帝师制度在元人在漫长的历史进程中，帮助其建立起一套完整的政治、意识形态和文化体系。从资料来看，元代虽然一统了藏区，但也只是在短时间内控制了吐蕃，那个时候，萨迦·班智达也不过是西藏最大的几个佛教宗门中的一个，其他的佛教宗门都是被迫臣服的。

因此，为了能够长久的一统吐蕃，元代就不得不和萨迦派进行联合，而最重要的原因还是萨迦派别本身就希望能够将他们的宗教传播得更加广泛，能够被更多的人所认同，因此，忽必烈才会和八思巴联手，利用八思巴来逐步吞噬其余的派别，从而使八思巴在吐蕃区域内称王称霸。

按照历史上的说法，1264年，忽必烈陛下专门成立了御林军，将御林军交给了八思巴，让他掌管着整个吐蕃王朝。从那以后，直到元朝覆灭，一共有十四名帝师，这些帝师，帮助元朝统一了吐蕃。这样才能让元朝彻底统一吐蕃的目标可以更好的实现。

其次，它被元代作为一种统治世界的工具。直到1276年，忽必烈皇帝和宋恭帝正式承认了蒙古皇帝的臣服，这才宣告了蒙古王朝的彻底一统；然而，随着忽必烈登上王位，他对这个问题的重要性有了更深的认识。

忽必烈希望建立一个统一的、正式的宗教体系，不然，宗教体系的纷繁杂乱将会给国家带来极大的威胁。没有人能够预测到，有一天，会有人为了一个宗教而发疯，这也是忽必烈大帝为什么要在这个世界上，建立一个宗教的原因。

所以，帝师制度让所有的官员都信仰藏地的佛教，用佛法来感化百姓，消除他们对蒙古的敌意，让他们愿意服从蒙古的管理。所以，在1270年的时候，当八思巴再次向忽必烈进行灌顶之礼，大汗忽必烈便直接将八思巴奉为帝师。

据史籍记载，忽必烈皇帝还曾在圣旨中说，八思巴乃普天之下，大地之子，乃佛祖转世，故能立言，能主持国家大事”。

也正因为如此，在忽必烈的授意之下，所有的皇亲国戚都皈依了西藏佛教，而帝师制度，也就成了蒙古王朝的一种文化工具。

帝师制度也有一些不利的影响

第一，对佛教的过分崇拜，对当时的社会治安造成了很大的冲击；自忽必烈大汗建立帝师制以来，其继承人均为藏地佛教中与八思巴有直系联系的僧人，或为其侄子，或为其徒。

就拿御史台来说，1288年，时任右丞相的桑哥觉得自己的官职不够，便宣布“总制院掌管西部诸国的粮草”，并向皇上请旨，将总制院改名为宣政院，从此就成了从一品官员。

他掌握着整个吐蕃地区的财政、人事、军事等各方面的大权，相当于吐蕃地区的真正统治者。这样一个唯我独尊，无视礼法的国师级人物，对于整个元朝的官方运作毫无作用，却为后来的国师级人物，立下了一个极佳的“榜样”。

第二，元代的“帝师制”对国家的秩序与安定产生了很大的危害，它是造成元代法律混乱的主要原因。随着总制院改名为宣政院，和尚们在国内的政治地位再次提升，本来和尚们都是大德，如今却变成了一个不稳定的变数，对整个国家造成了很大的威胁；

因为据历史记录，1309年，宣政院上书皇上，下令：“凡欧（打）西方和尚，皆斩其双手；从这一点可以看出，藏地佛教和尚对那个时代的社会造成了多么严重的冲击。比如，在《元史》、《新元史》中，就有不少人因为成为和尚逃脱了刑罚，而被赦免的原因，也是和尚们自己想出来的。

比如有一名高僧去世，或者有一场类似于帝王加冕的佛教仪式，需要赦免犯人；例如，在公元1312年，云南行省的左相卜格尔尔被判了死刑，在他的老师嵇思吉剌节儿的帮助下，他被皇上赦免了。到了第二年，更是释放了二十九名犯人，这足以说明，这是一种对国家安定，对国家律法的破坏！