电视剧《清明上河图密码》改编自同名小说，讲述了赵不尤一家在揭开一系列阴谋的过程中，各自成长的故事。

故事一开始，赵不尤带着妻子温悦外出游玩，却遭遇贪官的觊觎。

贪官因未能得到温悦，便恶意破坏了她制作的伞。

幸运的是，赵不尤及时出现，阻止了贪官的进一步行动。

然而，赵不尤很快发现，他的妻子并不简单。

温悦曾是某个神秘组织的成员。

贪官意外得知有人举报温悦的身份，企图以此威胁她屈服。

但温悦机智地利用这个机会，结束了贪官的生命。

当赵不尤和温悦将尸体藏在竹筏下时，顾震注意到贪官失踪了。

所有的线索似乎都指向了赵不尤夫妇。

温悦巧妙地激起了民众对贪官的愤怒，使得顾震因顾忌民意，加之他本身对贪官并无好感，最终选择不再追究此事。

经过这次事件，赵不尤意识到妻子的不寻常。

第二天，一艘大船差点撞上桥，引发了所谓的祥瑞，紧接着河中出现了多具尸体，赵不尤更是惊恐地发现妻子出现在河中。

为了保护妻子，赵不尤向顾震自荐，希望能在顾震调查案件时抹去妻子的痕迹。

他引导顾震将注意力转向萧逸水的师妹茯苓。

在妻子即将暴露之际，赵不尤假装愤怒地指责萧逸水，声称妻子背叛了自己，成功混淆了视听，暂时消除了顾震的怀疑。

顾震并不知道，祥瑞的背后其实是皇帝的策划，他意图借此机会集中权力。

而破坏祥瑞的，则是那些世家大族。

随着帽妖案等一系列案件的发生，赵不尤一家为了生存，不得不各展所长，破解案件。

最终，他们齐心协力揭露了幕后黑手——一个表面上的大善人。