《海贼王》：前期尾田荣一郎构建了一个极其宏大且复杂的世界观，涉及众多神秘的历史正文、古代兵器、D 之一族的秘密等。然而随着剧情的推进，一些前期设置的伏笔回收显得不够理想。例如，鱼人岛篇中对诺亚方舟及古代兵器波塞冬的伏笔，本以为会在后续剧情中引发更震撼的故事，但至今尚未完全展开和深入挖掘，这让读者对前期精心铺垫的情节产生了失落感，感觉剧情的连贯性受到了影响。

《火影忍者》：火影在剧情设定上也有庞大的世界观，但在伏笔回收方面相对较好。例如，关于鸣人的身世以及九尾的秘密，在整个故事中逐步揭示，前后呼应较为紧密。虽然在后期也存在一些如辉夜姬突然出现等稍显突兀的设定，但整体上大部分重要伏笔都得到了较为合理的解释和利用，使得剧情在逻辑上保持了一定的连贯性。

《海贼王》：在战斗体系上，前期草帽一伙的战斗主要依靠团队协作、各自独特的技能以及对环境的利用等，战斗过程精彩且富有策略性。但到了后期，霸气体系的引入逐渐使战斗变得单一化，果实能力也出现了过度开发和夸张的情况。例如，路飞的橡胶果实觉醒后，其战斗方式和能力提升显得过于突兀，与之前的战斗风格和实力成长曲线产生了较大的脱节，导致战斗的平衡性受到破坏，一些战斗的胜负结果缺乏足够的说服力。

《火影忍者》：火影的战斗体系以忍术、体术、幻术为核心，前期各种忍术的设计和战斗都非常精彩。然而到了后期，也出现了实力膨胀的问题，如尾兽之力的过度强化、轮回眼等外挂式能力的频繁出现，使得战斗逐渐演变成了拼外挂的局面，普通忍者在后期几乎没有了发挥的余地，战斗的多样性和平衡性受到了很大的冲击，但相对而言，其战斗体系的崩坏没有《海贼王》那么严重，因为火影在一定程度上还是保留了忍者之间技能和策略的对抗。

《海贼王》：草帽一伙在前期的角色塑造非常成功，每个成员都有鲜明的个性、独特的梦想和成长经历。但随着剧情的推进，部分角色的成长出现了停滞或偏离预期的情况。例如，乌索普在后期的战斗中，其作为狙击手的核心技能成长不够突出，反而更多地依赖一些新出现的武器和临时想出的策略，这使得他前期建立起来的角色特点和成长轨迹变得模糊。

《火影忍者》：火影中的角色在成长过程中也存在一些问题，比如佐助的性格转变在后期有些生硬，从一个复仇者逐渐走向极端，又在最后突然回归正道，这种转变缺乏足够的内心挣扎和情节铺垫。不过，总体上大部分主要角色的成长还是与他们的性格和经历相契合的，如鸣人从一个被人歧视的吊车尾逐渐成长为拯救村子的英雄，其成长过程中的努力、挫折和突破都有较为详细的描绘。

《海贼王》：其主题围绕着梦想、自由、友情等展开，前期通过草帽一伙在各个岛屿的冒险，深刻地展现了这些主题，让读者感受到了冒险的魅力和对梦想的追求。但后期在面对更为宏大的世界格局和复杂的政治斗争时，主题的表达有时显得过于简单和理想化，例如在德雷斯罗萨篇中对多弗朗明哥家族的处理，以及和之国篇中对凯多和大蛇的刻画，在一定程度上削弱了作品原本深刻的主题内涵。

《火影忍者》：火影的主题涉及到友情、羁绊、家族、和平等多个方面，在整个故事中通过不同角色的经历和冲突不断深入探讨这些主题。虽然在后期的忍界大战中，为了追求和平的解决方案显得有些仓促和理想化，但总体上其对主题的挖掘和表达还是较为深入的，尤其是对战争与和平、仇恨与原谅等主题的思考，给读者留下了深刻的印象。

《海贼王》：前期海贼王的剧情节奏紧凑且张弛有度，每个篇章都有明确的目标和精彩的冒险。但进入新世界后，剧情节奏明显放缓，一些篇章的篇幅过长，如万国篇和和之国篇，在剧情中穿插了大量的回忆和支线情节，使得主线剧情的推进不够流畅，读者在阅读过程中容易产生疲劳和不耐烦的情绪。

《火影忍者》：火影在前期和中期的剧情节奏把握得较好，但在后期也出现了节奏过快的问题，尤其是在忍界大战期间，大量的角色和情节被快速推进，很多战斗和情节的转折过于仓促，使得读者没有足够的时间去消化和理解，一定程度上影响了阅读体验，但整体上没有像海贼王那样出现长时间的拖沓和节奏混乱。

《海贼王》和《火影忍者》在剧情后期都面临着一些挑战和问题，虽然海贼王在某些方面的剧情崩坏可能给读者带来了较大的困扰，但火影忍者也并非完美无缺。每个读者对于剧情的感受和评价都存在差异，这也正是两部作品在长期连载过程中所面临的复杂情况的体现。