一、陆军军医大学西南医院（全国医院排名第27名，西南排名第3名）；

优势科室：全国排名科室有：烧伤科、运动医学、整形科、康复科、病理科、检验科等；国家重点科室有：胸外科、中西医结合科等；西南区域排名科室有：心内科、消化科、血液科、老年科、普外科、心脏外科、乳腺中心、肝胆科、血管外科、神经外科、泌尿外科、骨科、关节外科、疼痛科、妇产科、肿瘤科、皮肤性病科、耳鼻喉科、感染科、体检中心等。

二、重庆医科大学附属第一医院（全国医院排名第第53名，西南排名第2名）；

优势科室：国家重点科室有：中医科、中西医结合科等；西南区域排名科室有：泌尿外科、呼吸内科、放射科、内分泌乳腺外科、普通外科、脑外科、胃肠外科、乳腺甲状腺外科、肝胆外科、骨科、麻醉科、妇产科、肿瘤科、精神科、皮肤科、耳鼻喉科、眼科、感染科、血管外科、内分泌内科、神经外科、老年病科、血液内科、输血科、心血管内科、肾脏内科等；市重点科室主要有：急诊医学科、颌面外科等。

三、重庆医科大学附属儿童医院（全国医院排名第56名，西南排名第15名）；

优势科室：全国排名科室有：心血管内科病房、肾脏内科病房、呼吸中心、神经内科病房、风湿免疫科、血液肿瘤中心、内镜中心等；国家重点科室有：泌尿外科病房等；市重点专科主要有：手术麻醉科、

四、陆军军医大学第二附属第医院（全国医院排名第94名，西南排名第7名）；

优势科室：全国排名科室有：血液科等；西南区域排名科室有：血管外科、骨科、肿瘤科、手术麻醉科、心血管内科、消化内科、呼吸与危重症医学科、呼吸内科、内分泌科等。

五、重庆医科大学附属第二医院（西南排名第8名）；

优势科室：国家重点科室：心血管内科、肾内科、康复医学科、放射科等；西南区域排名科室：呼吸与危重症医学科、感染病科、超声科、核医学科等；市重点科室主要有：消化内科、妇产科、中西医结合科、检验科、急救科等。

六、陆军特色医学中心（西南排名第9名）；

优势科室：西南区域排名科室有：高压氧科、胸外科、神经内科、眼科、肾脏内科、消化内科、心血管内科等。

七、重庆大学附属肿瘤医院（西南排名第19名）；

优势科室：国家重点科室：中医科；西南区域排名科室：神经肿瘤科、缓和医疗科、肿瘤内科、血液肿瘤中心、头颈肿瘤中心、神经肿瘤外科、乳腺肿瘤中心、肝胆胰肿瘤中心、胃肠肿瘤中心、胸部肿瘤中心、肿瘤放射治疗中心等；市重点科室主要有：病理科、药学部、麻醉科、消化内科等。

八、重庆市人民医院（西南排名第20名）；

优势科室：市重点科室主要有：心血管内科、消化内科、呼吸与危重症医学科、老年病科、乳腺甲状腺外科、肝胆胰腺外研中心、脊柱外科、关节外科、麻醉科、放射科等。

九、重庆医科大学附属口腔医院（西南地区重点科室医院）；

优势科室：西南区域排名科室有：口腔综合科、修复科、正畸科、种植科、牙周科、牙体牙髓科、颚面外二科、儿童口腔科等。

十、重庆市妇幼保健院（西南地区重点科室医院）；

优势科室：全国排名科室：妇女保健科、普通妇科、临床医学部、计划生育科等；市重点科室主要有：产科、儿科、耳鼻喉科、儿童保健科等。

十一、重庆市公共卫生医疗救治中心（西南地区重点科室医院）；

优势科室：西南区域排名科室有：结核一科、二科、三科、四科、五科、变态反应等；市重点科室主要有：感染科、影像医学科。

十二、重庆市中医院（国家省市重点科室医院）；

优势科室：国家重点科室：肾病科、脑病科、肛肠科、骨伤科、妇科、肿瘤科、针灸科、护理学等；市重点科室有：肝病科、脾胃病、治未病科等。

十三、重庆市北培区中医院〈中医〉（国家省市重点科室医院）；

优势科室：国家重点科室：肺病科、脑病一科、二科、耳鼻喉科等；市重点科室主要有：心血管一科、心内二科等。

以及重庆市第九人民医院、重庆市巴南区人民医院、重庆市开州区人民医院、重庆市南川区人民医院、重庆市江津区人民医院、重庆医科大学附属永川医院、重庆市璧山区人民医院、重庆市第五人民医院、重庆大学附属涪陵医院、重庆市急救治疗中心等。