1572年，法国境内出现了圣巴托罗缪惨案，这场惨案引发了基督教与天主教的激烈冲突。凯瑟琳在维持法国民族的安定与皇室的威严上，面对着一个两难的抉择。在此情况下，凯瑟琳被指控参与了造成巴黎及其它一些城市数以千计的基督徒被杀害的圣巴托洛缪大屠杀。尽管凯瑟琳到底有没有参与这次谋杀还存有疑虑，但是人们还是相信，她，一个摄政王后，与这次谋杀有一定关系。圣巴托罗缪惨案引发了人们的普遍非议与指责，并将法国带入了更深层的政治与宗教危机之中。

不过，凯瑟琳并未就此罢休，而是继续使用她的政治手腕，为了维护自身及家人的利益。同时，凯瑟琳也要面对一系列错综复杂的家庭矛盾。她的三个孩子，他们都是法国王室成员，他们都是在各自的时代继承了王位的。凯瑟琳必须处理好皇室关系，维护自己的家庭利益，也维护自己的统治地位。

凯瑟琳的大儿子弗朗索瓦二世在位期间，凯瑟琳为了加强法国皇室的力量，尝试了婚姻方式。但1560年，弗朗索瓦二世的猝死，使得法国王室又一次改朝换代。凯瑟琳的次子查理九世继承了王位，但是他还太年轻，不能独自管理国家。凯瑟琳一直暗中控制着政治，直至1574年查理九世猝死为止。随着查理九世的逝世，凯瑟琳的三子继承了王位，这是一位备受争议的王储，面临着来自内部和外部的诸多问题。亨利三世在位期间，朝野纷争，权利纷争不断，而凯瑟琳则以其聪明才智与谋略，竭力维护自身与家人的权益。

但是，到了亨利三世时期，法国的政局就越发不稳定了。亨利三世与当时的英国王室以及基督教信徒的矛盾激化，引发了一连串的刺杀事件和密谋。凯瑟琳在维护亨利三世统治与法国政权稳固的过程中，通过政治联姻以及外交斡旋等手段，力图解决国内与国外的两难处境。

但是，凯瑟琳在她的政治策略中也不是始终奏效的。一五八八年，亨利三世遇刺，法国政坛一片大乱。凯瑟琳势力日渐衰微，其政局岌岌可危。最后，凯瑟琳于1599年从政坛上退下来，由她的外甥、亨利三世的表兄亨利四世继任法国新一任的国王。