黄巢在长安城里即皇帝位后，为了笼络人心，恢复正常秩序，严令自己的军队立刻封刀，不得当街胡乱杀人，并勒令各军都把兵器如数上缴，登记造册，封存入库。不过日事屠戮、烧杀抢掠、胡作非为惯了的巢军骄兵悍将们脑子里根本没有“大齐皇帝” 这个概念，对黄巢颁布的旨令置之不理，“止杀令”起到的效果非常有限，几乎沦为一纸空文。

黄巢还下诏召集在京城的原唐朝官员，三品以上的暂时停职检查，四品以下的均官复原职，继续为新朝效力，但这些人反应冷淡，抑或被巢军的残暴吓破了胆，应者寥寥无几。 见自己的话不好使，好心被当做驴肝肺，大齐皇帝很是恼怒：自己的兵不听话俺奈何不得，你们这些前朝的赃官也敢使性子拒绝征召，难道俺怕你们、对付不了你们不成 ？旋即下令全城大搜捕，将那些不愿配合的前朝瘟官全部抓起来。 结果发现好些个原唐朝的高官都躲在迎降大功臣、前金吾大将军张直方府里，其中居然包括前朝的两个宰相崔沆和豆卢瑑。

崔沆是唐晚期赫赫有名的人物，称得上名标青史。但他之所以青史留名，并不是因为其人雄才大略，立下过什么丰功伟绩，而是因为他在担任主考官时举亲不避嫌，违众破格录取了同宗子弟崔瀣，于是坊间议论他任人唯亲，应试举子们更是传言道：“座主门生，沆瀣一气” 。“沆瀣一气”逐渐变成一句耳熟能详、老少皆知的成语，连带着崔沆也跟着出了名。

张直方是唐朝的金吾大将军，因率文武公卿到灞上迎降黄巢有功，颇受黄巢信任，不过张直方并非真心“降贼”，他收留了唐重臣崔沆、豆卢瑑、于琮等数百人藏匿家中，以躲避巢军抓捕，还暗中与唐凤翔节度使郑畋互通消息，准备伺机劫走黄巢归唐，不料遭人告发，事泄后被大齐兵包围府邸，诛灭其三族，一同遇害的还有两位唐宰相崔沆、豆卢瑑以及数百公卿大臣。《 新唐书》记载了此事：

“黄巢犯京师，直方迎灞上，既而纳亡命，谋劫巢报天子，公卿多依之。贼觉，屠其族。”

黄巢向原唐朝王公大臣举起屠刀那一天，长安城已经沦为人间地狱，真可谓“内库烧为锦绣灰，天街踏尽公卿骨”！（韦庄·《秦妇吟》）

长安城是当时世界性的大都市，也是唐王朝政治、经济、军事、文化中心，城中殿堂巍峨，官署林立，官员多如牛毛，来自各国的商人也不少见，很多外国商人长期居留长安进行贸易活动，李唐宗亲贵戚也大多居住在城内或周边的庄园里，过着使奴唤婢、骄奢淫逸的生活。黄巢和历代农民造反领袖一样，对皇帝以及皇室成员恨入骨髓，一旦抓获，很少有人能幸免...... 因为张直方阴谋劫杀大齐皇帝一案事发 ，很多李唐皇族成员被株连，大多数李氏宗亲被不分青红皂白地处死。

唐懿宗的亲妹广德公主，没来得及随侄儿唐僖宗出逃西川，只得滞留长安。她是一位心地善良的女子，嫁给宰相于琮为妻，两人婚后感情甚好，恩恩爱爱。广德公主为人贤良淑德，不像其他公主那样娇生惯养，刁蛮任性 ，她奉公守法，孝敬公婆，善待下人，大家都很喜欢她。因为广德公主的好人缘，于琮才得以在险恶的权力斗争中屡屡逢凶化吉，遇难呈祥。

可驸马爷于琮和广德公主这次遇见了杀人如麻的魔王黄巢，算是在劫难逃了。黄巢进京后，于琮不愿“从贼”，就躲进了张直方府里想寻机出逃。后来，于琮不愿意出卖丈人家，又拒绝出首 ，被围杀张直方府邸的巢军给搜出来了，当然难逃被诛杀的厄运。史载，临刑时，广德公主痛哭流涕，手抓刽子手的锋利刀刃说：“我是李氏的女儿，于琮的妻子，你实在要杀，就把我和于仆射一块儿杀了吧” ！于是夫妻双双遇害。

史料记载，还有许多前朝官员不愿受辱，率领全家一起自杀。黄巢军满城搜捕，未能逃走的李唐宗室成员几乎被杀戮殆尽，不愿投降大齐任"伪官"的原唐朝文武官员及其家眷更是被搜杀一空......

综合史料所记,黄巢占据长安两年间 ，确实是个杀人如麻的刽子手。有人题诗讥讽他，因为查不出谁是真正作者，他索性下令把长安城中3000多无辜的儒生统统抓起来都砍了头。唐军发起反攻突入城中时，受到长安百姓的夹道欢迎。重新杀入长安的黄巢，对于百姓箪食壶浆欢迎唐军一事恨之入骨，下令屠城。将城中15岁以上的男丁杀戮殆尽，遇害者多达数万人，城中尸骸狼藉，血水横流，景况惨不忍睹。这事并非虚构，早被史家记入正史：

“巢怒民迎王师，纵击杀八万人，血流于路可涉也，谓之洗城” ...... 《旧唐书·黄巢传》

黄巢血洗长安城， 使这座当时世界人口最多、最繁华富庶的第一大城市长安，人口几乎灭绝 ，成为一座空城、死城。883年4月，面对唐军围攻，黄巢逃出长安之时，下令纵火焚城。这座周、秦、西汉以来一直作为首都的十三（还有十四、二十朝一说） 朝古都 ，有一千五百多年的建都史，当时世界最大的百万人口都市 ，几乎彻底灰飞烟灭 ，化作一片废墟 。 从此，这座历史悠久、人文厚重的古城很长时间恢复不过来，随后也彻底与华夏首都绝缘。