明英宗登基之初，年幼无法理政，为防皇权旁落，太皇太后张氏推出了“票拟批红制度”，本为幕僚的内阁进入朝政处理流程。朝堂制度的变化必然波及权力的分配，明朝也就此展开了近两百年的“阁部之争”。
斗争基本都是围绕内阁“票拟”的范围展开，其中焦点是“人事权” – 由吏部掌控的“京察、铨选”以及六部三司共有的“廷推”。
“京察”是以“四格八法”考评在职官员，并给出留任、升迁、降级或罢免的处理。“铨选和廷推”，均为任用官员。一般五品以下官职由吏部直接选定，即“铨选”。五品以上由六部三司公议出名单，递交皇帝决定，即“廷推”。
“阁部”双方的第一次公开冲突，发生于弘治六年。
当年京察，由于皇朝上下贪腐过甚，吏部决定罢免两千多名官员。内阁大学士丘濬以吏部处罚过苛、不利于朝堂稳定为由，建议孝宗将情节不严重的部分官员改为留任察看。
对于吏部尚书王恕来说，这不是在讨论处罚是否公正，而是内阁想侵犯吏部的“京察权”。因此王恕对丘濬展开了激烈攻讦，并以辞职为挟。但是孝宗站在了内阁这一边，不仅同意了丘濬的建议，还借刘文泰弹劾王恕失职，直接把王恕给罢斥了。
内阁能赢的原因很简单，它本就是为预防外朝架空皇权而生的。所以皇帝们也乐得内阁侵蚀六部权力，特别是“人事权”，因为这本质上也是在帮助皇帝集权。
此后不仅内阁通过“票拟”干涉京察成为常态，内阁地位也快速攀升，可与六部三司分庭抗礼。正德十六年三月，内阁大学士杨廷和不知会六部官员，就独自和皇太后张氏议定了嗣皇帝人选，就是这种地位变化的明证了。
王琼率九卿突入左掖门厉声曰：“九卿之在廷，我为长，今日谁当立者,而不使闻？”廷和左右目，遂皆不对，乃薨然散去......
《嘉靖以来首辅传》（明）王世贞
至嘉靖朝不仅形成了“内阁首辅”的概念，皇帝也开始通过阁臣来管控朝堂，六部九卿逐渐不能与皇帝直接交流。隆庆朝，内阁首辅高拱兼任吏部尚书一职，进一步抬升了内阁的地位。而到了万历朝，张居正更是通过《考成法》让内阁获取了“督核六部三司”的权力。
虽然六部三司沦为内阁的执行甚至是下属机构，但是斗争远没有结束。
所理者，皇上之事也；所代者，皇上之言也。
日月并明，万国仰大明天子; 丘山为岳，四方颂太岳相公。
因为张居正权势的过度膨胀，神宗对他的态度逐渐由“亲近、依赖”变为“忌惮、憎恨”。为收回权柄，张居正病故后神宗就针对张居正及其党羽展开了反攻倒算。这也让六部看到了翻身的机会，“阁部”的第二轮公开争斗也由此展开。
万历十二年，御史张文熙重拿张居正说事儿，以“前阁臣专恣者四事”，要求皇帝取消或者限制内阁。很快六部官员纷纷响应，并群起而攻。内阁首辅申时行以退为进，承认了张居正时期内阁的部分问题，然后以“夫阁臣不职当罢黜，若并其执掌尽削之，是因噎废食也”为由就轻松化解了这番攻击。
之所以这样，是张文熙只看出了神宗恨张居正，没看出神宗并不恨内阁。
神宗真正厌恶的是张居正擅权和侵蚀他的皇权。而且经过“倒张运动”，年轻的皇帝也发现，他没办法回收全部权柄。有限的精力和能力，让皇帝无法直接行使庞大的皇权，必须找助力和帮手。
这也是神宗发起声势浩大的倒张运动后，很快就刹车的原因。他在防范后续内阁首辅成长为“张居正”的同时，并没有大幅度削夺内阁权力或者产生关闭内阁的想法，因为他意识到内阁实际是协助皇帝掌控皇权的有力工具。
也正是这个原因，让申时行针对六部展开了反攻。
