印尼是世界上华侨华人数量最多的国家，也是反华、排华最为严重的国家，特别是在苏加诺执政时代后期和苏哈托执政时代，印尼频繁发生大规模、惨绝人寰的排华活动。
为保护本国侨民的生命财产安全，拯救广大华侨于水火，中国政府一方面通过外交渠道积极与印尼政府交涉，强烈要求其停止迫害华侨、维护华侨正常生存和发展的权利;另一方面克服重重困难，在驻印尼使领馆屡遭袭击和破坏的情况下，多次组织力量前往印尼接运难侨回国，并在中央和地方成立了相应的接待和安置机构，按照“集中安置为主、分散安置为辅”的原则，妥善安置了全部归国难侨。
从1958年下半年开始，印尼当局对待华侨的政策加速右转，掀起了印尼独立后的第一次排华浪潮。针对印尼发生的排华事件，中国政府一方面通过外交渠道向印尼政府提出严正抗议，另一方面积极采取措施救助难侨。
1959年10月，国务院副总理兼外交部部长陈毅在与来访的印尼外交部部长苏班德里约会谈时，专门提到华侨问题，要求印尼当局全力保护华侨的正当权益。在10月11日的联合公报中，两国外长共同声明：双方“应该寻找适当的方法……使华侨的正当权利和利益受到尊重”。然而，印尼当局并没有遵守承诺，苏班德里约代表团回国后仅月余时间，苏加诺即签署了《总统第十号法令》，印尼军方更是频频使用武力逼迫华侨迁离居住地。有鉴于此，12月9日，陈毅公开致信苏班德里约，在回顾两国以往为解决华侨问题所做各种努力的同时，对印尼当局正在进行的大规模反华、排华活动提出了严正抗议，并提议两国政府立即采取措施，全面解决华侨问题。
与此同时，中国政府也开始着手准备难侨的接待和安置工作。1959年12月20日，中共中央发出《关于准备大量接待归国华侨的指示》，计划在当年内接待安置60万难侨。1960年初，中国驻印尼大使黄镇代表中国政府向印尼提出六点意见，要求印尼当局停止对华侨的迫害、释放被捕难侨、允许难侨变卖家产回国。
2月2日，国务院在《关于接待和安置归国华侨的指示》中决定成立“中华人民共和国接待和安置归国华侨委员会”，在广州、汕头、湛江、海口等口岸设立接待归侨办事机构，并要求广东、福建、广西、云南等省、自治区同步做好归侨的安置工作。另外，中国政府还租借了“美上美”号、“大宝康”号、“海皇”号、“福安”号等客轮前往印尼接运难侨回国。2月29日，首批归国难侨抵达广州黄埔港，受到了中侨委主任廖承志、广东省省长陈郁、广州市委书记王德等领导和祖国人民的热烈欢迎。仅在当年的第一季度，中国政府接运回国和自行归国的印尼难侨就有15000多名。
在中国政府大力救助难侨的过程中，印尼不但百般阻挠，而且加紧迫害华侨。4月27日，中国政府租借的“大宝康”号在已办好一切手续并被准许开航的情况下，遭到了印尼有关当局的武力劫持，在中国驻印（尼）外交人员的多番交涉下，滞留石叻班的702名难侨才得以脱险回国。同一天，前往三马林达协助“海皇”号接运难侨的江燕领事也遭到了印尼军方的扣押，连续被软禁41个小时。继这两个事件之后，印尼陆军势力从5月下旬开始，又在西爪哇地区对华侨发起了第二轮大规模的武力逼迁，许多华侨因此倾家荡产。
中国政府多次通过外交渠道向印尼当局提出严正抗议，黄镇大使6月29日亲自赴印尼外交部与苏班德里约部长会谈，一再要求印尼政府立即采取措施制止逼迁活动，保障华侨的生命财产安全。然而，印尼当局非但没有停止武力逼迁，反而于7月3日在西爪哇省勃良安州芝马圩制造流血事件，导致怀孕4个月的杨木妹、叶金娘等人中弹身亡，多名华侨受伤或被捕。
中国政府对芝马圩事件高度重视，外交部立即向印（尼）方提出强硬抗议，“坚决要求印度尼西亚政府就这次西爪哇军警杀害华侨的暴行公开道歉，严惩芝马圩杀害华侨的凶手，抚恤死难华侨的家属，负担受伤华侨的医药费用和赔偿他们的损失，迅速释放被捕华侨，立即采取有效措施保证今后不再发生类似事件。
