三公九卿制最早见于周朝时期的文献，但真正形成制度则是在秦朝。秦始皇统一六国后，为了加强中央集权，设立了以三公九卿为核心的官僚制度。三公指丞相、太尉和御史大夫，负责政治、军事和监察事务；九卿则包括太常、光禄勋、卫尉、太仆、廷尉、大鸿胪、宗正、大司农和少府，分别负责不同的政府职能。

周朝时期

三公：周朝设有三公，有多种说法，今文经学家依据《尚书大传》《礼记》等典籍，认为周代的三公应为司马、司徒、司空；古文经学家则依据《周礼》，认为是太傅、太师、太保。这些三公皆是天子的辅弼之臣，负责教导、辅佐天子，确保国家的长治久安。

九卿：周朝设有九卿，分别为天官冢宰、地官司徒、春官宗伯、夏官司马、秋官司寇、冬官司空、少师、少傅、少保，但此时的九卿具体职责与秦汉时期有所不同。

战国时期

三公九卿的称呼在《吕氏春秋・孟春纪》中已有记载，如 “立春之日，天子亲率三公九卿诸侯大夫，以迎春于东郊”，表明当时已存在类似三公九卿的官职体系，但这一时期的官制还处于发展和变化之中。

秦朝时期

秦始皇统一六国后，废除了周代的三公制度，建立了以皇帝为尊，以三公九卿为中央官制的中央集权制。

三公：丞相作为百官之长，总揽全国行政事务，是皇帝的得力助手；太尉负责总揽全国军政，但皇帝为执掌兵权，只是在制度上设有太尉官职，并未有官员任命这一职务；御史大夫为副丞相，除了掌管图籍秘书外，还负责监察百官，确保政令畅通。

九卿：设立了奉常、郎中令、卫尉、太仆、廷尉、典客、宗正、治粟内史、少府等官职，负责掌管国家的各项事务。奉常主持宗庙礼仪；郎中令执掌宫殿侍卫；卫尉掌管宫门警卫；太仆职掌舆马；廷尉掌管司法审判；典客负责外交和民族事务；宗正管理皇族内部事务；治粟内史掌管租税钱谷和财政收支；少府掌管专供皇室需用的山海池泽之税及官府手工业。

汉朝时期

西汉：初期沿承秦制，在中央设有丞相、御史大夫、太尉。汉武帝时期，逐渐收权并重用近臣，组成中朝来分割相权，丞相、太尉的权利被削弱，御史大夫则成为全国最高的监察官。汉成帝时改御史大夫为大司空，汉哀帝时丞相更为大司徒，与大司马终成为三足鼎立的三公制。九卿的称谓逐渐形成，并在王莽时期确定为九个机构及其长官的名称。

东汉：光武帝刘秀沿袭王莽新朝时的三公制度，设立大司徒、大司马、大司空。建武二十七年，光武帝改制，将大司徒改称司徒，大司马改为太尉，大司空改为司空。但尚书台已成为重要的中枢决策机构，因此三公职权常被尚书侵夺。

魏晋南北朝时期

三公九卿制式微，在中央政府机构逐步形成了三省六部的雏形。魏朝初年，设有司徒、司空、太尉，但多授于年龄偏大的长者，没有实权。晋朝时，将太宰、太傅、太保、太尉、司徒、司空、大司马、大将军设为八公，都是位尊但无职权的官职，除非是加上 “录尚书事” 的头衔，否则不能干预朝政。

隋朝以后

三公九卿被三省六部制替代，三公逐渐成为虚衔或加官、赠官，不再有实际职权。

三公九卿制在秦汉时期对中央集权和国家治理起到了重要作用。它不仅提高了行政效率，还通过职权清晰的官职设置，确保了皇帝对各级官员的有效控制。这种制度对后世的官僚体制产生了深远影响，直到隋唐时期的三省六部制才逐渐取代了其地位。