宋元时期，中国海上贸易繁荣，海南岛独特的地理位置也决定了其贸易中转站的角色。早在南宋乾道年间，就在海南设立琼州市舶分局，隶属广州市舶司。至清康熙二十四年（1685），清廷废除市舶司制度，设立江、浙、闽、粤四海关。粤海关下设总口7处，海口总口是其中之一。

第一次鸦片战争后，中国门户大开，海南也成为列强争抢之地。光绪二年（1876），正式在海口设立琼州海关，用以管理对外贸易。首任税务司（关长）是英国人博朗，自此直至1945年，琼海关一直由外国人把持。

最初的琼海关位于中山路尾南侧，是一座中式建筑，二层楼，有院落，院落前的水沟可驶小船。至1934年，琼海关斥资35319.37元，购置地皮5227.76平方米，在今龙华区得胜沙路4号，建造了崭新的办公大楼。

琼海关大楼于1937年建成。由建筑师和建筑教育家吴景祥教授设计，整体风格带有较明显的西洋式建筑特色，造型挺拔，具有简化的古典风格。一度是海口地区的地标性建筑。

整幢建筑占地面积约5858平方米，坐南朝北，坡顶，红色屋面，灰白墙面。大楼为3层混合结构，局部6层。平面采用不对称布置，南面设有阳台和门厅，北面及西面设有门廊，各房间通过穿堂连接。西南面有塔楼，北、西两面有门廊结构，西北角二层有一露台。

时间过去了沧桑87载，琼海关旧址已被称为“老海关”。大楼目前为海口海关缉私局使用，并不对外开放。