在关都地区有一个叫做真新镇的小镇，一个叫做小智的男孩正在电视上熬夜观看一场宝可梦联盟对战。小智的妈妈花子，告诉她的儿子到时间去睡觉了，但是小智不愿意去睡觉。因为小智很期待他明天可以从大木博士中领取他的第一只宝可梦。
不幸的是，在晚上的梦境中，小智把他的闹钟当成了精灵球扔了出去。由于闹钟损坏的缘故，他第二天早上没能及时起床，到达大木博士的研究所时已经迟到了。常见的关都最初的伙伴——妙蛙种子、小火龙和杰尼龟都已经被准时到达的训练家拿走了，其中一个就是他的劲敌小茂，他拿走的正是杰尼龟。大木博士犹豫地给了一只不听话的皮卡丘的精灵球给小智，并且送给了他一个包含所有关都地区已知宝可梦的图鉴和几个精灵球给小智。
当小智很兴奋拥有自己第一只宝可梦的时候，皮卡丘却对小智很不满意。他们两个刚开始的友谊非常不稳定。皮卡丘对小智极其不信任而且非常顽固，导致小智需要用他妈妈准备的橡皮手套和晾衣绳去绑住它。更糟糕的事情是，皮卡丘讨厌在精灵球里面待着，所以小智必须拽着绳子，让皮卡丘全程跟随他。
在小智试图捕捉一只小鸟宝可梦波波的时候，他不小心激怒烈雀群。在他们从烈雀群的攻击中逃跑时，他们跳进了一个池塘。然后被当成大鱼被在池塘边钓鱼的小霞钓起。小智借了小霞的自行车去逃脱烈雀群的攻击，但是他们在狂风暴雨中摔倒了。最后，小智并没有其他的选择，他站在受伤的皮卡丘面前去对抗烈雀群。这无私的行动说服了皮卡丘去帮助小智，皮卡丘跳到了小智的肩膀上，使用电击配合雷电将烈雀群全部击败。然而，皮卡丘在攻击烈雀群的同时也破坏了小霞的自行车。
然后小智和他几乎昏迷的皮卡丘准备前往常青市的宝可梦中心，小智看到了一只金色宝可梦在天空中盘旋。小智拿起宝可梦图鉴想知道它是什么东西，却被图鉴告知是一只未知的宝可梦。小智和皮卡丘踏上了前往常青市的路途。
以下为第1集出现的宝可梦第1、2、3只宝可梦：尼多力诺，图鉴编号033、耿鬼，图鉴编号094、大岩蛇，图鉴编号095。
第4、5、6只宝可梦：妙蛙种子，图鉴编号001、小火龙，图鉴编号004、杰尼龟，图鉴编号007。
第7只宝可梦：嘟嘟利，图鉴编号085。
第8只宝可梦：皮卡丘，图鉴编号025。
第9只宝可梦：波波，图鉴编号016。
第10只宝可梦：小拉达，图鉴编号019。
第11只宝可梦：烈雀，图鉴编号021。
第12、13只宝可梦：穿山鼠，图鉴编号027、猴怪，图鉴编号056。
第14、15只宝可梦：鲤鱼王，图鉴编号129、暴鲤龙，图鉴编号130。
第16只宝可梦：凤王，图鉴编号250。
