从《柳如是别传》这部传记大作中不难看到，陈寅恪把西方学术手法运用于研究之中的同时，特别注重首倡于清初顾炎武，而为后世朴学家奉若圭臬的“实事求是”精神。
其所谓凡立一言，必不拘烦琐地进行大量考证，甚至逐字逐句地排比考辨，而后归纳分析，得出结论。
因为，陈氏对西方学术研究方法的掌握和运用，比之于清代的传统朴学更高一筹，也更具创新性和突破性。
此种长处从两个方面，可以明显地看出：
一是以诗证史，突破了传统训诂学沉溺于文字音韵的陋习；
二是将具体的人与事的“发覆”，以宏观的文化视野，放在历史长河的大背景下纵横考察对比，借此洞悉“大历史”下人物活动与思想情感变化的幽微，而后，从不易察觉或容易被人忽略的情感与事件，反观在历史进程中，所起的积极或消极的作用。
在钱柳二人身上，陈寅恪面对的是“衰柳枯兰”“残山剩水”，借此生发出一股惜旧怀春的伤逝之情，但这只是漂荡于微波之上的浮萍，在浮萍掩映下，涌动着浩瀚壮阔的急流，只有细读陈氏全文并加以思考探究，方知作者立意深焉。
虽然，披寻钱柳之篇什于残缺毁禁之余，往往窥见其孤怀遗恨，有可以令人感泣不能自己者焉。夫三户亡秦之志，九章哀郢之辞，即发自当日之士大夫，犹应珍惜引申，以表彰我民族独立之精神，自由之思想。
柳如是画像（[清]余秋室绘）
何况，出于婉娈倚门之少女，绸缪鼓瑟之小妇，而又为当时迂腐者所深诋，后世轻薄者所厚诬之人哉！
寅恪以衰废余年，钩索沉隐，延历岁时，久未能就，观下列诸诗，可以见暮齿著书之难有如此者。斯乃效再生缘之例，非仿花月痕之体也。
一个倚门卖笑的弱女子，在明清易鼎之际，竟比五尺男儿更看重家国、民族大义，秉持独立思考、拒绝曲学阿世的凛然正气。
这使身处那个年代里的陈寅恪心通意会，发思古之幽情，探文化之良知，求天道之转圜；才促使一位目盲病弱的老人，在内化于史料的同时，有了新的感悟和生命体验，才不惜于暮齿之年穷竭心力，为这个被士大夫轻蔑的奇女子立传，以彰显我民族“独立之精神，自由之思想”。
通过这样一个易鼎时代中的特殊人物，把明末清初那段波澜壮阔的历史，以百科全书式的视野展现于世人。
这部“痛哭古人，留赠来者”的大书，以其丰富的史料和精密的排比、考据，“忽庄忽谐，亦文亦史”，与穿插其间的天才感悟融为一体，浓缩了陈寅恪一生的学养和志趣，无疑是百年中国一位大学者奉献给人类的世纪杰作。
正当陈氏于钱柳内心世界跋涉追索，借此抒发心志之时，1961年8月30日，吴宓自重庆赴中山大学拜访陈寅恪夫妇，分离多年的老友，于风霜苦雨中重逢于岭南这块潮湿之地，自是百感交集。
陈寅恪赠诗《辛丑七月雨僧老友自重庆来广州承询近况赋此答之》一首：
五羊重见九回肠，虽住罗浮别有乡。
留命任教加白眼，著书唯剩颂红妆。
钟君点鬼行将及，汤子抛人转更忙。
为口东坡还自笑，老来事业未荒唐。
吴宓在日记中，郑重地记下了这次相见的场面与陈氏的思想志向，谓：
“政府虽再三敦请，寅恪兄决计不离中山大学而入京：以义命自持，坚卧不动，不见来访之宾客，尤坚决不见任何外国人士（港报中仍时有关于寅恪之记载），不谈政治，不评时事政策，不臧否人物——
寅恪兄之思想及主张，毫未改变，即仍遵守昔年‘中学为体，西学为用’之说（中国文化本位论）。