无论是“京察”还是“廷推”，在对官员做评定时，都包含很多主观判断。例如“四格八法”里的“（操）守、不谨、疲软、才力不济、酷”等等，都没有清晰严格的判定标准。是是而非时，是合格优秀，还是低劣不堪，往往都是考评官一句话的事情。
过多的人为因素，必然带来以权谋私和暗箱操作，这也是吏部一直以来被攻击和诟病的地方。申时行就是抓住这个点，弹劾六部“廷推”和“铨选”黑幕重重，行贿、卖官等操作甚多。并以增加约束、监督为由，建议皇帝将官员任免制度改为经“票拟批红”决定。
让内阁来约束、监督就真能解决问题么？在考评、管理制度不变的情况下，自然只会添加更多的“人为因素”，让黑幕变得更为厚重。不过对申时行而言，这些不重要，重要的是有了争夺“人事权”的依据和借口。
因此也彻底引爆了“阁部”矛盾，双方的攻讦迅速扩大和升级。把明朝拖入坟墓的党争，也开始公开化。
申时行之所以在张居正刚倒，形势不利于内阁的情况下，还敢挑起“阁部”大战，是因为他明白皇帝也眼馋外朝的“人事权”。
明朝“廷推”制度源于正统朝初期。由于年幼的英宗缺乏理政能力，任命高级官员这项重要皇权就不得不由他人代行。太皇太后张氏既不愿意自己出面主政，又不愿这项重要权力落入吏部之手，所以将其分散于外朝，由各部司公议并推选出名单。
由于依从祖制的传统，明朝的皇帝们就此也就失去了直接控制朝堂高级职务的权力。
例如，在明武宗不知晓的情况下，他的老师杨廷和就被刘瑾给“升迁”去了南京。明世宗为了将自己的铁杆张璁、桂萼调回京师，不得不跟朝臣妥协。为了让他们入阁，又不得不走杨一清这“曲线救国”的弯路。
注：世宗为了让张璁入阁，先拉在朝堂声望不错的杨一清返京入阁，然后再忽悠杨一清提携张璁入廷推名单，最后张璁入阁后再把杨一清踢出去。
所以收回人事权，对于被压制十年的明神宗来说是极大的诱惑。因此他虽然没有完全站队申时行，但是站队了申时行的提议。这也是申时行下岗后，“阁部”仍然在这个问题上激烈争斗的原因。
赵志皋、沈一贯辅政，虽不敢挠部权，然大僚缺人，九卿及科道掌印者成得自举听上裁，而吏部诸曹郎亦由九卿推举，尚书不得自择其属，在外府佐及州县正、佐官则尽用掣签法，部权日轻。
《明史·卷二百二十五》
因为皇帝的态度和倾向，这轮斗争中六部又逐渐落入下风，最后不得不主动承认问题并做出妥协。
对于任人唯亲、根治派系的诟病，吏部同意将内部职务也纳入“廷推”的范围。也承认“铨选”中长期存在贿赂、买官等弊病，为规避这些问题，将地方中下级职务任命改为“掣签法”，让大家抽签拼运气。
这不仅仅是以退为守，保“廷推”权。还在于这些“让步”，吏部并未吃什么亏。
首先，待职人员的资历还是由吏部在管理、记档，所以某人是不是“符合”抽签条件，吏部仍拥有很大的话语权。
第二，抽签看上去挺公平的，但签的长短、粗细、是否有缺等等，也还是由主持抽签的吏部决定。所以某人能不能抽中“好签”，决定权不在“运气”而在吏部。
第三，明朝大幅度扩大科举上榜名额后，拥有功名的待职士子远多于空缺职位。某地官职出现空缺时，也不可能安排所有待职人员都来抽签。所以某人能不能“收到”抽签通知，还不是吏部说了算。
因此改为“掣签法”后，六部的官员们仍然具有很大的暗箱操作空间。“公正”尚未到来，斗争就仍需继续 。只不过到明朝覆灭，“阁部”也未能斗出真正的结果。
