圣权力，决不使用或以使用武力相威胁作为解决国际争端的手段。”
这部宪法从某种意义上来说是麦克阿瑟强加于日本的，然而这样做无疑是正确的、有益于文明进步的，而且他自己也认为“这部宪法也许是占领当局唯一重要的成就，因为它给日本人民带来了前所未有的自由和权利”。新宪法的颁布对于日本的战后复兴也起到了重大的作用。这部宪法是十分全面的，不仅涉及日本的国体、政体、放弃战争等方面，还包括其他的具体事项。比如，建立地方自治制度，实行国家公务员制度等等。新宪法的颁布与实施，可以说是麦克阿瑟改造日本做出的非常成功的一项举措。后来尼克松称:“在现代政治史上还没有一个人物能像麦克阿瑟那样被称为法典制定者。
他几乎成了日本人民心中一个能够在政治上高瞻远瞩，能够按照理想的模式独立改造一个社会，有些神话色彩的伟大人物。”麦克阿瑟十分重视平等自由的权利。新宪法草案提出不久，日本根据草案中最新的规定举行了第一次国会选举。这次选举中，妇女也可以拥有选举与被选举的权利。解放妇女一直都是麦克阿瑟想要完成的工作。经过这次选举,日本女性的地位开始发生改变，有三十几位女性当选为议员。
日本女性从此走出家门，开始从事以前从来没有涉及的职业。她们开始拥有与男子同样平等的地位，可以与男子同校接受教育，在社会上拥有了一定的地位。第四，解散财阀，实现经济生活民主化。财阀集团是战前日本最有势力的经济力量，控制和操纵日本的政治、经济生活的基本方向，是“日本最大的战争潜在势力，正是这些财阀使得日本的一切征服和侵略行为成为可能"。基于消灭日本军国主义经济基础的考虑，美国将解散财阀、解散大的家族联合企业和分散日本经济权力作为重要的改革内容。
在一年的时间里，盟军总部先后下达指令解散了80多家大型财阀企业。1947年，日本政府分别颁布以限制与分割垄断企业为目标的《禁止垄断法》和以实现经济民主化为目标的《经济力量过度集中排除法》、先后解散了三井、三菱、住友等最大的财阀集团，限令财阀家庭的领导一律辞去其担任的经济职务。
1948年以后，由于冷战爆发以及日本政府的敷衍塞责，美国放弃解散财阀的政策。因此，解散财阀的工作并不彻底，许多财阀得以保留，并成为后来日本垄断财团的支柱。麦克阿瑟另一项重要的经济改革是创建不受政府控制的有组织的劳工联合会。日本的工会已经存在了半个世纪，但是它们完全丧失了独立性。麦克阿瑟根据这一点决定落实他们应有的权利。他提出了3项劳工法，并且成功说服了日本政府来实施它们。日本工人如果谁愿意加入工会就可以加入，不强迫也不限制。麦克阿瑟还鼓励美国劳工领袖来日本，以丰富的经验指导日本人成立完善的劳工组织。这样，有组织的劳工数量迅速增长起来。
在第二次世界大战之前，日本的工会仅仅10余个，工会成员为10万人;1945一1948年，工会已经增加到3.4万多个，成员已经达到了660万人之多。这期间日本还发生了数次罢工运动。战争的巨大消耗导致城市生活条件空前恶劣，市民们对此十分不满。新成立的大部分工会，宗旨就是为其成员争得更高的收入。1947年1月，许多工会联合举行了一次大规模罢工，要求把他们的工资上涨 40%。整个国家几乎陷入停滞状态。事态严重，麦克阿瑟不得不亲自出面，谨慎地发表禁令，希望工人们能够停止罢工。他十分担心，如果禁令过于严厉，将很有可能导致工人们进一步的过激行为。好在最后这件事终于妥善地解决了，工人们没有继续闹事，还收回了上涨工资的要求。第五，农地改革，摧毁日本经济的封建主义基础。土地问题是日本因明治维新不彻底而遗留下来的严重制约社会进步的消极因素。
