此时，北京城已经陷入混乱,除了迫在眉睫的军事灾难威胁之外，更重要的是，蔓延多年的瘟疫已经将这座城市变成了地狱。除了民间，皇宫也不能幸免，崇祯皇帝没有办法，只好找人作法，可是仍然无法阻止瘟疫在皇宫中的蔓延。

街道上到处都是死人，必须被拖出城市埋葬，城市内外的哭声日夜不停。更可怕的是，当时守城的军队也受到了很大影响。事实上，锦衣卫是皇家仪仗部队，后来发展成侦探部门。如果他们发现有危及皇权或朝廷的言行，就可以独立的进行逮捕和审问，因此，宫廷中的所有官员都害怕锦衣卫。锦衣卫最可怕的不是影视剧中无敌的身手，而是他们手中的权力，可以惩办所有的官员。

李自成率农民军打到了北京城门下，过去还耀武扬威的锦衣卫，也像普通士兵一样被派往城门，守卫这座城市。很快，肉搏战开始了，他们大多数像普通士兵一样战死在城楼。当李自成率军进入北京时，他发现这不是他想要，整个城里到处都是死尸。李自成需要钱，他知道这些高级官员和贵族家里藏着大量的黄金、白银和珠宝。大顺军开始大规模收敛钱财，除了宫廷官员和贵族，锦衣卫也不例外。

大顺军一个接一个地俘虏了他们，并对他们施以严刑拷打，只有拿钱，他们才能得救。总而言之明朝灭亡时，大多数锦衣卫都战死在城楼上。城市被攻破后，有一部分锦衣卫自杀了。就算投降的，也被李自成折磨的不成样子。.一些幸存下来的人也就归隐起来了。