以色列在1948年建国后与伊朗关系密切，伊朗成为继土耳其之后第二个承认犹太国家的穆斯林国家。他们在巴列维国王的统治下成为盟友。当时，伊朗是中东最大的犹太人社区的所在地。这个新的犹太国家从伊朗进口40%的石油，以换取武器、技术和农产品。以色列摩萨德间谍机构帮助训练了国王害怕的萨瓦克秘密警察。1979年伊朗伊斯兰革命推翻了伊朗国王，戏剧性地结束了两国之间的友谊。以色列不承认这个新的伊斯兰共和国。

阿亚图拉认为以色列是耶路撒冷的非法占领者。然而，非正式的商业联系仍然存在。1980年，伊斯兰圣战组织成为第一个拿起武器反对以色列的巴勒斯坦伊斯兰组织，伊朗是其主要支持者。尽管如此，在1980年至1988年的两伊战争期间，以色列向德黑兰运送了约1500枚导弹，帮助其打击萨达姆·侯赛因。1982年，以色列入侵黎巴嫩，打击以黎巴嫩为基地的巴勒斯坦组织，并一路占领了首都贝鲁特。伊朗精锐的伊斯兰革命卫队随后支持成立激进组织真主党，该组织从黎巴嫩南部的什叶派据点发起了一场反对以色列军队的运动。

以色列指责真主党在国外发动袭击，包括在阿根廷，1992年以色列大使馆爆炸造成29人死亡，1994年犹太社区中心袭击造成85人死亡。极端保守的马哈茂德·艾哈迈迪内贾德在2005年当选后，紧张局势加剧，他在多个场合谈到结束以色列，并将大屠杀描述为“神话”。同年，伊朗恢复了伊斯法罕的铀浓缩活动。2015年世界大国促成伊朗核协议时，内塔尼亚胡抨击这是一个“历史性错误”。当美国总统唐纳德·特朗普在2018年退出该协议时，他第一个向他表示祝贺。此后，伊朗恢复了铀浓缩活动。以色列官方仍在与叙利亚交战，声称希望置身于2011年爆发的内战之外，这场内战仍在酝酿之中。但从2013年开始，以色列对真主党和伊朗站在叙利亚总统巴沙尔·阿萨德一边持谨慎态度，在叙利亚对他们进行了数百次空袭。以色列开始培养与伊朗的主要宗教和地区对手沙特阿拉伯的关系。

2020年9月，沙特的盟友阿联酋和巴林与以色列签署了关系正常化协议美国寻求以色列和沙特的和解，但这些努力被加沙战争打乱了。在接下来的几个月里，以色列指责伊朗袭击船只。伊朗指责以色列定点暗杀和破坏纳坦兹的铀浓缩工厂。以色列被指责在叙利亚有针对性地袭击伊朗人，包括2022年和2023年革命卫队的高级成员。

2024年4月1日，以色列空袭了大马士革的伊朗领事馆附属建筑，造成十几人死亡，其中包括两名革命卫队的高级成员。美国总统乔·拜登警告说，伊朗“威胁要对以色列发动重大袭击”，并承诺给予以色列“铁证”支持。4月13日，也就是前所未有的领事馆遭袭两周后，伊朗做出回应，从其领土向以色列派出了一波又一波无人机，以色列关闭了其领空，伊拉克、约旦和黎巴嫩也关闭了领空。以色列总理本雅明·内塔尼亚胡表示，以色列已经部署了防空系统，并为“来自伊朗的直接攻击”做好了准备。