胡惟庸一案是明洪武十三年( 1380年)动摇新王朝基础的第一次重大体制危机。朱元璋指控胡惟庸密谋反对国家并非法与外邦勾结。当然，轻微疏忽和怀疑所编织的罪行也可能是毫无根据的。这的确激起了刚刚上位皇帝的怀疑。犯罪背后是相国的权利在现实系统中的地位。

作为众多官员的负责人，首相将短缺分配给他的亲信。事实上，他可以组织一个完整的政府系统，而不需要皇帝亲自挑选。既然这是胡惟庸的职责，他唯一的傲慢就是会见特使。朱元璋不能容忍有被总首相统治的可能性，所以他铲除了胡惟庸和所有与他相关的人。根据朱元璋自己的估计，有1.5万人被定罪。从那时起，清除反国政策的残余已经持续了14年，其间有近40，000名大大小小的官员被杀。19世纪80年代的大规模清洗是当时人类历史上最恐怖和血腥的屠杀，对知识分子造成的心理伤害比蒙古和元朝的各种事件要大得多。

首相的下台削弱了该体系本身的力量。因此，国家的运作取决于君主的智慧和能力。首相已经被废除，永远不会恢复，也不会有协调机构来协调六部尚书处理日常事务。“自洪武十三年( 1380年)以来，明朝政府结构中没有一名官员能够垄断军事和政治事务、普通政治或监督方面的权力。皇帝掌管人权。”无论朱元璋有多强大，他都无法控制将中央权力整合到皇帝手中。不久，他不得不重新协调组织，尽管他采取了一种相当特殊的方法。在洪武统治的第15年( 1382年)，也就是胡案后的第二年，他迈出了重要的一步，即从皇家学院(起草圣旨的机构)中挑选一些级别较低的官员，任命他们为辅助行政部门的“大学员”，但他们只是以个人身份而不是以集体的名义向皇帝提供建议。

这些人，现在被称为“内阁大学员”，已经逐渐形成了某种类似西方内阁的组织。内阁并没有明确写入政府的组织结构，以取代前政治处省的职能，但到了15世纪20年代，它已经成为明朝最高行政机构。因此，尽管内阁记录是皇帝的亲信大臣和助手，但他负责国家的行政事务，可以说是真正的管理者，在权力和自主权方面仅次于胡惟庸。