由于少数地主占有大量的土地，人多地少的日本农村阶级矛盾十分突出。战后初期，粮食十分匮乏，农民和地主之间的纠纷和冲突进一步加剧，租佃纠纷从战前的每年平均900余起激增到1945年的5000多起。由于日本面临着严重的粮食危机，街头示威游行的队伍不断增加。在这样危急的时刻，组建粮食内阁迫在眉睫。老牌外交官吉田茂在众多党派领导人中脱颖而出。吉田茂是一个反对战争的外交官。在第二次世界大战期间，他因为主张和盟国早日签署投降书而被囚禁在狱房1个月。后来他接替了重光葵的职务，与盟军往来次数甚多。他凭借自己独特的处世方法赢得了麦克阿瑟的赏识，两人建立了良好的友谊和工作关系。麦克阿瑟信任这个才能卓著的朋友，他希望吉田茂尽快组织内阁，解决粮食问题。
日本民众的游行示威愈演愈烈。5月中下旬，东京20万民众在广场举行了集会。麦克阿瑟次日发表声明，谴责日本民众这一不理智的行为，承诺将要采取必要的措施。随后麦克阿瑟向美国政府提出调运粮食到日本，遭到美国众议院的反对。麦克阿瑟以十分强硬的态度作为回应：面包还是子弹，给我一个就行。他在电报中这样警告说：“饥饿只会引起多灾多难的动乱……要么是粮食，要么是军队，必须运到日本。”
最终，众议院被说服，粮食运来了，日本的粮食危机得到了缓解。在这之后，日本民众开始喜欢和信任麦克阿瑟，他们感激麦克阿瑟的慷慨之举，认为在他的帮助下，日本的复苏还是极有希望的。为了避免日本经济的崩溃和社会的大动荡，占领军当局决定立即在日本实施农地改革，以平息农民对没有土地的严重不满。
1945年12月初，盟军总部向日本政府下达《关于农地改革的备忘录》，要日本政府根除“那些长时期以来损害土地结构的恶弊”，限期3个月内向盟军总部提交将土地从地主手中转让给耕种者的计划。在同年年底，日本政府颁布了第一份农地改革方案，但因该方案明显偏袒地主，遭到无地农民的强烈反对。
1946年6月30日，在占领军当局的直接干预下，日本政府颁布第二份农地改革方案，并于10月份得到盟军总部的认可后开始实施。该方案规定：国家强行收购离村地主的全部出租地；在村地主超过1町步以上、自耕农超过3町步以上，以及其他经由各缴农地委员会决定的土地也都在收购之列；收购后的土地，按照低价出售给无地或少地的佃农，原租佃农户有优先购买权；残留的出租地的地租由过去的缴纳实物改为缴纳现金，地租率水田不得超过产值的25%，旱地不得超过15%。农地改革虽然没有彻底解决农村的社会矛盾，但它摧毁了日本军国主义赖以生存的封建土地所有制，有助于社会的进步和美国控制地位的加固。
麦克阿瑟还十分重视日本的教育问题。在他看来，日本的思想文化也是亟待改革的重大项目。以前，日本的学校实行集中控制，并且带有歧视的陋习。日本的教科书中宣扬极端的民族主义，以及对天皇的崇拜和效忠等等。
1945年9月，日本文化部曾发布过《新日本建设的教育方针》，但是本质上还是没有改变原有的思想体系。麦克阿瑟提出非军国主义教育，实行学校教育自由化，采取以培养民主国家的国民为宗旨的全新的教育制度。他制定出一系列改革日本教育的方案，内容包括：实行地方教育分权制；推行“六、三、三、四”制的新兴学制；实行单轨制教育等等。
根据这一方案，日本政府于1947年3月颁布了新教育法。新教育法的推行，使日本学生享受到以开发智力为主要目的的教育方式，大大地提高了日本学生的学习兴趣，同时也培养了具有多样性、自发性、创造性的全方面人才。日本学生开始注意发展自己的兴趣爱好，全面培养自身的才艺，渐渐脱离了狂热守旧的忠君思想，以相对自由健康的方式成长。麦克阿瑟所推行的一系列改革对战后日本的历史产生了极为深远的影响。
1951年4月，麦克阿瑟遭到解职时，吉田茂首相在向全国发表的广播讲话中动情地说：“麦克阿瑟将军为我国利益所做的贡献是历史上的一个奇迹，是他把我国从投降后混乱的境地中拯救了出来，并把它引上了恢复和重建的道路，是他使民主精神在我国社会的各个方面牢牢扎根。”
