1967年5月中旬，王树声奉命同粟裕、向仲华等人，率领军事科学院中的600多名干部与战士，进入国防部工办。王树声当时是军管领导小组的副组长，主要的任务是抓生产建设。当时，国防部的生产几乎处于停止的状态，因为两派的斗争非常激烈，所以进行工作时是非常困难的。可是王树声已经充分认识到恢复国防生产的重要性，而且还不辜负中央军委与周总理的期望，迎难而上。

当时七机部第二设计院是最为混乱的，两派群众各占着两个楼层，打得非常激烈。一天晚上，王树声接到信息说两大派又在加紧准备战事，决定要大干一场，并且分出高低。于是他就立刻驱车前往，在他到达时，两派已经准备好了，都拿着棍棒，准备一较高下。

在这个危急的时刻，王树声不顾自己的安危，直接穿过了“枪林弹雨”，并且找到了两大派的头目。武斗的两派，在面对这位临危不惧，镇定自若的老将军，都非常的佩服。而王树声则将所有的道理与实事摆在他们面前，并且一直持续到了深夜，最终两大派决定罢手，而这也避免了一场恶斗。

1968年的三四月之间，王树声等人将周总理交给的任务圆满完成了，除了少部分还需要继续执行军事管理之外，其余的人员就可以撤回院中继续参加“文化大革命”。军事科学院的文革进行的时间比较晚，可是一搞起来却非常的凶猛。

因为受到二月逆流的冲击，再加上身体不好，主要的负责人叶剑英、粟裕都没有能力主事。因此院党委的第三书记、副院长王树声，就开始主持军事科学院的工作。不过，林彪一伙人为了能够整到叶剑英，准备了大量的材料，并且还不择手段。而作为军事科学院的代表王树声以及其他老干部那是坚决的反对，并且是全力保护叶帅。

有一次，军事科学院的红卫兵组织想要王树声开具介绍信，说是要外出调查叶剑英的“问题”，而王树声说：“你们要是外出调查我王树声，我立马给你们开介绍信，可要是你们外出调查叶剑英，就是打死我，我也不会批准的！”而造反派的头目在面对王树声如此极力的保护叶剑英，可以说是既痛恨又害怕，于是他们就想方设法的去整王树声。

1968年5月10日，王树声刚刚吃完晚饭，这时军事科学院的红卫兵直接出现了，将他的住宅给包围了，同时抢占了电话，并将王树声从住的地方带到了军事科学院。而当造反派说道王树声是反革命，走资派的时候，王树声则一字一句义正言辞的反驳着：我不是走资派也不是反革命，我承认自己有错误缺点，可都向中央交代了，而且还作出了结论，中央与毛主席都是知道的。

在这个问题上，造反派觉得没有办法打开突破口，于是就便拿出了一份关于叶剑英元帅在某个文件上的批示，就是要让王树声揭发内幕。到这个时候王树声才明白，原来这次斗争的焦点没有放在他的身上，这些造反派就是想要通过他来整叶剑英。之后不管这些造反派对其进行怎么样的逼问，还是拳打脚踢，王树声都守一言不发，守口如瓶。