德国内部的宗教纠纷和政治冲突以及欧洲诺国的对外扩张和争权的斗争，终于导致三十年战争的爆发。这是欧洲第一次大规模的国际战争，主要战场在德国，战争的结果对欧洲有深远的影响。三十年战争是从1618年捷克人民起义开始的。

捷克本来是以西斯拉夫人为主的国家，11世纪中叶以后长期依附于神圣罗马帝国，并日益在帝国内占据重要地位。胡司战争后，捷克摆脱了帝国的控制，取得了政治上的独立。1526年，德国封建反动势力在镇压农民战争之后，将捷克重新并入神圣罗马帝国，由皇帝兼任国王。捷克在胡司改革和胡司战争之后，已为新教的传播做好准备。

1609年，德皇鲁道夫二世签署了一份“大诏书”，承认捷克新教派的合法地位，并允许捷克实行宗教信仰自由政策。1616年，德皇决定任命斯提里亚公爵斐迪南为捷克国王。此人是一个狂热的耶稣会士，上台后便要取消“大诏书”，力图恢复天主教在捷克的统治地位。1618年斐迪南下令禁止布拉格新教徒集会。为此，捷克国会立即提出抗议，拒不承认斐迪南为国王。皇帝则宣布捷克新教徒为“暴徒”。

三十年战争可分为四个阶段。1618至1624年是战争的第一阶段，主要是德国内部皇帝慎压捷克起义和新旧教诸侯之间的战争。布拉格起义后，捷克由推选的30名“护政官”主持国政，废除了裴迪南的王位，驱逐了耶稣会士，并召集民兵组建了军队。为了抵抗皇帝和天主教同盟军队的进攻，捷克人竭力谋求新政同盟和英、法、荷等外国势力的援助。1619年，捷克园会推选新教同盟首领巴拉丁，选侯腓特烈为国王。6月，捷克军队攻入奥地利，并向维也纳推进。

8月28日德皇马提亚斯病逝，斐迪南当选为帝，是为斐迪南二世。他为了获得天主教同盟的支持，许诺将巴拉丁选侯资格转让给天主教同盟首领巴伐利亚公爵。天主教同盟答应派军队镇压捷克起义，与此同时，捷克起义军也得到新教同盟的支持。但在紧要关头，萨克森选侯私下与德皇达成妥协，腓特烈也表现得很软弱。1619年末，天主教同盟军队迅速解除了维也纳之围，并开始转人反攻。1620年11月，天主教同盟军队在布拉格附近白山高地打败了捷克军队。群特烈临阵脱逃，避难于尼德兰。布拉格被攻路，起文民众惨遭杀戮，新教徒财产多被没收。不久，巴拉丁也被攻占，选侯资格转归巴伐利亚公爵。提克起义以失败而告终。

1625至1629年为战争的第二阶段。天主教同盟和德皇的胜利，使欧洲许多国家感到不安。1625年，法国促成英国、荷兰、丹麦等国结成反哈布斯堡联盟，并资助丹麦出兵德国。德国新教者侯也支持丹麦的行动。德国内成从此扩大为国际战争。1625年初，反哈布斯堡联军分三路进攻：丹麦军队侵入德国西北部、英军从西面进攻捷克、新教诸侯的军队从东方进攻奥地利和巴伐利亚。1625年4月，德皇任命瓦伦斯坦为皇家军队总指挥。

1630至1635年为战争的第三阶段。德国皇帝势力的加强和丹麦的战败，引起德国新旧教诸侯的不满。国际上的敌手也担心德国的强盛会对他们国家构成威胁。于是波罗的海强国瑞典于1630年对德宜战。瑞典国王古斯塔夫二世亲率大军于1630年6、7月间迅速攻占波美拉尼亚和麦克伦堡，同德国新教诸侯勒兰登堡、萨克森选侯联合，打败天主教同盟军队，进抵德国南部地区。正值瑞典军进攻的关键时刻，天主教同盟内部发生矛盾。1630年7月在累根斯堡召开的选侯会议上，天主教诸侯唯恐瓦伦斯坦势力变大，以军队纪律松散为借口，迫使德皇罢免了瓦伦斯坦。1631年底和1632年，瑞典军队取得节节胜利，先后攻占了维尔茨堡和法兰克福等重要城市。德皇为挽救颓局，重新起用瓦伦斯坦。瓦伦斯坦首先把进占捷克的萨克森军队赶走，随后把瑞典军队吸引至萨克森，集中优势兵力进行决战。

1632年11月，双方在吕岑（又译吕层）发生激战，成为三十年战争中规模最大的战役。瑞典军虽然占据优势，取得微小的胜利，但是国王阵亡。1634年1月，皇帝与天主教同盟又发生内江，瓦伦斯坦再次被解职，军权由皇太子执掌。1634年9月，在诺德林根大败瑞典军队。1635年5月以后，萨克森等新教诸侯纷纷脱离瑞典阵营，相继与皇帝议和。战争第三阶段至此告终。

1635至1648年是战争的第四阶段。丹麦、瑞典、英国与德国、西班牙的厮杀以及德国内部新旧教诸侯的互相残杀，至1635年已经精疲力竭，消耗殆尽。一直躲在幕后的法国，见时机已到，便公开走向战场，收拾战争残局。1635年，法国正式对西班牙宣战。次年，法国与瑞典结盟，公开参加战争。不久，荷兰、威尼斯和匈牙利等国宜布支持法国，相继参加法瑞联盟与德国、西班牙和哈布斯堡势力作战。战场扩大到西班牙、尼德兰和意大利等地。

战争之初，法国受挫。西班牙军队从南北两路攻入法国。在德国战场上，法瑞联军进展顺利，瑞军重新占领波美拉尼亚和麦克伦堡。1642年9月，瑞军在萨克森重创德皇军队。1643年春，法军在洛可瓦会战中击败西班牙。此后法瑞军队在法国战场上接连取胜，甚至攻入奥地利和巴伐利亚。皇帝和天主教同盟无力再战，被迫求和。

此时瑞典军中瘟疫流行，士气低落，法国对新爆发的英国资产阶级革命感到不安，而且法、瑞摩擦日趋严重，因此也无意再战。1643年以来，交战双方一直在威斯特发里亚的闵斯特城和奥斯纳布鲁克城谈判。1648年8、9月间达成协议，10月24日参战双方分别缔结了两个和约，合称威斯特发里亚和约。三十年战争至此结束。