咸丰二年（1852年）6月10日，离开广西北上湖南的太平军在全州北面蓑衣渡，中了江忠源所率楚勇的伏击，双方激战两天，太平军损失惨重，经蓑衣渡一战，太平军精锐尽失，辎重损毁殆尽，穷蹙已极，似乎已不复有扫荡湖南、大举北进之力。因损失过重，太平天国领导层也发生动摇，洪秀全等人心灰意冷，几乎起了散伙的念头，幸得杨秀清意志坚韧，凭一己之力支撑颓局，竭力鼓舞士气。史料记载：“官兵追剿，屡屡穷蹙。秀全及群贼皆有散志，独秀清坚忍，多施诡计，笼络群丑，败而复炽”。

惨败蓑衣渡后，太平军残部进入湖南，轻取防守薄弱的道州，转战江华、永州，沿途清军抵抗轻微，太平军俘斩官绅，焚烧官衙、捣毁孔庙，没收浮财，并将粮册、地契、债券焚毁一空，深受穷民欢迎。湘南三合会党众纷纷来投，使遭到重创的太平军迅速恢复元气并扩大实力，旋一扫颓势，攻城略地，所向披靡。

史载，太平军仅在道州就扩军至三万，后经江华、永州扩军，又得到两万精兵，入郴州后，又有两三万当地农夫、矿工纷纷投军。其中有作战经验的原三合会武装人员就有五万多，尤其是在郴州招得数千矿工，遂成立土营，专门从事穴地攻城，使太平军攻坚能力大大提高。到当年9月间，出广西时不足一万人的太平军已达十余万人。

西王萧朝贵率一支先锋部队经永兴、安仁、茶陵、醴陵直趋长沙。在长沙城下，萧朝贵不待主力赶至便仓促攻城，不幸中炮归天。东王杨秀清、北王韦昌辉、翼王石达开率大军开到后接手攻城事宜，而守城清军的力量也得到加强，左宗棠、江忠源、张国樑、向荣等将才坐镇，与太平军湘南精锐对决，彼此数量相当，且清军王牌楚勇、捷勇、镇竿军皆已就位，两军对垒，可谓旗鼓相当。

长沙围城战后期，成为太平军战史上最惊心动魄的三大战役之一（另两场为安庆战役和南京决战）。史载，就在双方反复攻守、激烈鏖战时，长沙城内的居民之乐天无畏，史上罕见。太平军与清军一攻一守，血战数月，长沙百姓很少逃走，大多数人同往常一样优哉游哉地过着自己的小日子，甚至有人携带酒食登城观战， 彼时城中还流行一首民谣：“贼杀贼，官杀官，与我百姓无相干。”史载，长沙围城数月“行人来往自如，入城者唯避南门，其余六门皆可缒以入。街巷间妇女娱游，酒食过从，盛于平时，忘其为围城”。

守城清军及练勇如同平日上下班一样，每日点卯后可以自行下城吃饭睡觉。当然，太平军攻城紧急时，就不能如此随便了。然而，太平军围攻长沙城81天而未能攻破，还损兵折将，后施计渡湘江至河西北进，克岳州后意外获取大量船只、炮械，从此一帆风顺，触动听，入长江，直捣江南，沿途清军竟望风披靡，再也没有阻抗能力了。

咸丰三年（1853年），太平军一举攻克九省通衢的战略重镇武昌，击毙湖北巡抚常大淳等要员，军威大震， 又有数万武昌百姓加入了太平军，使太平军总兵力增至50余万。

太平天国政权在武昌缴获了大量财物和作战物资，经短暂休整后，于咸丰三年（1853年）2月开始自武昌顺江而下，水陆俱进，开始向六朝古都南京进发。史载，太平军兵分水陆，齐头并进，黄旗招展，遮天蔽日，江面上船帆林立，气势骇人。

