华中派遣军司令官 畑俊六，日本东京人，元帅陆军大将（1944年），甲级战犯。他主张优先控制中国已占领区域的资源，反对盲目扩大战线，强调通过掠夺占领区物资（如铁路、矿产、粮食）维持日军补给，削弱中国抗战能力‌。

第二军司令官 东久迩宫稔彦，皇族，陆军大将（1939年），第43任首相。他被天皇用作制衡军部的棋子，其皇室背景使他在战争后期成为协调军部与皇室利益的中间人。1945年日本投降前夕，其角色从战争推动者转为“收拾残局”的执行者，为战后解除日军武装埋下伏笔‌。

第三师团师团长 藤田进，陆军中将（1936年），1946年被中华民国国民政府列为重要战犯。

第十师团师团长 矶谷廉介，陆军中将（1936年），甲级战犯。日军“三大中国通”之一，长期在华从事间谍活动，专注研究中国南方政治（如广东国民党政权），为日军提供情报支持‌。

继任师团长 筱冢义男，陆军中将（1936年），1945年9月17日自杀身亡。

第十三师团师团长 荻洲立兵，陆军中将（1937年），1946年被中国国民政府列为南京大屠杀战犯之一‌，但因日本战败后政治庇护及美苏冷战格局影响，未接受东京审判或其他国际法庭制裁‌。

第十六师团师团长 藤江惠辅，陆军大将（1943年），甲级战犯。

继任师团长 中岛今朝吾，陆军中将（1936年），南京大屠杀罪魁之一，于1945年10月25日病死。

野战重炮第一旅团

骑兵第四旅团旅团长 小岛吉藏，‌陆军中将‌（1939年）。

战车第一联队

锦木海军陆战队

伪军于芷山部

第十一军司令官 冈村宁次，日本东京人，陆军大将（1944年），日军侵华战争核心指挥官之一，他被中国政府列为甲级战犯，但因冷战背景下美国政治干预，未受东京审判制裁，反而被国民政府宣判“无罪”‌。

第六师团师团长 稻叶四郎，日本石川县人，陆军中将（1937年）。他因性格“骄狂”遭冈村宁次排斥，后者称“无人可用也不得起用”。

第九师团师团长 吉佳良辅，陆军中将，南京大屠杀罪魁之一，因朝香宫鸠彦王利用皇族身份干预，他未被列为战犯，战后未受任何法律制裁‌。

第二十七师团师团长 本间雅晴，陆军中将（1938年）。1946年2月11日，因曾大量残杀美国和菲律宾战俘及死亡行军的罪责，被美国在马尼拉的军事法庭判处死刑。

第一〇一师团师团长 伊东正喜，陆军少将。他作为资深炮兵将领，擅长阵地战但缺乏机动应变能力，武汉会战中因轻敌冒进遭中国军队精准打击‌。

第一〇六师团师团长 松浦淳六郎，陆军中将（1934年）。皇道派核心成员，他长期担任参谋与教育职务，缺乏实战指挥经验，被评价为“独立指挥能力不足”‌。

波田支队

石原支队

海军第三舰队

土师池海军陆战队

战车第二联队

町九机械化兵团

野战重炮旅团

直辖兵团：

第十五师团师团长 岩松义雄，陆军中将。抗战胜利后被中华民国国民政府列为重要战犯，但因日本战败后政治庇护及证据问题，未受国际法庭审判‌。

第十七师团师团长 广野太吉，陆军中将。

第十八师团师团长 牛岛贞雄，陆军中将（1931年）。1946年被南京国民政府列为乙级战犯，但未受到国际法庭审判‌。

第二十二师团师团长 土桥一次，陆军中将。1942年12月，其下属第五十九师团第53旅团驻山东馆陶县部队因兵力调整引发士兵暴动（即“馆陶事件”），他于事件后被日军大本营撤职，转任熊本师管区司令官（1945年4月），逐渐淡出侵华前线‌。

第一一六师团师团长 清水喜重，陆军中将。抗战胜利后被中华民国国民政府列为重要战犯，但因日本战败后政治庇护及证据问题未受国际法庭审判。

航空兵团司令官 德川好敏，日本东京人，出身清水德川家（御三卿之一），陆军中将（1937年），日本陆军航空兵奠基人。

第一飞行团

第三飞行团

第四飞行团

说明：①长江方面，由第十一军司令冈村宁次统一指挥。

②大别山北麓方面，由第二军司令东久迩宫稔彦统一指挥。

③第三师团于一九三八年八月二十五日编入第二军序列。骑兵第四旅团系由华北调来，十一月十一日纳入华中序列，于十月十四日配属第二军。第一一六师团之石原支队，系会战后期加入战斗。

④第十八师团于九月十七日编入第二十一军，参加广东作战。

⑤直辖兵团之主要任务，为战略预备及维持占领区之安全为主。