《花妖》旋律宛转悠扬，歌词意境深远。歌曲讲述了一个发生在杭州城中牡丹花妖白如雪与书生孟君情定三生，却受困于时空交错，爱而不得的凄美的爱情故事。男主出身平民，身着褐衣，女主出身名门，腰绕黄带；两人一见钟情，坠入爱河；然而，却因双方身份的悬殊，遭遇重重阻碍，女主家族无法接受这份阶层差异巨大感情，采取极端手段导致男主死亡，女主心碎绝望，殉情而去；阎王因他们的爱情而感动，给他们重生的机会，让他们在来世的轮回中再续前缘；然而，由于罗盘经（后述）操作者的失误，两人在时间线中交错而过：男主投生于西汉末年的杭州（泉亭），女主则投生于南宋的杭州（临安），一个在西汉的尘凡中焦急寻觅，一个在南宋的烟雨里苦苦等待。

*我是那年轮上流浪的眼泪，你仍然能闻到风中的胭脂味：

“我”是一名少女，流着泪经历个时代的轮回（象征时间的流转，多个朝代的轮回），在漫长的岁月中，“我”始终在寻找和等待爱人的痛苦中执着，年复一年，到处流浪，现在风里还飘荡着“我”身上的胭脂味。

*我若是将诺言刻在那江畔上，一江水冷月光满城的汪洋：

这句歌词脱胎自张若虚的《春江花月夜》“江畔何人初见月？江月何年初照人？”

如果“我”把诺言刻在江畔，江畔也会被我刻穿，一江水流会满全城，月光下到处都是汪洋。这句歌词表达了“我”对诺言的执着和深情。

*我在时间的树下等了你很久，尘凡儿缠我谤我笑我白了头：

“我”曾在时间的树下等待了很久，从青丝到白发，那些凡尘的人纠缠“我”、诽谤“我”、嘲笑“我”，我却初心未改。暗示了女主人公在追求爱情过程中所面临的困难和挑战。

*你看那天边追逐落日的纸鸢，像一盏回首道别夤夜的风灯：

“我”就像纸鸢（风筝）追逐落日一样，永远追不上你，宛如一盏在夤夜（黎明）将缓缓熄灭的风灯，静静地诉说这告别与不舍。表达了“我”对爱情的渴望和无法触及的遗憾。

*我的心似流沙放逐在车辙旁，他日你若再返必颠沛在世上：

“我”的心已碎成流沙，“我”把自己放逐在大路边，让你乘坐的车能少些颠簸，相信你若轮回此世也和“我”一样颠沛流离地在寻找彼此。将心化沙，是一种无奈的放手，也是对未来之人默默的祈愿与陪伴；

*若遇那秋夜雨倦鸟也淋淋，那却是花墙下弥留的枯黄：

“我”曾经化作鸟儿寻找你，却被秋夜的大雨淋湿，弥留在花墙下。这象征着“我”的深情和执着，在花墙下留下了轮回中等待爱人的痕迹。

*君住在钱塘东，妾在临安北，君去时褐衣红，小奴家腰上黄：

你住在钱塘（秦朝的杭州）东，我住在临安（南宋的杭州）北，此处通过相距千年的历史长河，暗示了两人想见无期。因为门第观念，男主被打死。你的褐衣（平民所穿衣服）被血染红了，“我”用腰上的黄丝带（“腰上黄”说明女主是贵族）自尽殉情。

*寻差了罗盘经，错投在泉亭，奴辗转到杭城，君又生余杭：

罗盘经是一种时空机器，上面刻有九星和八卦，九星表示时间，八卦表示空间，罗盘经不仅能够让人在不同的时间和空间中穿梭，还是轮回的指引，决定了人物的投胎转世和命运轨迹。

阎王有感于我们的爱情，让我们轮回人间，来世再续前缘。没想到地府鬼差拨错了罗盘，导致我们在轮回中错过了彼此，我们虽然投生到了同一个地方（杭州），却因为时间的错位而无法相遇。“我”投生到泉亭（西汉末年的杭州），转辗多世又投生到杭城（唐代的杭州），希望与你会合，却不想你却投生到余杭（夏朝的杭州）。