职业联赛前两个赛季，整个福建省是没有职业足球的，省领导看在眼里，急在心里。从1995年年底开始，在省市两级领导的过问下，厦门开始筹备成立足球俱乐部。
1996年2月23日，厦门足球俱乐部正式成立。这可以说是全国成分最复杂的俱乐部了，股东竟然有50多家，其中绝大多数都是国有企业，这些企业共同出资3000万元，注册成立了厦门足球俱乐部。
俱乐部提出了三年内冲上甲A的目标，当时中国的联赛一共只有3个等级——甲A、甲B、乙级，新成立的球队通过审核可以直接报名参加乙级联赛，三年内冲上甲A，也就是需要连续两年都要完成升级任务。
为此，俱乐部北上天津，请来了老帅沈福儒。1996年的乙级联赛，厦门队在小组赛中名列第三，因为另一个小组的第三弃权幸运地获得了决赛阶段的参赛权。然而好运并没有伴随他们走到最后，决赛阶段他们遭到深圳金鹏淘汰，冲击甲B功亏一篑。
1997年，俱乐部请来了甲A元年的冠军教头，原大连万达主教练张宏根。然而张宏根的命运比沈福儒更为不幸，在他的带领下，厦门队连小组都未出线。
连续冲击甲B失败的厦足决定换一个活法，这年年底，他们得知中甲球队佛山佛斯弟在寻求转让，于是花费1680万元将其买下。
佛山队的历史比厦门队悠久得多，该队成立于1988年，1989年首次参加乙级联赛便成功升级，此后一直是甲B劲旅。
1993年，该队还曾被邀请参加实验性的全国足球俱乐部队锦标赛，该项赛事是为来年的职业化甲A联赛做测试的，可见在中国足协的眼里，佛山队其实具备了甲A球队的实力。
1994年中国足球职业化改革启动，佛山足球俱乐部也正式成立，在当年的甲B联赛中，佛山队名列第5，离升级区差了3分。1995年甲B联赛，佛山队再次名列第5，离升级区差了5分。1996摩托车企业佛斯弟接手球队，这一年也是佛山队离冲A最近的一次，他们比升级的青岛海牛队只差了2分，名列第3。1997年，佛山队最后一次参加甲B联赛，成绩有所下滑，名列第8，但是比升级区也仅仅少了7分。
据圈内人士说，凭佛山队的实力早就可以冲A了，但队中几位核心球员有其他想法，他们担心球队一旦升级，就会对阵容进行更新升级，他们的地位甚至饭碗都可能不保，所以他们宁愿年年上演“只差一步到罗马”的大戏，留在甲B混日子。在“广东五甲”中，佛山队也是唯一一支没有品尝过甲A滋味的球队。
与此同时，球队的经济情况越来越差，这主要因为前卫寰岛等大鳄的出现导致球员身价和收入要求越来越高，各家俱乐部的投入越来越大。入不敷出的佛山佛斯弟在1997年出现了负债甚至欠薪，云南红塔、重庆嘉陵都曾有意收购，均遭到佛山方面拒绝。赛季结束，无法维持的俱乐部最终不得不转让给了厦门远华集团。
彼时的远华集团，刚刚在50多家股东中脱颖而出，成为厦足的主人，他们的野心很大，收购佛山取得甲B资格只是第一步。他们的目标是尽快冲上甲A，最终成为甲A强队甚至霸主。为此，他们请来了原国家队教练谷明昌担任主帅。当时的厦足十分复杂，球员来自13个俱乐部，个中关系盘根错节。在谷明昌的带领下，厦足取得了1998年甲B联赛第6的成绩，尤其值得称道的是，他们创造了主场不败的“神话”。
按理说这个成绩十分可以了，但是满足不了厦足的胃口。于是赛季结束，带领大连万达创造55场不败纪录的迟尚斌，接替谷明昌成为厦足新一任主教练。1999年，迟尚斌麾下的厦足在甲B联赛中一路高歌猛进，最终以冠军的身份升上甲A。
命运有时就是喜欢捉弄人。厦足都没来得及庆祝升级，远华走私案爆发，老板赖昌星逃亡到了国外。厦足被勒令去掉俱乐部和球队中的“远华”字样，从此“厦门远华”这个名字永远地告别了中国足坛。
2000年厦门队以厦门厦新的名字第一次参加甲A联赛，遭受巨大震荡的球队表现低迷，最终在与一同升级的云南红塔的竞争中败下阵来，降回了甲B。
从2001年到2003年，球队都以厦门红狮的名字征战甲B，其中2002年，厦门红狮在蔺新江的带领下获得了甲B联赛冠军，却因为中国足协取消升降级的政策失去了冲上甲A的机会。
2004年，球队再次更名为厦门吉祥石狮，中途又改为厦门蓝狮，这也是厦门足球队的最后一个名字。与此同时，厦足历史上最后一位重要人物登场，他就是高洪波。因为与时任国家队主教练阿里·汉理念不合，高洪波辞去了国家队助教的职务，出任厦足主帅。
高洪波执教的第一年厦门蓝狮就获得了改名后的中甲联赛第三名，差一点就升上中超。2005年，厦门蓝狮一举夺得中甲冠军，升级成功。
2006年，再次站在中国足球顶级联赛舞台上的厦门队取得了球队历史上的最佳战绩，他们获得中超联赛第8名，保级成功。然而好景不长，到了2007年，因为市领导变动，高洪波远走长春，他这一年率领长春亚泰取得了中超联赛的冠军，而厦门红狮再度降级。
降级后的厦门队成了无主之队，没有一家企业愿意接手。直到2008年中甲联赛注册截至日期，他们都没有答复足协，是否参加当年的中甲。无奈之下，中国足协只得宣布中甲联赛参赛球队名单，其中没有厦门队，厦门队就此消亡。
在厦门队12年的短暂“一生”中，一共只参加过3次顶级联赛。他们因为行政干预而生，因为行政不再关心而死，中间还经历了一场巨大的风波。这不仅是厦门足球的悲哀，也是中国足球的悲哀。