……在我辈个人如寅恪者，则仍确信中国孔子儒道之正大，有裨于全世界，而佛教亦纯正。
我辈本此信仰，故虽危行言殆，但屹立不动，决不从时俗为转移。”
又说：
寅恪“细述其对柳如是研究之大纲，柳心爱陈子龙，即其嫁牧斋，亦终始不离其民族气节之立场，赞助光复之活动，不仅其才之高、学之博，中以压倒时辈也。
又及卞玉京、陈圆圆等与柳之关系，侯朝宗之应试，以父在，不得已而敷衍耳。总之，寅恪之研究‘红妆’之身世与著作，盖借此以察出当时政治（夷夏）、道德（气节）之真实情况，盖有深意存焉，绝非消闲、风流之行事……”
吴宓不愧是陈氏的知己，对于陈氏的谈话与赠诗的寓意，自是心领神会。
尽管，此时陈寅恪的教书和撰著都不合时宜，但坚守民族文化岿然不动，继绝扶衰，为延续文化命脉苦心孤诣，寻觅精研，泽被山林，传香火于后契。
此举，正是对明末清初一代大儒顾炎武“人间尚有遗民在，大节难随九鼎沦”的强力呼应，也是我优秀的民族精神与文化血脉涌动不息、绵延不绝的光辉写照。
柳如是诗集《湖上草》书影
《柳如是别传》通过柳如是这位奇女子短暂一生显现的豪情与风骨，以表彰我民族独立之精神、自由之思想在个体生命中所体现的最为光荣的一面。
同时，也是陈寅恪一生所禀持、倡导，且不惜身家性命以身示范的人生准则和理想信念。
1962年6月10日，已是七十三岁高龄、双目失明的陈寅恪入浴时不慎滑倒于浴盆中，右腿股骨颈跌断，次日，进中山医学院第二附院救治，因疼痛过度，三天昏迷不醒。
医生虑其年纪偏大，若开刀手术其体质难以承受，经家属同意和醒来的陈寅恪本人认可，乃采取保守之物理疗法，但效果不佳，从此断肢再也没有复原。
这年11月，陈寅恪于病榻上吟《壬寅小雪夜病卧榻作》诗一首：
任教忧患满人间，欲隐巢由不买山。
剩有文章供笑骂，那能诗赋动江关。
今生积恨应销骨，后世相知傥破颜。
疏属汾南何等事，衰残无命敢追攀。
这首诗，在一定程度上是1961年与吴宓谈话和赠诗内容的延续，透出了陈氏欲隐而不得，“留命任教加白眼，著书唯剩颂红妆”的心境，并以流离感伤的古代大儒庾信自况，明白地宣示自己已不可能再设馆授徒，积存于心中的“续命河汾”梦想亦不可能实现了。
1963年1月21日，陈寅恪的残腿医治无甚进展，为了过个团圆春节决定出院，冒着凛冽寒风，被人抬回家中。
陈寅恪有诗《入居病院疗足疾至今日为半岁而足疾未愈拟将还家度岁感赋一律旧历壬寅十二月十日》，以示纪念。诗曰：
不比辽东木蹋穿，那能形毁尚神全。
今生所剩真无几，后世相知或有缘。
脉脉暗销除岁夕，依依听唱破家山。
（念家山破，乃曲调之名。吴梅村吊董白诗云：“念家山破，定风波”者是也。近撰文颇论董小宛鄂妃事，故语及之。至先删两韵古通，观再生缘第十九卷首二句即其一例。有人谓陈端生间用杭州土语押韵，未知所指何词句，俟得暇详检。）
酒兵愁阵非吾事，把臂诗魔一粲然。
诗中，首联借用汉末避乱辽东，还乡后朝廷屡征而坚辞不就的管宁典故以明志，颔联意指自己来日无多，身后的有缘人或能与自己心灵相通，解其心事。
其后半句与前作《壬寅小雪夜病卧榻作》之“今生积恨应销骨，后世相知傥破颜”具有相同的寓意。
“积恨”，指颠倒是非，毁谤的言行；“销骨”，指令人难以生存而身心俱遭毁灭。“傥”，失意，有“文侯傥然，终日不言”典故；“破颜”，指转为笑容，破颜一笑。
