海瑞主张屯田、运盐恢复征收实物，以此充实边防军队储备；而张居正大力推行的“一条鞭法”，是将天下各州县的徭役、田赋及其它税赋杂征合为一条，按亩折算缴纳，合并征收银两。 海瑞奉行“祖宗之法不可变”，而张居正为挽救明朝的危机，认为必须进行改革创新，海瑞的守旧思想成为改革的绊脚石。

海瑞性格极端分明、坚韧不拔、极为倔强，以刚直不阿、不畏权贵且不分场合直言不讳而著称，在官场上备受排挤，容易被人当枪使。他曾上弹劾次辅高拱的奏疏，拉开了徐阶对高拱的总攻；任应天巡抚时，大力推行退田政策，直接针对江南第一大地主徐阶。

海瑞的道德标准过于严苛，不容忍任何妥协和瑕疵，黑白分明，没有中间地带，在官场中常常与人发生冲突，且难以与同僚合作。

海瑞忠于自己的理想信念，不能为张居正所用。张居正清楚，如果重用海瑞，等于给自己埋了个雷，随时可能因海瑞的刚直引发难以预料的政治风波。 海瑞打压豪强、平靖地方、安抚百姓，个人操守无可挑剔，容易成为别人的工具，被别有用心的人利用来对付张居正。