中国政府并且要求印度尼西亚政府立即停止对华侨的逼迁和各种破坏活动”。在中国政府提出强烈抗议和严正要求的同时，西爪哇各地的华侨也发动了大规模的罢工和游行示威活动，因排华而一路下滑的印尼经济更是雪上加霜，城乡商贸基本停滞。此外，印尼与荷兰在西伊里安问题上的矛盾冲突升级，8月印尼宣布同荷兰断交，而印尼曾寄予希望的美国名义上表示“中立”，实则偏袒荷兰。面对内外交困的局面，以苏加诺为首的印尼当局不得不调整内外政策，缓和与各方面的紧张关系。芝马圩事件后，印尼各地的武力逼迁逐渐减少，至1960年底排华活动已基本停止。在此期间，印尼政府对死伤难侨进行抚恤，并将西爪哇军区司令调离岗位。
针对印尼当局的态度变化，中国政府也相应地调整了外交策略，从国际政治大局出发，着力重建与印尼的友好关系。从8月开始，中国政府按照“少撤多留”的原则，逐渐停止了接侨行动。据统计，截至1960年11月，在印尼这一轮的排华浪潮中从广州、湛江等口岸归国的难侨共计88247人。为使广大归国难侨都能得到妥善安置，中国政府先后在广东、福建等地新建和扩建了25个华侨农场。
以福建为例，该省晋江地委在1960年初就根据上级的指示和工作部署，成立了由地委副书记张德贞为主任委员的“接待和安置归国华侨委员会”，领导新建了晋江双阳华侨农场、南安雪峰华侨农场、莆田赤港华侨农场，并将永春北硿华侨农场扩建为国营北硿华侨茶果厂，还将泉州华侨机砖制造厂改建为泉州华侨塑料厂，当年先后接待和安置了印尼难侨8000多人。在广东、广西、云南等省、自治区，在当地党和政府的统筹协调下，归国的印尼难侨也都实现了“幼有所教，壮有所用，老有所终，鳏寡孤独残疾者皆有所养”。
1961年3月陈毅副总理访问印尼和6月苏加诺总统回访中国后，中印尼关系重新回到了友好发展的轨道，华侨在印尼也恢复了相对安定的生活。然而，好景不长，1965年“九三O事件”发生后，印尼华侨再次陷入水深火热之中。
1959年7月，苏加诺废除制宪会议，全面实施“有指导的民主”，在内外政策上更加倚重印尼共产党。1960年，印尼共产党正式进入苏加诺组建的“互助合作内阁”，通过与苏加诺合作成为印尼国内最重要的政治力量之一。与此同时，印尼共产党与陆军势力的矛盾也逐渐发展到不可调和的地步。
1965年8月苏加诺的健康状况恶化，印尼陆军的反共将领开始加紧谋划发动政变，夺取政权。9月30日深夜至10月1日凌晨，亲苏加诺的总统卫队队长翁东中校突然采取行动，逮捕并处决了6名陆军高级将领。事件发生后，印尼陆军战略后备司令苏哈托(Suharto)迅速发动反击，控制了首都雅加达。10月2日，苏哈托拒绝了苏加诺关于政治解决危机的要求，迫使苏加诺任命其为负责恢复治安和公共秩序的部长和陆军司令。以苏哈托为首的陆军势力全面掌控局势以后，随即指控印尼共产党是政变的幕后主使，展开了针对印尼共产党的大清洗，包括印共领导人艾地在内的超过50万人遭到屠杀。不仅如此，印尼陆军势力还指责中国政府参与了此次政变，在国际反华势力的支持下，掀起了大规模的反华、排华活动。
10月13日，印尼军方在“九三○事件”后首次向美国提出援助请求，美国立即给予了积极回应。11-12月，美国又先后向印尼军方援助若干通信器材和两批药品，并向其提供一份关于印尼共产党的名单。得到美国的支持以后，以苏哈托为首的军方势力在反共、反华的行动中更加肆无忌惮。从10月中下旬开始，在军方势力的煽动、纵容甚至直接带领和参与下，印尼各地相继出现有组织的排华活动，大量华侨的房屋被焚毁，商店和财产被抢掠殆尽，667所华侨学校全部被强制关闭，所有华侨社团和报纸被查封，大批华侨被关进集中营或监狱，很多人惨遭杀害。
