1645年（清顺治二年）4月中，张献忠率军进抵重庆，旋即展开围攻。6月18日，张献忠出奇兵袭占重庆城外围要隘佛图关，此关乃江城重要屏障。当时城中守军力量并不弱，还有从各地来援的军队也陆续进入城内，诸将都请求据城固守，并主动开城出战。四川巡抚陈士奇不许， 他认为这些将领要求出城与“贼军”作战，是想趁机逃跑，必须把他们禁锢在城中死守，谁都不许出城。

张献忠久攻不下，还折损了不少人马，于是采取穴地爆破攻城法，他派兵将城外的墓地一一发掘，拣选出许多未朽烂的棺材板，然后挑选出数百精兵顶着棺材板突至城墙下， 用棺盖遮蔽城上倾泻而下的箭矢、砖石， 同时轮番在城根下挖掘地道，再利用夜色掩护运入大量火药，再点燃引信......随着一声惊天巨响，坚固的城墙被炸塌一大截。这是当时最有效的攻城方式，直到两百年后太平天国运动时期，太平军和湘军都用此法破城，事半功倍，屡试不爽，基本方法和步骤都还是一样的。

6月23日，张献忠用穴地攻城法轰塌一段城墙，大军沿缺口蜂拥而入，地势险要的山城重庆陷落。破城后，献军逐街逐巷搜杀守军和大小官员，不少居民亦遭戕害，大街小巷满是尸骸，污血横流，惨不忍睹。不少明朝官员纷纷换上百姓服饰，欲蒙混过关，寻机逃出生天。张献忠悬重赏引诱百姓指认官员，结果大小官员几乎无一漏网。城中3万余明军守兵无力突围，全部缴械投降做了俘虏。

《明史纪事本末》记载说，张献忠命军士将被俘的明朝大小官员都押到校场上，由他亲自逐一审讯 。他先把重庆知府王行俭唤出来，命他把府库的钱粮账册交出来，再让他随几位张军师爷去库中点验、交接。

随后，张献忠把前任四川巡抚陈士奇请出来，陈本已去职，因接替他的新川抚龙文光迟迟不至，所以未及离开。老张开门见山第一句话：“朝廷都是被你们这帮赃官败坏的” ！他这句话不仅是针对陈士奇一人，其实放到哪个被俘官员头上都合适。他接着说：

“巫山十三隘若有守兵，我迟进数日，你们也好做个准备。搞到如今这个地步， 不剐你天理难容 ”！《蜀警录》

将巫山十三座要隘的守军悉数撤走，确实是陈士奇下的命令，不过大明王朝连帝都北京都能丢掉，丢掉长江边这小小十三座关隘又算得了什么呢？即使派兵死守又能顶啥用？再说张献忠大军不是也因为长江涨水而在巫峡、夔门、万县一带滞留了长达3个月之久吗？

不过,这句诘问预示着陈士奇将人头不保 。（铁马冰河wu）随后前川抚陈士奇和交割完钱粮的重庆知府王行俭一块被当众凌迟处死。

“我辈应死，毋枉杀百姓”！

王锡六的意思是费那么多话作甚？你要杀就杀我们这些官儿吧，不要枉杀无辜百姓，放他们一条生路吧.......

张献忠呵呵一笑：“你小子倒是不怂，俺老张喜欢，那就成全你把”！随即让刽子手将王锡六斩首，也算给了个痛快。

数十个大小官员或被寸磔或被斩首，校场上惨呼不绝，血流漂杵。 将被俘官员斩尽杀绝后，张献忠令人将活捉的瑞王朱常浩牵出来，满脸狞笑地和瑟瑟发抖的瑞王交谈。瑞王本封在汉中，因李自成部将马科率军杀至汉中、川北一线时，他从封地逃到重庆，献军破城时，他的爱妃刘氏毅然投井自尽，他也想追随刘氏而去，却无勇气跳井，遂被献军生擒。

张献忠满脸堆笑，态度还蛮客气的，离座和瑞王唠起嗑来：“王爷你难道不知道我军比李自成军强得多吗” ？瑞王一脸懵圈的表情望着老张，不知老张此话何意。明末最强流寇非李自成莫属，这本是尽人皆知的事，你八大王这么说脸皮也忒厚了，当然，瑞王只敢想不敢说。

张献忠又说：“你既然知道害怕李自成，从汉中逃过来，就更应该害怕咱老子我，早点逃离此处嘛 ”！瑞王点点头，这话在理，只恨自己没早点逃离重庆。老张话锋一转：“你既然没及时逃走，老子只好杀了，也是你命中注定啊！莫怪咱老子心狠”。随后大手一挥，让刽子手把吓得魂不附体的瑞王朱常浩也拉出去千刀万剐，不过待遇比陈士奇、王行俭等人高一点，不是活剐，而是先杀后剐，还准备了一口上等棺木，让人把其残骸好生敛葬起来。

被俘的明军守兵人数太多，老张不能一一审理了，就下令将这些被俘官兵的右手砍下， 再集体释放。在此起彼伏的哀嚎声中，半日后校场一侧堆满了残肢断臂，污血在盛夏的暴雨中四处流淌。

四川各地在听说重庆发生的惨剧后，无不闻风丧胆，一些胆小的官吏都望风迎降，但有的还是被献军杀戮。7月4日，张献忠从泸州兵分三路向成都进军，为表破釜沉舟之意，他下令把大小船只全部焚毁，马步将士皆走陆路向成都进发。

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