汉武帝将江充全族诛杀的深层含义可以从几个方面来解读：

1. 政治权力斗争：巫蛊之祸是一场政治事件，涉及到汉武帝的权力斗争。江充作为武帝的宠臣，利用巫蛊案陷害太子刘据，试图扩大自己的权力。然而，太子刘据起兵反抗并诛杀江充，最终导致了武帝的镇压和太子的死亡。这反映了当时政治权力斗争的残酷和无情。

2. 社会动荡和恐慌：巫蛊之祸导致了大量的冤案和冤死，数万人因此而丧生。江充使用酷刑和栽赃迫使人认罪，导致百姓惊恐之下胡乱指认他人犯罪。这种社会动荡和恐慌的氛围反映了当时社会的不稳定和人们对权力滥用的恐惧。

3. 武帝的反思和悔过：巫蛊之祸最终导致了武帝的清醒和反思。在壶关三老和田千秋等人上书讼太子冤之后，武帝夷江充三族，烧死苏文，并修建了“思子宫”以表达对太子的哀思和悔过之情。这显示了武帝对自己的错误和对冤案的认识，以及对太子的追思和怀念。

总的来说，汉武帝将江充全族诛杀的深层含义反映了当时政治权力斗争的残酷和无情，社会动荡和恐慌的氛围，以及武帝的反思和悔过。这一事件对于后世的影响也很深远，成为了历史上的一段重要教训。