在中爪哇，印度尼西亚陆军伞兵部队于10月22日开抵梭罗后，乘坐装甲车和卡车掩护有组织的暴徒，沿街捣毁和焚烧华侨的商店和住宅，使许多华侨的房屋和财产化为灰烬。25日，加布棉的中华总会和中华学校也遭到焚毁。26日，全市90%以上的华侨都遭受了极端严重的损失，不少人倾家荡产、无家可归。更为严重的是，从10月底至11月中旬，三宝垄、北加浪岸、普禾达地、沙拉迪加、沙拉绢、日惹等地先后有40多名华侨无端遭到印尼军警的拘捕和毒刑拷打。11月10日，日巴拉县的华侨黄宗桂于警察在场的情况下，被暴徒活活烧死。15日，梭罗华侨林春光在宵禁期间，被暴徒绑架杀害。24日，三宝垄市北都冬安街还出现了恐吓性标语:“等待着在三宝垄屠杀华人的日期。”
在松巴哇，10月21日，数百名暴徒袭击了亚拉史的华侨商店、住宅，肆意殴打和凌辱华侨，打死华侨1人，重伤2人，许多老人和妇女也无法幸免。10月30日、31日，上千名暴徒拥到下郎埠、唐榜埠等地华侨所在的市场和住宅区，大肆抢劫和破坏，重伤华侨3人，另有2名华侨受伤后精神失常。
在苏拉威西，10月28日、11月14日，位于东南部的肯达里、西南部的马加里两地的华侨商店、住宅，相继遭到了暴徒的疯狂破坏，1名华侨孕妇受惊吓致死。11月10日，数千名暴徒和陆军人员在山姆苏汀少校的指挥下，以汽车和摩托车为联络的交通工具，高呼“华人是我们的敌人”等口号，分头对望加锡市区及近郊的华侨商店、住宅和华侨社团、学校进行袭击和破坏，导致2千多户华侨家庭遭到灾难性打击、1名华侨女孩死亡。
在安汶，11月5日，三四千名暴徒在军队装甲车的掩护下，高呼反华口号，首先袭击了当地的中华总会，然后破坏了华侨培德中小学，接着逐户毁坏华侨的商店和住宅，将他们的货物、汽车、摩托车和日常用品集中到大街上付之一炬。当地军政当局公然声称:“人民愤怒了，最好有机会让他们表达，否则，抑制将更危险。”
在西加里曼丹坤甸市，11月22日，上千名的暴徒经过当地实际掌权者的批准，以游行示威为名，携带短枪、长刀、铁锤等凶器，高呼反华口号，先后砸毁当地的中华总会、中华商会、振强学校和中华学校，并将待发的教师工资及各种财务洗劫一空。
在巴厘岛，11-12月，新加拉野、巴塘、格隆公等地的华侨商店、住宅也陆续遭到暴徒逐门挨户的洗劫和捣毁，残存的汽车被当地军队强行接管，赖以充饥的少量粮食被掺入脏物，水井被投入油漆，1名华侨被杀害、3人重伤、4人受辱自杀。居住在偏远村镇的华侨也遭到了暴徒的迫害，上百人流离失所、生活无着。
在北苏门答腊的棉兰市，12月10日，千余名暴徒在棉兰体育馆集会后，分路出动，封锁街道，破坏华侨的财产物业，并对华侨进行人身攻击，杀害5人，重伤上百人，多名华侨妇女被强奸，其中1人先后被1名暴徒和2名军人轮奸。
在龙目岛，12月25日，一群暴徒闯进渣加拉镇华侨张权厚家，将其父子二人杀害。至30日，全岛各地被害的华侨已超过20人，重伤者6人，轻伤数十人，另有多名华侨妇女失踪或被暴徒霸占。死者中，有的被砍头，有的被斩断四肢，有的被剖腹开膛，有的被割耳剁手，还有1名孕妇及6个孩子被纵火烧死，“造成了目不忍睹、耳不忍闻的大惨案”。
在各地迫害华侨的行动中，印尼军方势力一直都在幕后指挥，甚至直接参与其中。“在有的地方华侨受迫害时，暴徒竟恐吓警察和宪兵，扬言他们的行动是受陆军支持的，只能保护其示威，不能加以制止；在三宝垄发生排华暴行时，陆军人员在场，不仅不予制止，反持枪驱使行人参与破坏捣毁华侨的财产；在西爪哇各地迫害华侨的许多暴徒竟乘军用卡车来去。”
除了残酷迫害华侨以外，印尼军方势力还置基本的国际关系准则于不顾，将矛头指向了中国驻印尼的使领馆和外交人员，导致中国在当地的外交机构不但不能正常行使保护本国侨民的权利，而且自身的生命财产安全也受到了严重的威胁。
