微生物限度检查仪在检测不同样品时，滤膜材质的选择至关重要。对于水溶液样品，一般可选用纤维素酯类滤膜，如混合纤维素酯滤膜。这类滤膜具有良好的亲水性，能快速过滤水溶液，且对微生物的吸附性较小，不会影响微生物的回收。其孔径通常有 0.22μm 和 0.45μm 等规格，0.45μm 孔径常用于一般微生物限度检查，可有效截留常见的细菌、真菌等微生物，而 0.22μm 孔径则更适用于对微生物污染控制要求极高的样品，如无菌制剂的微生物限度检查，能截留更小的微生物及芽孢。

对于油类样品，聚四氟乙烯（PTFE）滤膜是较好的选择。PTFE 滤膜具有疏水性，不会被油类浸润，能保证油样顺利通过滤膜，同时对微生物有良好的截留作用。它化学稳定性高，不会与油类样品发生化学反应，确保检测结果的准确性。在检测含蛋白质较高的样品时，尼龙滤膜较为合适。尼龙滤膜对蛋白质有较低的吸附性，可避免蛋白质在滤膜上的非特异性吸附，从而减少对微生物检测的干扰。不同材质滤膜的特性决定了其适用的样品类型，正确选择滤膜材质是保证微生物限度检查结果准确可靠的基础。