太平军陆路由悍将林凤祥、李开芳、胡以晃统率，水陆由杨秀清、韦昌辉、石达开、秦日纲、罗大纲、赖汉英统领，洪秀全则乘龙舟居中调度。由于太平军进展神速，清廷误判其会直捣中原，于是调兵遣将，重点在河南组织防御，害怕“长毛”北攻帝都北京，因而在长江中下游还来不及构筑强有力的防御体系。太平军遂得以所向无敌，以摧枯拉朽之势迅速攻取黄州、蕲州，进逼武穴。

武穴是江防重镇。请两江总督陆建瀛遣总兵恩长率4000精兵率先进驻此地，准备伐树塞江，即用巨木在长江航道中设立障碍，以阻截太平军水师船队。谁知太平军陆师进军速度奇快，已抢在清军拦江之前赶到，正在睡梦中的清军被太平军的枪炮声、杀清妖声惊醒，乱作一团。太平军趁黑攻入清营，举刀大砍大杀，清军猝不及防，被杀得尸横遍地。总兵恩长见全军覆没，大势已去，愤而投江自杀。两江总督陆建瀛亲率两千将士溯江西上进援武穴，听说恩长全军尽殁，又远远望见太平军水师舰船如排山倒海般驶过来，唬得魂飞魄散，陆总督毕竟是一介文人，没见过啥大阵仗，急忙换乘小火轮飞速逃回南京。“是年秋，粤匪洪秀全犯湖南，越洞庭而北，势张甚。建瀛犹在丰工，疏上战守事宜，文宗嘉之，谕以审度军情，如须亲往，可速筹方略，不遥制。既而汉阳、武昌相继陷。十二月，复建瀛头品顶戴，授钦差大臣，督师赴九江上游扼守。建瀛由工次还江宁，征调仓猝。三年正月，贼弃武昌，蔽江东下，建瀛欲行，或谓贼锋锐难骤当，建瀛尚轻之，檄寿春镇总兵恩长为翼长，领标兵二千当前锋，自率兵千余进次九江。恩长猝与贼遌，战死江中，师大溃。建瀛途逢溃卒白败状，从兵尽骇。江西巡抚张芾壁九江，亦引军退走，贼遂陷九江。建瀛驾小舟经小孤山不敢留，过安庆，巡抚蒋文庆邀之，不入；径回江宁，收芜湖、太平兵屯东西梁山，闭城为守御计。布政使祁宿藻故不满建瀛，面责之。将军祥厚兵防内城，无任战守者。建瀛大窘，称疾谢客者三日。于是祥厚、宿藻等疏劾建瀛弃险失机，进退无据，并及江苏巡抚杨文定违旨去江宁，上大怒，谕曰：‘陆建瀛一战兵溃，不知收合余烬，与向荣大军协力攻击；并不力守小孤山，扼贼入皖之路；又不亲督兵据守东西梁山，以障金陵。仓皇遁归，一筹莫展，以致会垣惊扰，士民播迁。杨文定藉词出省，张皇自全，罪均难逭。建瀛已革职，交祥厚拿问，解刑部治罪。’寻籍其家，革其子刑部员外郎钟汉职。”

陆建瀛

在九江设防的清军得知武穴沦陷和江督陆建瀛逃之夭夭的消息后，斗志涣散，顷刻间便溃不成军，弃九江要塞而逃：“文武弃城远避，兵勇闻风先散”。

石达开率前锋部队兵不血刃占领九江。咸丰三年（1853年）2月，石达开又率太平军水师进抵彭泽县小孤山。安徽按察使张熙宇远远看见“长毛”船队，只下令放了一炮，随即率900守军落荒而逃。太平军又进逼安徽省城安庆，安徽巡抚蒋文庆苦苦请求欲乘轿奔逃的钦差大臣、两江总督陆建瀛留下与自己共守安庆。陆建瀛垂头丧气、魂不守舍地摆摆手，拒绝留守安庆，率卫队继续遁逃去也。

太平军迅速攻克安庆，擒杀皖抚蒋文庆，又缴获了大量饷银、枪械、粮草、火炮等战利品。太平军接着又连克池州、铜陵、芜湖、和州。清军兵败如山倒，纷纷不战而逃。3月，太平军陆师率先兵临南京城下。不久水陆会师，旋即开始进围南京。