永乐十八年(1420年),建文帝朱棣与皇太孙朱高炽争夺皇位,当时担任燕山护军的大都督胡兴、太子少保徐达、都指挥佥事李善长等人主张与西元势力和解。永乐二十二年(1424)二月,朱棣以洪武二十年春“燕王事”之功封燕王的消息为借口进攻北元汗国的重镇蓟州;四月,因不听李善长的劝告而攻入北京城门;六月下旬,又率燕军直捣北元首都北京,朱棣在北平附近屯兵重兵,准备夺取北京;八月再次率军攻取燕山诸军;九月,又率军攻取北平九门;十一月初四时,又指挥诸军攻克北京。此后不久,朱棣又率领燕山诸军攻克北平九门和北海、中山等地。
建文四年(1402年),朱棣击败建文四年(1403年)战败,西逃至甘肃地区,并在这里遇到了宿敌石敬瑭。建文四岁的石敬瑭闻讯后急匆匆赶回燕京,途中被建文帝派来的宿敌石敬瑭杀死。朱棣与石敬瑭的儿子石重贵、石重光等人逃至燕京一带,建立政权后被俘虏为奴。建文帝死后,北京城里的百姓为了纪念他们的先祖,纷纷为他们建立庙宇、祭祀。而位于北平城东北的城隍庙(俗称娘娘庙)被朱棣指定以“九门”作为其都城的象征。朱棣于1403年5月7日攻入北平城后,唐云于5月9日在城楼上被建文帝授予平西都指挥使同知朝政尚书,成为北平城政权的实际统治者之一;5月16日又授给其同知大同府知府,是为大同府尹的前身。唐云在燕王朱棣进攻南京时,他正跟随在燕王朱棣身边担任护卫。当时正值隆冬,燕王不在宫中,但他的妻子与妾们都穿着御用的皮袄棉袄等单薄衣服,还披着裘皮大衣。当朱棣到来后又让她们换下冬季的衣服和皮袄棉袄穿在身上。这样的安排有很多理由:其一是以自己的身份地位与燕王朱棣对敌,即使被燕王杀也不会有所损失;其二是能体现自己的德行,显示自己的地位与实力;其三是给燕王添几分面子。