1955年，六大军区改为了十二大军区，其中新疆军区升格为了大军区。军区司令员兼政委是王恩茂，他也是少有的开国中将担任大军区司令员的将领，可见中央对其的信任。
王恩茂是王震的老部下了，担任过湘赣省委书记任弼时同志的秘书，参与了创建川滇黔革命根据地的斗争。他是政工干部出身，长期做的也是部队的政治工作。
抗战期间，他在王震的359旅，从华北抗日前线西渡黄河，到达陕甘宁边区，执行保卫大西北等任务。抗战末期，他跟着王震参加了南下支队，后部队辗转去了中原军区，他也担任了359旅的政委。
中原突围后，他回到了大西北，并参加了解放大西北的作战，还跟着王震解放了新疆。此后，他便留在了新疆。尤其是在王震离开新疆后，他便接替王震的职务，任新疆分局第一书记。1955年新疆自治区成立，王恩茂还担任第一书记。不仅如此，王恩茂曾先后两次主政新疆，把他一生最重要的时光都留在了新疆。
新疆军区有四位副司令员，这四位说实在的还都有一些特别之处。
陶峙岳，他是副司令员中唯一的开国上将。很多人对他也很熟悉，直到他是起义将领。在新疆和平解放的过程中，他起到了非常大的作用。
陶峙岳在国民党时期，级别也不低，参加过南昌起义，是保定陆军军官学校毕业的，科班出身。
抗战开始后，陶峙岳出任第76军军长兼第8师师长，并积极投身抗日战争。在抗日战场上，他也是一位虎胆英雄。
抗战胜利后，他担任了新疆省政府主席，期间，为稳定新疆局势、缓和民族矛盾作出贡献。
1949年，陶峙岳率领驻新疆的10万国民党军官兵通电起义，接受中国共产党领导。起义部队改编后，他担任了22兵团的司令员。到了1954年，经中央军委批准，集体转业的22兵团与新疆军区生产管理部合并，成立了新疆军区生产建设兵团，陶峙岳担任生产建设兵团司令员，同时兼任新疆军区副司令员，领导部队在极其艰苦的条件下，屯垦戈壁，挥汗荒原，创造出在戈壁滩上种植棉花、兴修水利、植树造林、建造城市等许多奇迹，使新疆逐渐走出落后贫困的古道，成为国内外闻名的农业示范区。
1955年，他被授予上将军衔，也是国民党起义将领中三位开国上将之一。
赛福鼎·艾则孜，他也是唯一的一位少数民族副司令员。赛福鼎·艾则孜出生在新疆阿图什一个维吾尔族爱国实业者家庭。
年轻时的赛福鼎在新疆接受进步思想的影响，逐渐成为一名坚定的革命者。他积极参与进步活动。他为追求真理，曾赴苏联留学，接受了马克思列宁主义理论的熏陶。
抗战期间，他积极宣传抗日爱国思想，被推荐为塔城维吾尔文化促进会秘书长、副会长。此后，参加了在新疆伊犁、塔城、阿勒泰地区爆发的“三区革命”，坚决反对国民党的反动统治。
毛泽东同志高度评价“三区革命是全中国人民民主革命的一部分”，“在新疆牵制了近十万国民党军队”，“对于全新疆的解放和全中国的解放，是一个重要的贡献”。
解放战争期间，三区代表与中国共产党代表取得了联系，正式提出接受中国共产党领导的请求。
1949年，新疆和平解放后，赛福鼎作为新疆特邀代表团团长，还参加了举世瞩目的开国大典。他不仅入了党，还被任命为新疆省人民政府副主席兼民族事务委员会主任、新疆军区副司令员。
他长期在新疆担任领导工作，不仅为新疆的稳定做出了巨大贡献，也为新疆完成社会主义改造，迅速转入大规模的社会主义经济建设，做了大量艰苦细致的工作。1955年，赛福鼎被授予中将军衔。
郭鹏，这位是王恩茂革命年代的老搭档了，他是湖南省醴陵县人，参加过湘赣边界秋收起义，后去做兵运工作。
回到红军后，参加了湘鄂赣、湘赣、湘鄂川黔苏区反“围剿”和长征，他也担任过红二方面军32军参谋长等职。
抗战期间，任八路军第120师359旅参谋长、副旅长。1944年11月后任八路军南下支队干部大队大队长、支队副司令员，部队恢复番号后，他也担任了359旅的旅长。
后来，在西北野战军担任第2纵队副司令员、部队改编后，又任第一野战军2军军长，后率部参加保卫延安和解放西北诸战役及进军新疆。
他也和王恩茂渊源还是颇深的，在2军的时候他任军长，王恩茂任政委，两人是亲密无间的搭档。
1954年9月，郭鹏被调到南京学习深造，毕业后，组织打算安排他在内地工作，但他坚决要求重返新疆：“我愿永远战斗在边陲，老死新疆也无怨言。”
于是，他被任命为新疆军区的副司令员，他和王恩茂的身份和地位也发生了变化。
张希钦，他也是其中唯一的一位开国少将。他早年间在北洋军阀淞沪护军使署通信队当勤务兵，后来考入了南京军官学校，毕业后加入了察绥抗日同盟军，期间加入了中国共产党。
抗日同盟军失败后，张希钦去了西安，曾任杨虎城将军警卫营的连长，后来因为身份暴露而离开。
抗战期间，他曾被派往阎锡山部做统战工作，又一直跟着著名爱国将领续范亭。此后，所部编进了晋绥军区野战军，他也成为了贺老总的兵。张希钦后任晋绥军区第八军分区副司令员、吕梁军区参谋长。
解放战争期间，张希钦担任西北野战军第二纵队参谋长，一野2军参谋长，兵团参谋长等职，并跟随部队去了新疆。
新中国成立后，张希钦任新疆军区参谋长，1955年任新疆军区副司令员兼参谋长。
