解放军总医院编设临床科室46个，主要临床科室约22个，它们是：

一、泌尿外科医学部

全国排名第1名，华北排名第1名，北京排名第1名。

主要指的是：泌尿外科医学部（原武警总医院）和第一医学中心泌尿外科（原301医院）。

二、烧伤整形医学部

全国排名第2名，华北排名第1名，北京排名第1名。

主要指的是：烧伤整形医学部（第四医学中心即原304医院）。

三、肾脏病医学部

全国排名第3名，华北排名第2名，北京排名第2名。

主要指的是：肾脏病医学部（第一医学中心即原301医院。

四、内分泌科

全国排名第3名，华北排名第2名，北京排名第2名。

主要指的是的是：第一医学中心内分泌科，以及第四医学中心内分泌科。

五、骨科医学部

全国排名第3名，华北排名第2名，北京排名第2名。

主要指的是：骨科医学部（第四医学中心即原304医院）和第一医学中心骨科。

六、耳鼻咽喉头颈外科医学部

全国排名第3名，华北排名第2名，北京排名第2名。

主要指的是：耳鼻喉头颈外科医学部（第六医学中心即原海军总医院）和第一医学中心耳鼻咽喉头颈外科。

七、普通外科医学部

全国排名4名，华北排名第2名，北京排名第2名。

主要指的是：普通外科医学部（第一医学中心普通外科即301医院）。

八、消化内科医学部

全国排名第4名，华北排名2名，北京排名第2名。

主要指的是：消化内科医学部（第一医学中心即原301医院）。

九、肝胆胰外科医学部

全国排名第4名，华北排名第2名，北京排名第2名。

主要指的是：肝胆胰外科医学部（第一医学中心即原301医院）。

十、血管外科

全国排名第4名，华北排名第2名，北京排名第2名。

主要指的是：第一医学中心血管外科。

十一、风湿免疫科

全国排名第7名，华北排名第3名，北京排名第3名。

主要指的是：第一医学中心风湿免疫科。

十二、呼吸与危重症医学部

全国排名第7名，华北排名第3名，北京排名第3名。

主要指的是：呼吸与危重症医学部（第八医学中心即原309医院）和第一医学中心呼吸与重症医学科（原301医院）。

十三、神经外科医学部

全国排名第7名，华北排名第4名，北京排名第4名。

主要指的是：神经外科医学部（第一医学中心即原301医院），以及第七医学中心神经外科和第四医学中心神经外科。

十四、感染病医学部

全国排名第7名，华北排名第2名，北京排名第2名。

主要指的是：感染病医学部（第五医学中心即原302医院）。

十五、结核病医学部

全国排名第10名，华北排名第2名，北京排名第2名。

主要指的是：结核病医学部（第八医学中心即原309医院）。

十六、神经内科医学部

全国排名第10名，华北排名第4名，北京排名第4名。

主要指的是：神经内科医学部（第一医学中心即原301医院），以及第七医学中心和第六医学中心。

十七、血管病医学部

华北排名第4名，北京排名第4名。

主要指的是：血管病医学部（第六医学中心即原海军总医院）和第一医学中心心内科。

十八、血液病医学部

华北排名第4名，北京排名第4名。

主要指的是：血液病医学部（第五医学中心南院）和第一医学中心血液科（原301医院）。

十九、胸外科

华北排名第5名，北京排名第5名。

主要指的是：第一医学中心胸外科。

二十、肝病医学部

系国家重点科室。

主要指的是：肝病医学部（第五医学中心即原302医院）。

二十一、眼科医学部

系国家重点科室。

主要指的是：眼科医学部（第三医学中心即原武警总医院）和第一医学中心眼科。

二十二、口腔科

系国家重点科室。

主要指的是：第一医学中心口腔科（原301医院）。