新中国成立后，按照《共同纲领》的规定，国家要有步骤地将封建半封建的土地所有制改变为农民的土地所有制，1950年6月，中央人民政府颁布实施《中华人民共和国土地改革法》，开始有领导的分期分批地进行土地改革。

因广东省的特殊情况，直到1952年，华南分局领导人叶剑英和方方等人仍然没有按照中央的要求开展土地改革，受到毛主席的严厉批评，认为广东解放后，在土地改革中“迷失了方向，在农民问题上犯了右倾错误”，还认为方方犯了“地方主义”错误。

从这一年开始，广东反地方主义运动开始，叶剑英不但在会议上作了检讨，还被调离广州，赴京担任军委副主席以及武装力量监察部部长兼训练总监部部长，方方和冯白驹也在会议上作了检讨，并受到降职降级的处分。

虽然叶剑英在1955年位列十大元帅，但仍属于不受重视的人物，甚至在1958年军队“反教条主义”运动中再次受到点名批评，进入到六十年代，随着“文革”惊雷的到来，叶剑英的命运也随之发生改变。

1966年1月，叶剑英被任命为军委副主席，并取代罗瑞卿担任军委秘书长，在随后召开的八届十一中全会上，叶剑英又进入书记处与政治局，并与徐向前一起负责军队的“文革”。

不过，接下来的一次大事却让叶剑英受到了冷遇，那就是“二月抗争”。

这次“抗争”中，陈毅元帅言辞尤为犀利，谭震林与徐向前反应也十分强烈，相比而言，叶剑英的表现容忍度就大得多了，江青直言不讳地说：

“陈毅、谭震林、徐向前是错误路线的代表，叶剑英、李先念、余秋里是附和错误路线。”

虽然叶剑英在1969年一度被疏散到湖南，遭到地方官员的冷落，但毛主席始终给他留有很大的空间，比如说1969年“九大”政治局里仍然有叶剑英的名字，陈毅的名字则消失了。

九大之后，毛主席与林彪之间的分歧越来越严重，此时，基本上处于“流放”状态的叶剑英重新进入权力中枢，1970年庐山会议后，叶剑英被任命为陈伯达专案组组长周恩来的特别顾问，并实际参加政治局的工作。

1971年8月，毛主席南巡期间，跟地方党政军干部谈到叶剑英，说：

“张国焘搞分裂，发个电报给陈昌浩、徐向前，里面说要坚决南下，否则就要彻底解决。当时叶剑英同志当参谋长，他把这个电报先给了我，没有给陈昌浩、徐向前，我们才走了的，不然就当俘虏了。叶剑英在这个关键时刻是有功劳的，所以你们应当尊重他。”

毛主席与叶剑英关系真正的起点就在此“电报”。

1971年“九一三”事件后，叶剑英取代林彪主持军委日常工作，还在1973年十大上当选为党的副主席，1976年10月，叶剑英参与了粉碎“四人帮”的关键行动，做到了“诸葛一生唯谨慎，吕端大事不糊涂”。

“四人帮”被粉碎后，直到1977年邓小平复出之前，叶剑英是党中央唯一的副主席，个人的声望达到了顶峰。