蒋介石到台湾后，本着“一切为蒋经国上位铺路”的原则，对麾下机构展开了大换血。

阎锡山、白崇禧这些从前的死对头不用说，他们很快被排挤到边缘，就连一些忠臣旧部，蒋介石也毫不顾惜地对他们展开了大换血。掌握情报工作多年的保密局局长毛人凤，为蒋介石效力多年，如今却成了蒋介石下手的对象，蒋介石让蒋经国出任“国防部总政治部主任”，逐步接管台湾的谍报工作，这让毛人凤有了强烈的危机感。毛人凤，人称“笑面虎”，一生以能忍著称，堪称民国的司马懿和德川家康。不过，这次蒋经国要接管他一生的心血，毛人凤忍不了了。他处处给蒋经国下绊子，不买他的账，搞得蒋经国难以在谍报系统内舒展筋骨。二人之间的权力斗争越来越激烈，都想着如何打倒对方，在这中间，他们爆发了一系列的冲突，而最终的结果众所周知：毛人凤惨败，蒋经国完胜。

两人的第一个大冲突，是围绕着著名的“毛邦初事件”展开的。毛邦初是蒋经国的表兄弟，也是蒋经国的心腹亲信。1952年，时值美国大选，蒋介石迫切希望支持他的共和党能胜选，就派毛邦初以“空军副司令”的身份常驻美国，表面上和美国谈判空军军购，实际上负责在美国各界游说，推动共和党上台。不久之后，共和党议员诺兰来到台湾，向蒋介石提出，希望可以由自己主持台湾在美国的军购事宜。蒋介石为了拉拢诺兰，当场表示同意。军购从来就是一个大肥差事，蒋介石挥手就把此事交给了一个美国人，这让毛邦初非常不满。很快，诺兰就发现，毛邦初经手的军购项目对不上账，少了150万美元，蒋介石于是对毛邦初起疑，要他把军购的款项全部交给诺兰负责管理。毛邦初眼看事情败露，自己肥差捞不着，结局都很难料，便选择了蒋介石撕破脸皮，他扬言自己的“空军副司令”和“驻美采购代表”的职务是李宗仁“代总统”任命的，蒋介石无权剥夺。不久后，毛邦初就把用于军购的近5000万美元全部提走，飞到了墨西哥隐居，给蒋介石来了一个“卷包会”。毛邦初还向媒体详细披露了蒋介石支持共和党、搞院外游说、收买诺兰的各种细节。一时间美国舆论大哗，指责蒋介石拿着美国的援助款砸美国的锅，还成立了专门机构来调查此事……

毛邦初事件闹得沸沸扬扬，这让刚刚接手情报工作的蒋经国颜面尽失。他手底下的人出了如此丑闻，他实在难辞其咎。一旁的毛人凤则以为自己终于抓到了“太子爷”的致命失误，趁着这个机会把毛邦初案的详细情况汇报给了蒋介石，想用此事说明“太子”蒋经国不堪重任，领导不了情报工作，将来还要靠自己的辅佐。但毛人凤显然算错了，蒋经国虽然因为办事不力挨了蒋介石的一顿教训，但蒋介石总体上对这个儿子还是比较满意和信任的。毛人凤机关算尽，却抵不过人家是亲生父子这一条，犯了古人所说的“疏不间亲”的大忌讳。毛邦初事件后，蒋经国对毛人凤恨得牙痒痒。他找到毛人凤的死对头郑介民，请他为自己出谋划策，郑介民多年前被毛人凤算计，被迫把保密局局长的位置让给了毛人凤，黯然离场。郑介民为了干掉毛人凤，真可谓出手狠辣，他建议蒋经国直接把保密局“收归国有”，开办训练班培育新势力，并把保密局、内调局两局的成员全部混编。保密局就是从前的军统，内调局就是从前的党通局、中统。这两家在历史上从来就是不同的派系，情报领域里的死对头，郑介民建议把两家合并，实际上就是要废掉这两个山头，同时废掉陈立夫和毛人凤这两个宿敌的全部势力。陈立夫和蒋介石的关系非同一般，也知道蒋经国上位是迟早的事，早就乖乖腾开了道路。但毛人凤却不识趣，还想留在台上继续舞蹈，不愿急流勇退，在蒋经国宣布了这个决定后，他缓缓地开口说道：“情报工作是一个很专业的工作，外行是领导不了的。”蒋经国听后外表波澜不惊，实际内心早已把毛人凤千刀万剐。

就在蒋经国谋划除掉毛人凤而不得其法的时候，毛人凤自己把机会送了上去，这个机会就是“杜长城事件”。杜长城是毛人凤的心腹亲信，此人和毛邦初一样，手脚向来不干净，在大撤退和军事演习的时候趁机贪污走私了不少黄金，蒋经国决定拿他开刀。蒋经国逮捕杜长城，本来只是想以贪污的名义先废掉毛人凤的手足，却没想到还能有意外收获：在审讯的过程中，蒋经国顺藤摸瓜，查到了杜长城等人曾试图绑架自己，这真是令他又惊又喜。杜长城之所以要策划绑架蒋经国，是眼看毛人凤即将失败，想着帮他一把。他计划先绑架蒋经国，然后再由毛人凤出面把蒋经国救出来。如此一来，毛人凤有重大立功表现，而蒋经国则因为连自己都保护不了成为笑柄，无法继续干涉谍报工作。愿望是美好的，现实是残酷。杜长城还没有实践自己的计划，就被蒋经国抓了个正着。蒋介石看到案件报告后勃然大怒，当场批示将参与此案的保密局人员“一律枪毙”。杜长城护主不成，反而加速了毛人凤的陨落，此案之后，毛人凤彻底失去了上牌桌的资格，不久后，心情郁闷的被诊断出患上了肝癌，蒋介石趁机把他送到了美国治疗。毛邦初事件和杜长城事件，蒋经国和毛人凤手下的人各自出了严重的问题，但处理结果完全不同。太子和家奴，太子和打手，之间的差别何止天壤？195年11月，毛人凤在台湾“三军总医院”死亡，死后，蒋介石反应冷淡。毛人凤的妻子找到宋美龄哭诉，蒋介石这才同意给毛人凤写了一一副挽联。