唐代诗人卢纶《落第后归终南别业》有“落羽羞言命，逢人强破颜”句，表达当时的苦涩心境。
陈寅恪在助手黄萱（右一）的协助下正在著书立说（1957年）
陈氏在《柳如是别传》第一章，引钱谦益《有学集》卷三九《复遵王书（论己所作诗）》云：
“居恒妄想，愿得一明眼人，为我代下注脚，发皇心曲，以俟百世。今不意近得之于足下。”
陈寅恪按语云：
“然则牧斋所属望于遵王者甚厚。今观遵王之注，则殊有负于牧斋矣。”
陈诗中所谓的“后世相知”，亦即钱氏文中所言“代下注脚，发皇心曲”的“明眼人”。而这个“明眼人”绝不是遵王者流，而应是真正精通陈氏学说与知达心灵之人。
无奈，世俗滔滔，天下“众生颠倒”，心灵相通的“后世相知”又到哪里去寻觅呢？
最后，陈氏也只能发出元好问“酒兵易压愁城破，花影长随日脚流”的感叹了。
目盲足髌的陈寅恪失去了活动能力，整日躺在床上，或被抬放到一张矮脚藤椅上静坐，外界的光明与他已彻底绝缘，只有无尽的黑暗和孤独与他为伴。
在如此艰难时局与破碎心境中，陈寅恪立下了在撒手归天之前，完成最后一件因缘大事的雄心大愿，遂加快了《柳如是别传》的创作进度。
在助手黄萱的协助下，他不惮辛苦，经之营之，钩稽沉隐，终于在1964年夏，完成了这部长达八十余万言的皇皇巨著。
书尾最后特别标记：
“钱柳逝世后三百年岁次甲辰夏月陈寅恪书于广州金明馆，时年七十五。”
这部前后历经十年的心血之作，为中国历史传记文学开一崭新篇章，其中的甘苦与“坚毅之精神，真有惊天地泣鬼神之气概”。
而这一“鸿篇巨制”的萌生问世，发轫于少年，志成于人生暮年，是陈寅恪所构建的托其心志、明其理想的又一心灵丰碑。
此一巨大成就，正如日本东京大学教授池田温所言：
“若非有无比坚毅之心力和不屈信念，焉能完成此大业！人类文化史数千载中，失明史家之能撰大著，其类殆罕；陈先生之业绩，称为20世纪中国史学界这一大奇迹无不可也！”
早在1954年，陈寅恪写成《论再生缘》之后，前往探访的著名民主人士章士钊把一份陈氏赠送的油印稿带到香港，辗转由香港友联出版社出版，一时间海外震动，议论纷纭，引起北京高层的关注。
有关方面与郭沫若、周扬、齐燕铭等负责文化宣传的官员交换意见后，决定在内地出版陈著和郭氏亲自校订的十七卷本《再生缘》，以回应海外对陈寅恪艰难处境的同情和议论。
然而，由于这部乾隆年间的虚构作品语涉“征东”，即远征高丽等事，在当时的特殊国际环境下，高层亲自出面，中止了对《再生缘》的讨论，陈著与郭氏校订本也被搁置起来。
此时，陈寅恪得知这一不幸事实，却不知背后真相，但出版的艰难与可能遇到的重重阻力，他此前似早有所料。
有所预感的陈寅恪于1953年9月，有《广州赠别蒋秉南》诗一首，表达了此时的哀伤之情：
不比平原十日游，独来南海吊残秋。
瘴江收骨殊多事，骨化成灰恨未休。
孙盛阳秋海外传，所南心史井中全。
文章存佚关兴废，怀古伤今涕泗涟。
此时，陈寅恪正在发愤著述《论再生缘》。据黄萱回忆说：
“先生晚年完成的著作，是得到各方面的支持的。特别是他早年的学生，也就是现在的专家教授们，常为他找材料。如蒋天枢教授、王永兴教授常给他寄来有关的书籍等等。
在校内的资料，多数是周连宽教授从图书馆给找来的。在同事和同学中，也时有人给他抄来应用的东西。助手的工作，非我一人的微力能全部负担得起……”
