在结算审计中遇到工程量清单缺陷时，处理方式需结合合同类型、清单编制责任及缺陷性质综合判断，具体可参考以下原则：

一、清单缺陷的认定与责任归属

1.发包人责任原则根据《建设工程工程量清单计价规范》及《施工合同示范文本》，工程量清单的准确性和完整性由发包人负责。若因清单缺项、漏项导致结算争议，发包人应修正清单并调整合同价格。即使合同中约定“投标人未核对清单视为接受”，该条款因免除发包人法定义务而无效。

2.合理范围与过错分担若清单漏项比例超出合理范围（如案例中漏项达56.55%），法院可能认定双方均有过错，按过错比例分担责任。例如，发包人未审慎编制清单，承包人未尽审核义务，双方需共同承担超出合理范围的造价差额。

二、不同合同类型的处理方式

1.单价合同据实结算：按实际施工工程量调整清单项目，依据《清单计价规范》第8.2.2条，承包人按图施工的工程量应全额结算。补充清单：若清单漏项属于图纸范围，结算时需补充新增项目并计价。

2.总价合同施工图总价合同：若合同明确以施工图为总价范围，清单漏项通常不调整合同价（因承包人报价时已包含图纸全部内容）。工程量清单总价合同：若总价基于清单，漏项需按合同约定调整，通常按实际施工量补充清单并计价。

三、操作流程与证据留存

1.缺陷识别与记录核对竣工图、施工记录及变更签证，明确缺陷内容及影响范围。保存图纸、合同、招标文件等原始资料作为依据。

2.沟通与变更程序发包人确认缺陷后，按合同约定提交变更申请，明确修正内容、费用及工期调整。若涉及重大变更，需签订补充协议并履行审批程序。

3.审计应对策略重点核查工程量计算规则、定额套用及材料价格，避免虚报多算。对争议项采用实地勘查、拍照取证等方式还原施工实际情况。

四、风险防范建议

1.编制阶段：发包人应委托专业团队编制清单，实行三级审核制度；承包人需仔细核对图纸与清单一致性。

2.合同条款：明确清单错误的责任归属，合理分配风险，避免绝对化表述（如“投标人自行承担清单错误”）。

3.动态管理：施工中定期核对工程量，及时处理变更签证，减少后期争议。综上，处理清单缺陷需兼顾法律依据、合同约定及工程实际情况，通过规范流程和充分举证维护各方权益。