1965年10月16日，40多名荷枪实弹的印尼军人暴力闯入中国驻印尼大使馆商务参赞处，肆意搜查文件、抢劫财物，并威胁和侮辱中国外交人员。11月2日，在当地军政当局的支持下，数千名暴徒袭击了中国驻棉兰领事馆，将领事馆的中国国旗和国徽劫走，并强行升起印尼国旗。12月10日，当地有组织的暴徒再次袭击了棉兰领事馆，致使3名工作人员被击伤，领事馆建筑大面积受损。1966年2月3日，中国驻印尼大使馆也遭到了袭击，上千名暴徒分乘卡车、装甲车和摩托车而来，高呼反华口号，破坏大使馆的建筑和设施，并打伤了1名工作人员。此后，中国驻望加锡、马辰、雅加达等地领事馆和新华社雅加达分社也先后多次遭到袭击和破坏，数十名外交人员和职员被打伤。其中，雅加达总领事馆的马登杰领事、李惠卿副领事和其他8名工作人员全部都被打伤，3人伤势严重。
针对印尼军方势力肆意迫害华侨、袭击中国使领馆、殴打侮辱中国外交人员的野蛮行径，中国政府一再向印度尼西亚政府提出抗议，要求其“严惩事件的主使者和杀害华侨的凶手，抚恤无辜死难者的家属，赔偿华侨所受到的一切损失，对丧失生计流离失所的华侨进行救济”，并“对上述暴行立即公开道歉，负责医治被打伤人员，严厉惩办肇事者和主使者……赔偿一切损失，保证不再发生类似事件”。然而，当时的苏加诺总统已经被以苏哈托为首的印尼军方势力架空，根本无法控制局势。
早在1965年10月14日，苏哈托就已迫使苏加诺任命其为印尼军队的总参谋长。1966年3月11日，苏加诺在数名军方高级将领的胁迫下，签署命令，赋予苏哈托恢复印尼治安及稳定社会秩序的权力，苏哈托因此成为印尼当局的实际控制者。但以苏哈托为首的军方势力并不满足，1967年3月7日，他们又强迫苏加诺彻底交出权力，由苏哈托代理总统。3月12日，在军方势力的操纵下，印尼临时人民协商会议撤销了苏加诺的总统职务，苏哈托正式成为印尼的最高统治者。在此期间，以苏哈托为首的军方势力一方面极力反华、排华，另一方面积极与美国勾结，其攫取印尼的实际控制权以后，迅速投入西方集团的怀抱，成为美国在东南亚重要的冷战伙伴之一。
美国也投桃报李，1966年3月31日，约翰逊总统亲自指示国务卿腊斯克，要求其落实向印尼援助5万吨大米的计划。其后，美国又源源不断地向印尼军政当局提供了诸多援助。在外交交涉无望的情况下，从1966年4月12日起，中国政府开始敦促印尼军政当局协助华侨返回祖国。
照会发出后，中国政府并未消极等待印尼当局的回复，而是同步启动了派船接侨和难侨安置的准备工作。从4月中旬开始，广东省外事侨务委员会就开始按照中侨委的指示，在英德、蕉岭、清远、兴隆、阳春等地的华侨农(林)场挑选35岁以下的男性党团员干部，准备随船赴印尼接侨。4月23日，中侨委、商业部等部委又联合下发了《关于保证做好接侨所需物资供应的紧急通知》，要求相关省市提前做好计划，保证按质按量供应接侨需要的物资。其后，广东、福建、广西等省、自治区纷纷按照中央的工作部署，制订了各自的难侨安置计划，并加紧新建、扩建房屋设施，确保难侨归国后能够迅速安顿下来。
在中国政府积极准备接运和安置难侨的过程中，印尼军政当局进一步升级了反华、排华的手段。4月15日，中国驻印尼大使馆再次遭到了有组织的袭击和破坏。当日上午10时50分，千余名印尼军警和暴徒用装甲车和卡车撞开使馆大门，蜂拥而入，扯下中国国旗，焚毁房屋和设备设施，抢走汽车和大量财物，殴打外交人员，并连续开枪数十发，将一名使馆工作人员击成重伤。事件发生前，印尼副总理兼外交部部长阿丹姆·马利克不仅参加了行凶暴徒的反华集会，而且发表了煽动反华、排华的讲话。事后，马利克又接见了行凶暴徒的代表，对他们袭击迫害中国大使馆的行为予以褒奖。
受到印尼军政当局的鼓励后，反华暴徒更加肆无忌惮。4月19日，约300名暴徒在3名警察的率领下，强行占据了中国驻雅加达总领馆。
20日，约70名暴徒在印尼陆军部队西利万吉师323营的协同下，破坏并占领了中国大使馆商务参赞处。