黄萱所说的蒋天枢教授，就是陈氏赠别诗中的蒋秉南（名天枢，字秉南）。
自1948年陈寅恪携家由北平南飞居留上海时起，时在上海复旦大学任教的蒋天枢曾数次晋谒，此后，联系密切，陈氏所需许多关键材料得益于蒋氏查找寄送不少，《再生缘》长篇弹词即其一例。
1953年秋，蒋天枢首次赴广州拜谒恩师，据蒋氏自述：
“阳历九月十一日，枢乘车赴粤，抵穗后以初游不识路，雇车至中山大学东南区一号晋谒。留穗约十日，得饫聆教诲，适流求妹尚在家，欢聚数日后，赴渝就职。
时枢方校读《周礼》（用董康珂罗版影宋本校阮刊注疏本），语次，师诲之曰：‘周礼中可分为两类：一，编纂时所保存之真旧材料，可取金文及诗书比证。二，编纂者之理想，可取其同时之文字比证。’
枢未能遵师嘱以有所成，愧负滋多矣！此行初识黄萱。二十二日，拜辞师及师母北归。
行前，先生赠以二诗。《南飞集》之最前部分，即此行所抄得。”
这次师生于上海分别后的首次见面，给病中的陈寅恪以极大慰藉，而这次相见，也是师生最后一次会面，自此竟成永诀。
也正缘于这次相处，陈寅恪决定正式把蒋天枢视为“托命之人”，而蒋氏亦不负厚望，在后来的日子，为传播陈门之学殚精竭虑，敝精劳神，做出了卓越的贡献。
陈寅恪《赠别蒋秉南》诗第三句，当是陈氏以唐代韩退之（韩愈）因反佛被皇帝下令贬谪岭南自况。
韩愈在著名的《左迁至蓝关示侄孙湘》一诗中留下了千古名句：
“一封朝奏九重天，夕贬潮州路八千。
欲为圣朝除弊事，敢将衰朽惜残年。
云横秦岭家何在，雪拥蓝关马不前。
知汝远来应有意，好收吾骨瘴江边。”
陈诗中的“瘴江收骨”，正是韩愈被贬心情的重现。第四句则由李商隐“埋骨成灰恨未休”句而来，“此句可视为陈氏的诗谶”。
诗中第五句中的孙盛，字安国，东晋太原中都（今山西平遥）人，著名史学家，祖父孙楚曾为冯翊太守，父亲孙恂曾任颍川太守。
受家庭严格教育和熏陶，孙盛少有大志，博学多闻，仕途顺利，累官至长沙太守、秘书监加给事中。其一生著有《魏氏春秋》二十卷，《魏氏春秋异同》八卷，《晋阳秋》三十二卷。
据载，孙盛作史有董狐遗风，极重史德，当年，他在东晋征西大将军桓温帐下任参军，受到桓温青睐，但孙对桓温第三次北伐前燕，于枋头的败绩如实记载于《晋阳秋》中，“词直理正，咸称良史”。
桓温得知大怒，对孙盛之子说：“枋头诚为失利，何至乃如尊君所说？若此史遂行，自是关君门户事。”遂以杀身灭族相威胁。
时桓温执持东晋朝政，内外大权结于一身，气焰熏天。孙盛诸子闻讯大惧，皆哭泣跪拜于地，请父删改。孙盛闻听大怒，拒不屈服，坚持按实书史，毫不退让。
最后，在其子与家人苦苦哀求下，写定两本，未删本寄予慕容儁（十六国时期前燕第二位皇帝）。太元中，孝武帝博求异闻，始于辽东得之，以相考校，多有不同，书遂两存。
第六句是整首诗的关键。所南，即南宋遗民郑所南（字忆翁），著名画家。
据丁传靖辑《宋人轶事汇编》卷十九载：
郑所南一生节烈忠贞，宋亡后隐居吴下，改名郑思肖，即有“思赵”之意，坐必南向，扁其堂曰“本穴世界”，以“本”字中“十”置于下文“穴”字，喻“大宋”也。矢志不与北人交接，复国之心永不改变。
