在《封神演义》原著相关逻辑情境下，鸿钧老祖只对老子、元始、通天下药（特殊的丹丸）而没追究女娲娘娘等可能有以下一些原因：

对老子、元始、通天相关方面 从以下角度可以理解鸿钧老祖对他们有相关行为：

控制局面：封神大战由三教共签封神榜开启，但在过程中，三教纷争尤其是通天教主的截教和老子、元始天尊的阐教冲突白热化，通天教主屡摆恶阵，双方死伤无数，局面失控几近毁天灭地，鸿钧老祖需要控制这三个他的亲传弟子，以丹丸约束他们避免再掀起更大波澜。

平衡势力：截教在大战中势力大损，而阐教和西方教等在过程中势力有所增强或有所得，如果不加以约束老子、元始，可能未来平衡被打破，不利于天地秩序稳定。

惩戒弟子：

他们三人没有很好地把控封神进程，导致生灵涂炭，给他们丹丸作为一种惩戒和警示。

对于不涉及女娲娘娘的原因可能有以下几点 职责和范围不同：

女娲娘娘虽因纣王亵渎而开启了一系列事件，但她更多是在人间王朝兴替的因果线中发挥作用，封神主要是涉及仙人体系和商周政权更迭中的仙人劫数安排等，鸿钧老祖主要管的是其门下三教以及相关仙人秩序等，和女娲娘娘的关联度相对没有那么紧密。

并非直属体系：

老子、元始、通天都是鸿钧老祖的直系弟子，鸿钧老祖对他们有直接的教导、管束责任和权力，而女娲娘娘和鸿钧老祖在封神体系中并非直接的师徒上下统属关系，所以鸿钧老祖没有立场和权力像对自己弟子那样去对女娲娘娘进行所谓“下药”惩戒等行为。

女娲娘娘行为的合理性：

女娲娘娘是因为纣王的亵渎行为才开启了后续一系列操作，从某种程度上是符合因果逻辑的，且她没有像三教教主那样在仙人层面将局面搞得极度混乱不可收拾。 事件推动的幕后性：

女娲娘娘虽推动了一些事，但都是通过间接方式如派出三妖等，她本人并没有直接深度参与到封神大战的大规模仙人争斗中，从表面上看其行为的“恶劣影响”和对“封神秩序”的破坏性远不如老子、元始、通天他们那样直接和强烈。