21日上午，西利万吉师的军人又配合暴徒，袭击并强占了中国大使馆武官处；下午，约30名暴徒在武装军人的带领下，携带手枪、步枪等武器，强占了中国驻雅加达总领馆宿舍，并强迫看守雇员离开；晚上，另有一批武装军人和约50名暴徒，手持利器，强占了中国大使馆在雅加达查蒂·佩坦布兰街72号的宿舍，并用卡车劫走大量家具和用品。23日，印尼陆军第五军区官兵约40人伙同一批武装暴徒，袭击并抢劫了位于雅加达拉武街4号的中国大使馆官员宿舍，将3名留守人员打伤。5月4日，约30多名暴徒携带凶器，在武装军警的配合下，强行霸占了中国驻望加锡领事馆。
经受多轮有预谋、有组织的袭击和破坏之后，中国驻印尼的外交机构大部分都已无法正常办公，两国的外交关系也已濒临破裂。尽管如此，中国政府仍然想方设法克服困难，不断与印尼军政当局交涉，尽最大能力救助当地的难侨。在强烈抗议印尼军政当局迫害华侨、袭击中国使领馆的同时，中国政府还多次明确表示：“对华侨的处境十分关怀，并且已经要求印度尼西亚政府负责送回自愿返国的受害华侨。印度尼西亚政府对保护华侨的生命财产安全负有不容推卸的责任。即使印度尼西亚政府一旦断绝了两国外交关系，它也必须保障华侨生命安全和正当权益。中国政府对华侨的安危，绝不能置之不顾。在任何情况下，中国政府都有责任坚决保护自己侨民。”
5月5日，印尼驻华大使馆在向中国外交部复照中，不仅将迫害华侨的责任推卸得一干二净，而且断然拒绝了中国政府关于敦促印尼政府送回受害华侨的四项要求。鉴于这种情况，5月18日，中国外交部照会印尼驻华大使馆，正式向印尼当局提出了再次接侨的要求。
对于中国政府派船接侨的正当要求，印尼军政当局迟迟不予回复。直到9月2日，印尼外交部才在对华复照中作出回应，仅同意中国政府派船从北苏门答腊省的棉兰和班达亚齐接侨回国。9月13日，中国政府正式成立了新一届“接待和安置归国华侨委员会”，仍由中侨委主任廖承志担任主任委员，由广东、广西、福建、云南等省、自治区的“一把手”和相关部委的主要领导担任副主任委员，相关省、自治区也对照中央的机构设置成立了本地的“接待和安置归国华侨委员会”。9月14日，由中国政府派遣前往印尼接侨的“光华”轮由广州黄埔港起航。10月10日，“光华”轮从印尼棉兰勿拉湾港搭载首批难侨1006人抵达湛江港。11月28日，1967年2月5日、5月13日，“光华”轮分别接回难侨1076人、1071人、1099人。
11月6日，国务院发布《关于落实安排一九六七年安置难侨工作的通知》，计划每月派1艘船前往印尼接侨，每次接运1000人左右。加上自行归国者，预计1967年全年需安置难侨1.5万人。不过，由于印尼军政当局在反华、排华的道路愈走愈远，中印(尼）关系不断恶化，最终彻底破裂，中国政府接运1.2万名难侨的计划并未能完全付诸实施。
1967年8月5日，上千名暴徒在大批印尼军人的带领下，再次袭击了中国驻印尼大使馆，打伤4名工作人员，焚毁2幢建筑物，并将使馆内的全部家具和设备逐一砸毁。10月1日，大批武装军警和暴徒又一次闯入中国大使馆，将使馆人员全部打伤，包括临时代办在内的多名外交人员中弹重伤，公私财物和档案文件被洗劫一空，还通过逐一搜身的方式抢走了使馆的密码本。10月23日，印尼军政当局宣布，将于当月30日强行关闭中国驻印尼大使馆和驻雅加达、棉兰、马辰、望加锡的领事馆，并要求全体中国外交人员在最短时间内撤离印尼领土。10月31日，中国外交人员被迫撤离印尼，中印尼关系中断。
中印尼断交以后，仍有大量印尼难侨源源不断地自行回国。中国政府一方面保留了设在各口岸的接待机构，继续接收归国难侨；另一方面仍然按照“集中安置为主、分散安置为辅”的原则，将印尼难侨相对集中地安置到广东、福建、广西、云南等省、自治区的华侨农（林）场。至1969年，印尼的反华、排华浪潮逐渐平息，从印尼自行回国的难侨大幅减少，中国政府这一阶段对印尼难侨的救助安置工作也随之结束。