尝自奋著《心史》六万余言，铁函重匮，外著“大宋铁函经”五字，内题“大宋孤臣郑思肖百拜封”十字，沉于吴门承天寺眢井。崇祯戊寅（1638）冬，被寺僧浚而得之。张国维序而刊行，所南《心史》遂传于世。
以上两句，显然是陈氏预感到时势恐不能令他的作品出版传播于当世，其心血劳作只能如孙盛的《晋阳秋》传之域外，或如郑所南的《心史》藏之深井，以待后世有识之士，发现刊行。
1957年，陈寅恪书稿的命运没有丝毫转圜的迹象。这年7月3日，正在病中的陈氏思前想后，作《丁酉阳历七月三日六十八岁初度适在病中时撰钱柳因缘诗释证尚未成书更不知何日可以刊布也感赋一律》一首。
其首联与尾联分别为：“生辰病里转悠悠，证史笺诗又四秋。”“珍重承天井中水，人间唯此是安流。”哀痛伤感之情已到了揪心撕肺的境地。
1962年初春，正在广州养病、时为中共中央书记处书记的胡乔木前往探访陈寅恪，陈氏对自己的著作不能出版仍耿耿于怀，并略带愠怒地对这位早年就读于清华的后生说出了“盖棺有期，出版无日”的失望之语。
尚不知内情的胡乔木做了“出版有期，盖棺尚远”的承诺，他的到访与承诺，似乎使原本陷入绝境的出版事宜有了转机，陈氏还暗中高兴了一阵子。
想不到，两年多的时光悄然流逝，书稿出版的梦想终成幻影，因当年胡乔木的承诺而在心中死灰复燃的最后一线希望再度成灰。
陈寅恪在《柳如是别传》的末页，还以《稿竟说偈》暗示了这部书稿的命运：“得成此书，乃所天假。卧榻沉思，然脂瞑写。痛哭古人，留赠来者。”
事隔三个月后，自感进入垂垂暮年、来日无多的陈寅恪，在油干灯尽，生命之火熄灭之前，对自己著作的存废流布仍悬挂于心。
1964年11月18日，陈氏以“文盲叟”之喻，再写《论再生缘校补记后序》。
在这篇序文中，他以低沉的语调道出了自己万念俱灰的悲凉心境：
论再生缘一文乃颓龄戏笔，疏误可笑。然传播中外，议论纷纭。因而发见新材料，有为前所未知者，自应补正。
兹辑为一编，附载简末，亦可别行。至于原文，悉仍其旧，不复改易，盖以存著作之初旨也。噫！所南《心史》，固非吴井之藏。
孙盛阳秋，同是辽东之本。点佛弟之额粉，久已先乾。裹王娘之脚条，长则更臭。知我罪我，请俟来世。
郑所南《心史》寄托其“宁可枝头抱香死，何曾吹堕北风中”（《寒菊》）之民族气节。
陈寅恪之“心史”，则要把我民族“独立之精神，自由之思想”托命于“来者”。
郑思肖与陈寅恪虽相隔六百余年，保持民族文化、扶衰继绝的使命感召，却使二者声息相通，心心相印。面对一堆呕心沥血凝结而成的书稿，行将就木的陈寅恪唯有孤独地“怅望千秋泪湿巾”，于苍茫天地间“请俟来世”了。
陈氏在《论再生缘》中尝谓：
以端生之才思敏捷，当日亦自谓可以完成此书，绝无疑义。岂知竟为人事俗累所牵，遂不得不中辍。虽后来勉强续成一卷，而卒非全璧，遗憾无穷。至若“禅机蚤悟”，俗累终牵，以致暮齿无成，如寅恪今日者，更何足道哉！更何足道哉！
——这是陈寅恪“痛哭古人，留赠来者”的悲戚，更是为自己的处境发出的椎心泣血的哀鸣。
继《柳如是别传》之后，身处逆境且行将就木的陈寅恪倾尽残生，以蜡炬成灰、泪尽泣血之志，着手书写生命中的最后一部著述《寒柳堂记梦》，记述其三世家风及本身旧事，作为对这个世界最后的告别。
令他始料不及的是，未及定稿，“文化大革命”爆发，助手黄萱被离开，自此，陈氏夫妇身陷囹圄，开始了更加悲怆的人生历程。
